Yıl 2019, Cilt 14 , Sayı 2, Sayfalar 345 - 351 2019-11-30

Molecular Characterization of Pomegranate (Punica granatum L.) Genotypes with SSR Markers
Nar (Punica granatum L.) Çeşitlerinin SSR Markörleri ile Moleküler Karakterizasyonu

Halime Keriman ÇETİNKAYA [1] , Damla GÜVERCİN [2] , Yaşar KARAKURT [3]


Pomegranate is known to be a fruit grown in tropical and subtropical climate zone belonging to Lythraceae family. Within the scope of the study, 10 kind of pomegranates and a pomegranate from a small private garden have been used for molecular analyzes from the Western Mediterranean Agricultural Research Institute in the Antalya Region. To accomplish this objective, samples of genotypes were taken under appropriate conditions and molecular analyzes were performed. As a result of analysis with SSR markers, pomegranate assortment has emerged as two main groups and 65% of the similarity has been detected between the groups as per the UPGMA method. The first main group consisted of 4 sub-groups. In the first sub-group Hicaz, in the second subgroup Asi, Batem Onur, Ernar, Batem Hicaz, the third sub-group Beynarı and the fourth sub-group Batem Esin, Batem Yılmaz and Ekşilik took place. The second main group is divided into 2 sub-groups. In the first sub-group Katırbaşı and in the second sub-group Fellahyemez took place. Polymorphisms that distinguish Batem Onur and Ernar from each other could not be produced hence these two assortments were grouped together. Hicaz, Beynar, Ekşilik, Katırbaşı and Fellahyemez types formed a subgroup alone. In the study, a close correlation between Aşınar and Batem Onur-Ernar, Batem Esin and Batem Yılmaz has been observed. SSR findings of pomegranate species, creating a step in the selection of the next breeding parents in determining the span of pomegranate genotypes for comparison of the genetic collection can be used in the characterization.

Nar, Lythraceae familyasına ait tropik ve subtropik iklim kuşağında yetiştirilen bir meyve olarak bilinmektedir. Çalışma kapsamında Akdeniz Bölgesi Antalya ilinde yer alan Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü’nden 10 çeşit nar ve küçük özel mülk bahçesinden 1 çeşit nar alınarak moleküler analizler için kullanılmıştır. Bu amaçla genotiplere ait numuneler uygun koşullarda alındıktan sonra moleküler analizleri gerçekleştirilmiştir. SSR markörleri ile yapılan analizler sonucunda UPGMA kümeleme metoduna göre nar çeşitleri arasında iki ana grup ortaya çıkmış ve %65 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. İlk ana grup kendi içinde 4 alt gruptan meydana gelmiştir. İlk alt grupta Hicaz, ikinci alt grupta Aşınar, Batem Onur, Ernar, Batem Hicaz, üçüncü alt grupta Beynarı ve dördüncü alt grupta Batem Esin, Batem Yılmaz ve Ekşilik yer almıştır. İkinci ana grup 2 alt gruba ayrılmış olup Katırbaşı ile Fellahyemez farklı gruplarda yer almaktadır. Batem Onur ve Ernar çeşitlerini birbirlerinden ayırt edecek polimorfizmler üretilemediğinden bu iki çeşit bir arada gruplanmıştır. Hicaz, Beynarı, Ekşilik, Katırbaşı ve Fellahyemez çeşitleri tek başına bir alt grup oluşturmuştur. Çalışmada Aşınar ve Batem Onur-Ernar, Batem Esin ve Batem Yılmaz arasında yakın genetik benzerlik olduğu gözlemlenmiştir. Nar türüne ait SSR bulgularının, gelecekteki ıslah ve koruma çalışmalarında kullanılabilecek en uygun genotiplerin belirlenmesine yardımcı olacağı beklenmektedir. 

  • [1] K. Glozer, and L. Ferguson, “Pomegranate Production in Afghanistan,” UCDAVIS College of Agricultural and Environmental Sciences, 1-32, 2008.
  • [2] P. Broun and S. D. Tanksley, “Characterization and genetic mapping of simple repeat sequences in the tomato genome,” Molecular and General Genetics MGG, 250 (1), 39-49, 1996.
  • [3] W. W. Powell, K. W. Koput, and L. Smith-Doerr, “Interorganizational collaboration and the locus of innovation: Networks of learning in biotechnology,” Administerative Science Quarterly, 41 (1), 116-145, 1996.
  • [4] J. S. Beckmann, and M. Soller, “Toward a unified approach to genetic mapping of eukaryotes based on sequence tagged microsatellite sites,” Nature Biotechnology, 8, 930-932, 1990.
  • [5] K. Weising, D. Kaemmer, J. T. Epplen, F. Weigand, M. Saxena, and G. Kahl, “DNA fingerprinting of Ascochyta rabiei with synthetic oligodeoxynucleotides,” Current Genetics, 19 (6), 483-489, 1991.
  • [6] G. Cipriani, M.T. Marrazzo, R. Marconi, A. Cimato, R. Testolin, “Microsatellite markers isolated in olive (Olea europaea L.) are suitable for individual fingerprinting and reveal polymorphism within ancient cultivars”, Theoretical and Applied Genetics, 104(2-3), 223-228, 2002.
  • [7] K.M. Sefc, M.S. Lopes, D. Mendonça, M.R.D. Santos, M.L.D.C. Machado, A.D.C. Machado, “Identification of microsatellite loci in olive (Olea europaea) and their characterization in Italian and Iberian olive trees,” Molecular Ecology, 9(8), 1171-1173, 2000.
  • [8] F. Carriero, G. Fontanazza, F. Cellini, G. Giorio, “Identification of simple sequence repeats (SSRs) in olive (Olea europaea L.)”, Theoretical and Applied Genetics, 104(2-3), 301-307, 2002.
  • [9] S.C. Hokanson, A.K. Szewc-McFadden, W.F. Lamboy, J.R. McFerson, “Microsatellite (SSR) markers reveal genetic identities, genetic diversity and relationships in a Malus × domestica Borkh. core subset collection,” Theoretical and Applied Genetics, 97(5-6), 671-683, 1998.
  • [10] N.R. Castillo, B.M. Reed, J. Graham, F. Fernández-Fernández, N.V. Bassil, “Microsatellite markers for raspberry and blackberry,” Journal of the American Society for Horticultural Science, 135(3), 271-278, 2010.
  • [11] R. Liebhard, L. Gianfranceschi, B. Koller, C.D. Ryder, R. Tarchini, E. Van de Weg, C. Gessler, “Development and characterisation of 140 new microsatellites in apple (Malus x domestica Borkh.),” Molecular Breeding, 10(4), 217-241, 2002.
  • [12] D. Venable, G. Miro-Quesada, J. Calley, E. Monson, L. He, “High-throughput and quantitative detection of residual NS0 and CHO host cell genomic DNA,” BioProcess International, 5(6), 56-61, 2007.
  • [13] E. Dirlewanger, P. Cosson, M. Tavaud, M. Aranzana, C. Poizat, A. Zanetto, P. Arús, and P. Laigret, “Development of microsatellite markers in peach (Prunus persica (L.) Batsch) and their use in genetic diversity analysis in peach and sweet cherry (Prunus avium L.),” Theoretical and Applied Genetics, 105 (1), 127-138, 2002.
  • [14] D. C. Bittel, N. Kibiryeva, S. M. Sell, T. V. Strong, and M. G. Butler, “Whole genome microarray analysis of gene expression in Prader–Willi syndrome,” American Journal of Medical Genetics, 143 (5), 430-442, 2007.
  • [15] H. W. Wagner, and K. M. Sefc, “Identity 1.0. Centre for Applied Genetics,” Centre for Applied genetics University of Agricultural Sciences, 3 (9), 1999.
  • [16] E. Minch, A. Ruiz-Linares, D. Goldstein, M. Feldman, and L. L. Cavalli-Sforza. (1995). MICROSAT Version 1.4d: a computer program for calculating variousstatistics on microsatellite allele data, [Online]. Available: http://hpgl.stanford.edu/projects/microsat/
  • [17] M. Nei, “Estimation of average heterozygosity and genetic distance for small number of individuals,” Genetics, 89 (3), 583-590, 1978.
  • [18] F. J. Rohlf, NTSYS-pc. Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System, Vol. 1.1 80, Exeter Software, New York, 1994.
  • [19] X. Luo, S. Cao, Z. Hao, L. Hou, D. Cao, J. Zhang, H. Li, J. Niu, H. Xue, and L. Chen, “Analysis of genetic structure in a large sample of pomagranate (Punica granatum L.) using fluorescent SSR markers,” The Journal of Horticultural Science and Biotechnology, 93 (6), 659-665, 2018.
  • [20] A. Zarei, and A. Sahraroo, “Molecular characterization of pomegranate (Punica granatum L.) accessions from Fars Province of Iran using microsatellite markers,” Horticulture, Environment, and Biotechnology, 59 (2), 1-11, 2018.
  • [21] O. Çalışkan, S. Bayazıt, M. Öktem, and A. Ergül, “Evaluation of the genetic diversity of pomegranate accessions from Turkey using new microsatellite markers,” Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 41, 142-153, 2017.
Birincil Dil en
Konular Biyoloji
Bölüm Makaleler
Yazarlar

Orcid: 0000-0001-5856-5723
Yazar: Halime Keriman ÇETİNKAYA
Kurum: ısparta uygulamalı bilimler üniversitesi
Ülke: Turkey


Orcid: 0000-0002-6639-3818
Yazar: Damla GÜVERCİN (Sorumlu Yazar)
Kurum: SÜLEYMAN DEMİREL ÜNİVERSİTESİ
Ülke: Turkey


Orcid: 0000-0003-3914-0652
Yazar: Yaşar KARAKURT
Kurum: ısparta uygulamalı bilimler üniversitesi
Ülke: Turkey


Tarihler

Yayımlanma Tarihi : 30 Kasım 2019

Bibtex @araştırma makalesi { sdufeffd616809, journal = {Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi}, issn = {}, eissn = {1306-7575}, address = {}, publisher = {Süleyman Demirel Üniversitesi}, year = {2019}, volume = {14}, pages = {345 - 351}, doi = {10.29233/sdufeffd.616809}, title = {Molecular Characterization of Pomegranate (Punica granatum L.) Genotypes with SSR Markers}, key = {cite}, author = {ÇETİNKAYA, Halime Keriman and GÜVERCİN, Damla and KARAKURT, Yaşar} }
APA ÇETİNKAYA, H , GÜVERCİN, D , KARAKURT, Y . (2019). Molecular Characterization of Pomegranate (Punica granatum L.) Genotypes with SSR Markers. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi , 14 (2) , 345-351 . DOI: 10.29233/sdufeffd.616809
MLA ÇETİNKAYA, H , GÜVERCİN, D , KARAKURT, Y . "Molecular Characterization of Pomegranate (Punica granatum L.) Genotypes with SSR Markers". Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi 14 (2019 ): 345-351 <https://dergipark.org.tr/tr/pub/sdufeffd/issue/50336/616809>
Chicago ÇETİNKAYA, H , GÜVERCİN, D , KARAKURT, Y . "Molecular Characterization of Pomegranate (Punica granatum L.) Genotypes with SSR Markers". Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi 14 (2019 ): 345-351
RIS TY - JOUR T1 - Molecular Characterization of Pomegranate (Punica granatum L.) Genotypes with SSR Markers AU - Halime Keriman ÇETİNKAYA , Damla GÜVERCİN , Yaşar KARAKURT Y1 - 2019 PY - 2019 N1 - doi: 10.29233/sdufeffd.616809 DO - 10.29233/sdufeffd.616809 T2 - Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi JF - Journal JO - JOR SP - 345 EP - 351 VL - 14 IS - 2 SN - -1306-7575 M3 - doi: 10.29233/sdufeffd.616809 UR - https://doi.org/10.29233/sdufeffd.616809 Y2 - 2019 ER -
EndNote %0 Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi Molecular Characterization of Pomegranate (Punica granatum L.) Genotypes with SSR Markers %A Halime Keriman ÇETİNKAYA , Damla GÜVERCİN , Yaşar KARAKURT %T Molecular Characterization of Pomegranate (Punica granatum L.) Genotypes with SSR Markers %D 2019 %J Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi %P -1306-7575 %V 14 %N 2 %R doi: 10.29233/sdufeffd.616809 %U 10.29233/sdufeffd.616809
ISNAD ÇETİNKAYA, Halime Keriman , GÜVERCİN, Damla , KARAKURT, Yaşar . "Molecular Characterization of Pomegranate (Punica granatum L.) Genotypes with SSR Markers". Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi 14 / 2 (Kasım 2019): 345-351 . https://doi.org/10.29233/sdufeffd.616809
AMA ÇETİNKAYA H , GÜVERCİN D , KARAKURT Y . Molecular Characterization of Pomegranate (Punica granatum L.) Genotypes with SSR Markers. SDÜFEFFD. 2019; 14(2): 345-351.
Vancouver ÇETİNKAYA H , GÜVERCİN D , KARAKURT Y . Molecular Characterization of Pomegranate (Punica granatum L.) Genotypes with SSR Markers. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Fen Dergisi. 2019; 14(2): 351-345.