Farklı Zamanlarda Örneklenen Bademlerden ve Farklı Ekstraksiyon Yöntemleri ile Ceviz Örneklerinden Elde Edilen Total Nükleik Asitlerde RNA Miktarı ve Parametrelerinin Karşılaştırılması

Yıl 2020, Cilt: 7 Sayı: 1, 10 - 15, 25.01.2020

Mahmut Yegül Saadettin Baloğlu

https://doi.org/10.30910/turkjans.679891

Öz

Bitkilerde hastalıkların zamanında ve doğru teşhis edilmesi için yapılan moleküler analizlerde yüksek kalitede nükleik asit elde etmek çok önemlidir. Bu çalışmada badem örneklerinden farklı zamanlarda ve ceviz örneklerinden de farklı ekstraksiyon yöntemleriyle elde edilen nükleik asitlerde, RNA miktarı, 260/280 ve 260/230 oranları ölçülerek bademlerde örnek almak için en uygun dönem ve cevizlerde de en uygun ekstraksiyon yöntemi belirlenmiştir. Badem RNA konsantrasyonu, 260/280 ve 260/230 oranları ilkbaharda sırasıyla 286.6 ng/µl, 1.72, ve 1.55, sonbaharda ise, 122.32 ng/µl, 0.832 ve 0.97 olarak ölçülmüş ve moleküler çalışmalarda ilkbaharda örnek alınması daha uygun bulunmuştur. Ceviz izolatlarından, modifiye edilmiş Dellaporta yöntemi ile elde edilen nükleik asitlerde RNA konsantrasyonu, 260/280 ve 260/230 oranı sırasıyla 1016.17 ng/µl, 1.329 ve 1.365, ticari ekstraksiyon kiti ile elde edilen nükleik asitlerde ise 7.678 ng/µl, 1.017 ve 0.456 olarak bulunmuştur. Sonuç olarak yüksek kalitede ve miktarda RNA elde etmek için bademlerde en uygun dönemin ilkbahar ve cevizlerde ise en uygun yöntemin ise modifiye edilmiş Dellaporta yöntemi olduğu belirlenmiştir.

Anahtar Kelimeler

Ceviz, badem, RNA, örnekleme zamanı

Teşekkür

Çalışmayı destekleyen T.C. Tarım ve Orman Bakanlığı Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü (TAGEM) ve Çukurova Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi (ÇÜ-BAP- ZF2012D12)’ne teşekkür ederiz.

Comparison of RNA Concentration and Parameters of Total Nucleic Acids Extracted from Almond at Different Times and From Walnut by Different Methods

Öz

It is very important for diagnosing diseases in a timely and obtain high quality nucleic acid. In this study, total RNA quantities obtained from almond in spring and autumn and by different methods from walnut samples to determined optimal period for almond and better extraction method for walnut. RNA concentration was 286.6 ng/μl with 1.72 in 260/280 ratio and 1.55 in 260/230 ratio in spring, and RNA concentration was 122.32 ng/μl with 0.832 in 260/280 ratio and 0.97 in 260/230 ratio in fall samples from almond trees. Results of walnut isolates using modified Dellaporta total nucleic acid extraction were 1016.17 ng/µl as RNA concentration; the 260/230 ratio was 1.365; the 260/280 ratio was 1.329; and the total RNA amount obtained using the extraction kit was 7.678 ng/μl; 260/230 ratio was 0.456; 260/280 ratio was 1.017. As a result of this study, spring is the best sampling time for almond and modified Dellaporta total nucleic acid extraction method is better than using the extraction kit for walnut to obtain high quality and concentration of RNA.

Kaynakça

• Aka Kaçar, Y. 2003. Bitkilerde DNA İzolasyonu. Alata Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü Dergisi 2:1-3.
• Bozkaya, F. 2012. DNA İzolasyonunda Fenol-kloroform Yerine Potasyum Asetat Kullanımının DNA Miktar ve Kalitesi Üzerine Etkisi. Harran Üniv. Vet. Fak. Dergisi, 1(2):92-96, 2012.
• Dellaporta, S.L., Wood, J., Hicks, J.B., 1983. A Plant DNA Minipreparation: Version 11. Plant Molecular Biology Reporter 1:19-21.
• Doyle, J. J. Doyle, J. L. 1991. Isolation of Plant DNA Fresh Tissue. Focus 12:13-15.
• Koç, G, 2010. Doğu Akdeniz Bölgesinde Sert Çekirdekli Meyvelerde Plum pox potyvirus (PPV, Sharka)’ünün Durumunun Belirlenmesi ve Karakterizasyonu, Ç.Ü. Fen Bilimleri Enstitüsü Doktora Tezi. 227 S.
• Lefort, F., Lally, M., Thompson, D., Dougles, G. C. 1998. Morphological Traits Microsatellite Fingerprinting and Genetic relatedness of a Stand of Elite Oaks (Q. robur L.) at Tullnynally. Silvae Genetica 47:5-6.
• Lodhi, M. A., Daly, M. J., Ye, G.N., Weeden, N. F., Reisch, B. I. 1994. A simple and Efficient Method for DNA Extraction from Grapevine Cultivars and Vitis species. Plant Molecular Biology Reports 12: 6-13.
• Milne, R.G., 1993. Electron Microscopy as a Powerful Tool for Detection and Identification of Plant Viruses. XI International Symposium on Virus Diseases of Ornamental Plants. ISHS Acta Horticulturae, 722: 37-40.
• Presting, G.G., Smith, O.P., Brown, C.R. 1995. Resistance to potato leafroll virus in potato plants transformed with the coat protein gene or with vector control constructs. Phytopathology 85:436-442.
• Spittle, K., Wang, S., Baybayan, P. 2010. Sample Quality – Effects of Contaminants on SMRTbellTM Library Preparation and Sequencing, Pacific Biosciences.
• Şimşek, Ö., Karaat, F. E., Serçe, S., Kaçar, Y. 2008. Bazı Meyve Türlerinde DNA İzolasyon Yöntemlerinin Etkinliğinin Araştırılması. Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Derim Dergisi, 2008, 25(1):59-69.
• Thomas, M. R., Matsumoto, S., Chain, P., Scott, N.S. 1993. Repetitive DNA of Grapevine: Classes Present and Sequences Suitable for cultivar identification. Theoretical and Applied Genetics 86:173-180.
• Uyemoto, J.K., Scott, S.W. 1992. Important Diseases of Prunus Caused by Viruses and Other Graft- Transmissible Pathogens in California and South Carolina. Plant Diseases, 76: 5-11.
• Yörek, N. 2005. BİY 4008 Genetik Mühendisliğine Giriş ders notları.
• Wilfinger, W.W., Mackey, K., Chomczynski, P. 1997. Effect of pH and Ionic Strength on the Spectrophotometric Assessment of Nucleic Acid Purity: BioTechniques, 22:474-481 (March 1997).