Örümceklerde (Ordo: Araneae) farklı muhafaza koşullarının DNA Sekanslama ve Barkotlama Analizleri Üzerine Etkileri

Abstract

Bu çalışmada farklı koşullarda muhafaza edilen Lycosidae ve Thomisidae  (Ordo: Araneae) familyalarına ait müze örneklerinden DNA izole edilmiş ve DNA barkotlama çalışmaları yapılmıştır. Örümceklerin vücut büyüklüğü, farklı alkol değerleri ve DNA konsantrasyonlarının DNA sekansları üzerine etkisi araştırılmıştır. 15 yıllık örneklerden genomik DNA izolasyonları yapılmış, iki farklı gen bölgesi (COI, ITS) PCR ile çoğaltılmış ve sekanslama işlemlerine tabi tutulmuştur. Sekanslama üzerine örneklerde vücut büyüklüğü ile DNA konsantrasyonu arasında bir ilişki belirlenemezken, saklama koşullarının DNA kalitesini ve sekanslamayı etkilediği belirlenmiştir.

Keywords

• Lycoside,Thomisidae,DNA barkotlama,Sekans

References

1. Kaynaklar A’Haea, S., Harling R, McKinlay RG, Topping CJ(1998). RAPD profiling of spider (Araneae) DNA. Journal of Arachnology. 26: 397-400.
2. Anderson JC, Mills NJ(2012). DNA extraction from museum specimens of parasitic Hymenoptera. PloS ONE 7:e45549.
3. Barret RDH, Hebert PDN (2005). Identifying spiders through DNA barcodes. Canadian Journal of Zoology.83: 481-491.
4. Bayram, A., Kunt, K.B. and Danışman, T. (2017). The Checklist of the Spiders of Turkey. Version 2017, Online at http://www.spidersofturkey.info
5. Dayrat B (2005). towards integrative taxonomy. Biological Journal of the Linnean Society.85:407-415.
6. Folmer O, Black M, Hoeh W, Lutz R, Vrijenhoek R (1994).DNA primers for amplification of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I from diverse metazoan invertebrates. Mol Mar Biol Biotechnol.3(5):294-9.
7. Goldstein PZ, DeSalle R (2011). Integrating DNA barcode data and taxonomic practise: Determination, discovery and description. Bioessays. 33:135-147.
8. Ji, Y.-J., Zhang, D.-H.&He,L,-J. (2003). Rvolutionary conservation and versatility of a new set of primers amplifying internal transcribed spacer regions in insect and other invertabrates.Molecular Ecology Notes.3:581-585.

9. Nentwig W, Blick T, Gloor D, Hänggi A, Kropf C (2017). Spiders of Europe. www.araneae.unibe.ch. Version of access date : 10.2017
10. Qıagen.(2006). DNeasy Blood & Tissue Handbook.(USA).
11. Vink CJ, Thomas SM, Paquin P, Hayashi CY, Hedin M (2005).The effect of preservatives and temparatures on Arachnid DNA. İnvertebrate Systematics.19:99-104.
12. Will KW, Mishler BD, Wheeler QD (2005). The perils of DNA barcoding and the need for integrative taxonomy. Systematic Biology. 54:844-851.
13. Zuccon D, Brisset j, Corbari L, Puillandre N, Utge J, Samadi S (2012). An optimised protocol for barcoding museum collections of decapod crustaceans: a case-study for a 10-40 years- old collection. Invertebrate Systematics.26:592-600.