Yıl 2021, Cilt 8 , Sayı 1, Sayfalar 179 - 187 2021-01-23

Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler

Selahaddin KİRAZ [1] , Mehmet EKİNCİ [2] , Seyrani KONCAGÜL [3]


Bu çalışmada, Şanlıurfa yöresindeki Akkaraman (AK) ve İvesi (IV) koyunlarının filogenetik yapıları moleküler tekniklerle belirlenmeye çalışılmıştır. Araştırmanın hayvan materyalini, Şanlıurfa ve yöresinde yetiştirilen Akkaraman (AK) ve İvesi (IV) koyunları oluşturmuştur. Koyunlardan genomik DNA izolasyonu için kıl örnekleri toplanmış ve tüm örneklerden genomik DNA izole edilmiştir. Koyun DNA örneklerinde mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) gen bölgelerini çoğaltmak için gerekli ileri ve geri primerler tasarlanmıştır. Koyun Cyt b gen bölgeleri polimeraz zincir reaksiyonu tekniği (PZR) ile çoğaltılmıştır. PZR ürünlerinin gen dizi bilgileri elde edilmiştir. Populasyonlar için toplam bölge sayısı, G+C oranı, polimorfik bölge sayısı (S), haplotip sayısı (h), haplotip farklılığı (Hd) ve nükleotid farklılığı (π) değerleri hesaplanmıştır. Koyun haplotiplere ait Cyt b gen dizileri ile referans diziler (A, B, C, D, ve E soyları) birlikte oluşturulan N-J filogenetik ağaçta, 16 haplotipten, 6’sı B soyunda (IV01, AK13, AK09, IV06, AK16, IV05), 1’i A soyunda (IV12), 1’i E soyunda (AK04) 5’i C soyunda (AK12, AK02, IV16, AK01, IV08, IV03) yer almış, AK06 ve IV13 farklı kümelenmiştir. Sonuç olarak, Şanlıurfa yöresi Akkaraman ve İvesi koyunları Cyt b gen bölgesi gen dizileri belirlenmiştir.
In this research, determination of phylogenetic tree of sheep in Şanlıurfa province using molecular techniques was the main goal. White Karaman (AK) and Awassi sheep (IV) breed raised in Şanlıurfa province were used as the animal materials. Fleece samples were collected for genomic DNA isolation in sheep, and genomic DNAs were isolated in all the samples. In DNA samples, necessary forward and reverse primers were designed to amplify mitochondrial Cytochrome b (Cyt b) gene region. Mitochondrial Cyt b gene region were amplified by applying polymerase chain reaction (PCR) technique, and gene sequence information of PCR products were obtained. The rate of G+C, number of polymorphic site (S), number of haplotypes (h), haplotype diversity (Hd), nucleotide diversity (π) and total number of region for all populations were calculated. N-J phylogenetic tree formed in this research using sheep haplotype Cyt b sequences and reference sequences ( for A, B, C, D and E lineage), 6 haplotypes (IV01, AK13, AK09, IV06, AK16, IV05) out of 16 haplotypes were in B lineage, 1 haplotype (IV12) were in A lineage, 1 haplotype (AK04) were in E lineage, 5 haplotypes (AK12, AK02, IV16, AK01, IV08, and IV03) were in C lineage, and AK06 and IV13 were in different group. In conclusion, in White Karaman and Awassi sheep, raised in Şanlıurfa province; gene sequences of Cytochrome b gene were determined.
Koyun, Filogenetik, mtDNA, Moleküler çalışmlar
  • Bradley, D.G., Machugh, D.E., Cunningham. P., Loftus, R.T. 1996. Mitochondrial diversity and the origins of african and european cattle. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 93 (10): 5131-5135.
  • Guo, J., Du, L.X., Ma, Y.H., Guan, W.J., Li, H.B., Zhao, Q.J., Li, X., Rao, S.Q. 2005. A novel maternal lineage revealed in sheep (Ovis aries). Animal Genetics, 36 (4): 331-336.
  • Hiendleder, S., Lewalski, H., Wassmuth, R., Ke, A. 1998a. The complete mitochondrial DNA sequence of the domestic sheep (Ovis aries) and comparison with the other major ovine haplotype. Journal of Molecular Evolution, 47 (4): 441-448.
  • Hiendleder, S., Mainz, K., Plante, Y., Lewalski, H. 1998b. Analysis of mitochondrial dna indicates that domestic sheep are derived from two different ancestral maternal sources: no evidence for contributions from Urial and Argali sheep. Journal of Heredety, 89 (2): 113-120.
  • Hiendleder, S., Phua, Sh., Hecht, W. 1999. A diagnostic assay discriminating between two major Ovis aries mitochondrial DNA haplogroups. Animal Genetics, 30 (3): 211-213.
  • Hiendleder, S., Kaupe, B., Wassmut, R., and Janke, A. 2002. Molecular analysis of wild and domestic sheep qestions current nomenclature and provides evidence for domestication from two different subspecies. Proceedings of The Royal Society of London, 269: 893-904.
  • Joshi, M.B., Rout, P.K., Mandal, A.K., Tyler-Smith, C., Singh, L., Thangaraj, K. 2004. Phylogeography and origin of Indian domestic goats. Molecular Biology Evolution, 21 (3): 454-462.
  • Kımura, M. 1980. A simple method for estimating evolutionary rate of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. Journal of Molecular Evolution, 16: 111-120.
  • Librado, P., Rozas, J. 2009. DnaSP v5: A software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics, 25: 1451-1452.
  • Loftus, R. T., Machugh, D. E., Bradley, D. G., Sharp, P. M., Cunningham, P. 1994. Evidence for two independent domestications of cattle. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 91: 2757–2761.
  • Luikart, G., Gielly, L., Excoffier, L., Vigne, Jd., Bouvet, J., Taberlet, P. 2001. Multiple maternal origins and weak phylogeographic structure in domestic goats. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 98 (10): 5927-5932.
  • Machugh, D.E., Bradley, D.G. 2001. Livestock genetic origins: goats buck the trend. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 98 (10): 5382-5384.
  • Mannen, H., Nagata, Y., Tsujı, S. 2001. Mitochondrial DNA reveal that domestic goat (Capra hircus) are genetically affected by two subspecies of benzoar (Capra aegagurus). Biochemical Genetics, 39 (5-6): 145-54.
  • Meadows, J.R., Cemal, I., Karaca, O., Gootwine, E., Kijas, J.W. 2007. Five ovine mitochondrial lineages identified from sheep breeds of the near East. Genetics, 175 (3): 1371-1379. Nei, M., Kumar, S. 2000. Molecular evolution and phylogenetics, Oxford University Press, Oxford.
  • Pardeshi, V.C., Kadoo, N.Y., Sainani M.N., Meadows, J.R., Kijas, J.W., Gupta, V.S. 2007. Mitochondrial haplotypes reveal a strong genetic structure for three Indian sheep breeds. Animal Genetics, 38 (5): 460-466.
  • Pedrosa, S., Uzun, M., Arranz, Jj., Gutierrez-Gil, B., San, Primitivo, F., Bayon, Y. 2005. Evidence of three maternal lineages in near eastern sheep supporting multiple domestication events. Proceedings of The Royal Society B, 272 (1577): 2211-2217.
  • Pedrosa, S., Arranz, J.J., Brito, N., Molia, A., San Primitivo, F., Bayón, Y. 2007. Mitochondrial diversity and the origin of Iberian sheep. Genetics Selection Evolution, 39 (1): 91-103. Pereira, F., Davis, S.J., Pereira, L., Mcevoy, B., Bradley, D.G., Amorim, A. 2006. Genetic signatures of a Mediterranean influence in Iberian Peninsula sheep husbandry. Molecular Biology and Evolution, 23 (7): 1420-1426.
  • Ryder, M.L. 1984. Sheep. In: Evolution of domesticated animals, Longman, London, 63-85.
  • Saitou, N., Nei, M. 1987. The neighbor-joining method: a new method for reconstruction phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution, 4: 406-425.
  • Sambrook, J., Fritsch, E. F., Maniatis, T. 1989. Molecular cloning:A laboratory manual (2nd ed.), 3 vol., Cold-Spring Harbor, New York.
  • Sultana, S., Mannen, H., Tsuji, S. 2003. Mitochondrial DNA diversity of Pakistani goats. Animal Genetics, 34 (6): 417-421.
  • Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., Kumar, S. 2007. MEGA4: Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Molecular Biology and Evolution, 24:1596-1599. Tapio, M., Marzanov, N., Ozerov, M.., Cinkulov, M., Gonzarenko, G., Kiselyova, T., Murawskıi M., Vinalass, H., Kantanen , J. 2006. Sheep mitochondrial DNA variation in European, Caucasian, and Central Asian areas. Molecular Biology and Evolution, 23 (9): 1776-1783.
  • Thompson, J.D., Higgins, D.G., Gibson, T.J., 1994. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, positions-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research, 22: 4673-4680.
  • Troy, C.S., Machugh, D.E., Bailey, J.F., Magee, D.A., Loftus, R.T., Cunningham, P., Chamberlain, A.T., Sykes, B.C., Bradley, D.G. 2001. Genetic evidence for Near-Eastern origins of European cattle. Nature, 410: 1088–1091.
  • Zeder, Ma., Hesse, B. 2000 . The initial domestication of goats (Capra Hircus) in the Zagros mountains 10.000 years ago. Science, 287 (5461): 2254-2257.
  • Zeuner, F.E. 1963. A history of domesticated animals. Harper & Row: New York.
Birincil Dil tr
Konular Fen
Bölüm Araştırma Makaleleri
Yazarlar

Orcid: 0000-0003-1298-4783
Yazar: Selahaddin KİRAZ (Sorumlu Yazar)
Kurum: HARRAN ÜNİVERSİTESİ, ZİRAAT FAKÜLTESİ
Ülke: Turkey


Orcid: 0000-0001-7994-0203
Yazar: Mehmet EKİNCİ
Kurum: KAHRAMANMARAŞ SÜTÇÜ İMAM ÜNİVERSİTESİ
Ülke: Turkey


Orcid: 0000-0001-7596-0485
Yazar: Seyrani KONCAGÜL
Kurum: ANKARA ÜNİVERSİTESİ
Ülke: Turkey


Destekleyen Kurum Harran Üniversitesi BİLİMSEL ARAŞTIRMA PROJELERİ Koordinatörlüğü
Tarihler

Yayımlanma Tarihi : 23 Ocak 2021

Bibtex @düzeltme { turkjans798488, journal = {Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi}, issn = {2148-3647}, address = {}, publisher = {Mevlüt AKÇURA}, year = {2021}, volume = {8}, pages = {179 - 187}, doi = {10.30910/turkjans.798488}, title = {Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler}, key = {cite}, author = {Kiraz, Selahaddin and Ekinci, Mehmet and Koncagül, Seyrani} }
APA Kiraz, S , Ekinci, M , Koncagül, S . (2021). Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler . Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi , 8 (1) , 179-187 . DOI: 10.30910/turkjans.798488
MLA Kiraz, S , Ekinci, M , Koncagül, S . "Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler" . Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi 8 (2021 ): 179-187 <https://dergipark.org.tr/tr/pub/turkjans/issue/60017/798488>
Chicago Kiraz, S , Ekinci, M , Koncagül, S . "Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler". Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi 8 (2021 ): 179-187
RIS TY - JOUR T1 - Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler AU - Selahaddin Kiraz , Mehmet Ekinci , Seyrani Koncagül Y1 - 2021 PY - 2021 N1 - doi: 10.30910/turkjans.798488 DO - 10.30910/turkjans.798488 T2 - Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi JF - Journal JO - JOR SP - 179 EP - 187 VL - 8 IS - 1 SN - 2148-3647- M3 - doi: 10.30910/turkjans.798488 UR - https://doi.org/10.30910/turkjans.798488 Y2 - 2020 ER -
EndNote %0 Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler %A Selahaddin Kiraz , Mehmet Ekinci , Seyrani Koncagül %T Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler %D 2021 %J Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi %P 2148-3647- %V 8 %N 1 %R doi: 10.30910/turkjans.798488 %U 10.30910/turkjans.798488
ISNAD Kiraz, Selahaddin , Ekinci, Mehmet , Koncagül, Seyrani . "Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler". Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi 8 / 1 (Ocak 2021): 179-187 . https://doi.org/10.30910/turkjans.798488
AMA Kiraz S , Ekinci M , Koncagül S . Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler. TTDBD. 2021; 8(1): 179-187.
Vancouver Kiraz S , Ekinci M , Koncagül S . Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler. Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi. 2021; 8(1): 179-187.
IEEE S. Kiraz , M. Ekinci ve S. Koncagül , "Şanlıurfa Yöresi Akkaraman ve İvesi Koyunlarında Mitokondriyal Sitokrom b (Cyt b) Gen Dizisine Göre Filogenetik Analizler", Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi, c. 8, sayı. 1, ss. 179-187, Oca. 2021, doi:10.30910/turkjans.798488