Determination of Soil-Borne Fungi Observed in Some Nurseries

Abstract

A total of 98 diseased seedlings of 14 different landscape plants were collected from Gaziantep forest nursery chief, Osmaniye forest nursery chief, Hatay Serinyol forest nursery chief and HMKU campus nursery. Soil-borne disease factors were identified in 81 of these samples. When morphological results are evaluated for the identification of these agents; disease agents from different hosts were identified as 12 of Ceratobacidium sp, 8 of Fusarium, 14 of Macrophomina, 13 of Rhizoctonia, 4 of Phytophthora, 10 of Dactylonectria, and the remaining 20 of Phoma, Pestalotiopsis, Diaporthe, Didymella, and Neopestalotiopsis. Within the scope of molecular studies, PCR studies were conducted with ITS1-4 primer and according to DNA sequencing results species level diagnoses were made. Representative of 16 isolates accession numbers are obtained from NCBI Gen bank library. Consequently, effective and sustainable implementation of all kinds of combat methods in nurseries, taking into consideration the health of the saplings, will have an important place in the protection of landscape areas

Keywords

• Landscape
• Nurseries
• Soil-Borne
• Fungi
• Diagnosis

Bazı Fidanlıklarda Görülen Toprak Kökenli Fungusların Belirlenmesi

Öz

Gaziantep Orman Fidanlık Şefliği, Osmaniye Orman Fidanlık Şefliği, Hatay Serinyol Orman Fidanlık Şefliği ve HMKÜ kampüs fidanlık alanında 14 farklı peyzaj bitkisi türünden toplam 98 adet hastalıklı fidan örneği toplanmıştır. Bu örneklerin 81’inde, toprak kökenli hastalık etmenleri saptanmıştır. Bu etmenlerin tanılanmasına yönelik olarak morfolojik sonuçlar değerlendirildiğinde; farklı konukçulardan elde edilen hastalık etmenlerinden 12 adedi, Ceratobasidium sp, 8’i Fusarium, 14’ü Macrophomina, 13’ü Rhizoctonia, 4’ü Phytophthora ve 10’u Dactylonectria olarak saptanmış; geriye kalan 20 tanesi de Phoma, Pestalotiopsis, Diaporthe, Didymella ve Neopestalotiopsis fungusları olarak belirlenmiştir. Moleküler çalışmalar kapsamında ITS1-4 primeri ile yapılan PCR çalışmaları ve DNA dizileme sonuçlarına göre tür düzeyinde tanıları yapılmıştır. Temsili seçilen 16 izolatın, NCBI GenBankası kütüphanesinden erişim numaraları alınmıştır. Sonuç olarak, fidan sağlığını gözeterek fidanlıklarda her türlü mücadele yöntemlerinin bir arada etkili ve sürdürülebilir şekilde uygulanması, peyzaj sahalarının korunmasında önemli bir yer tutacaktır.

Anahtar Kelimeler

• Peyzaj
• Fidanlık
• Toprak kökenli
• fungus
• tanı

References

1. Atakan, A., Özgönen Özkaya, H., 2018. Antalya İli Karanfil Seralarında Toprak Kökenli Fungal Hastalık Etmenlerinin Yaygınlığının Belirlenmesi. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Cilt 22, Sayı 1, 216-220.
2. Arıcı, Ş.E., Kazaz, S. 2013. Isparta İlinde Yetiştirilen Karanfil Seralarında Kök ve Kökboğazı Fungal Hastalık Etmenlerinin Saptanması. Tarım Bilimleri Araştırma Dergisi 6 (1): 159-162.
3. Barnes, C.J., van der Gast, C.J., McNamara N.P., 3, Rowe, R., Bending, G.D., 2018. Extreme rainfall affects assembly of the root-associated fungal community New Phytologist (2018) 220: 1172–1184.
4. Boratyn, G.M., Camacho, C., Cooper, P.S., Coulouris, G., Fong, A., Ma, N., Madden, T.L., Matten, W.T., McGinnis, S.D., Merezhuk, Y., Raytselis, Y., Sayers, E.W., Tao, T., Ye, J., Zaretskaya, I., 2013. BLAST: a more efficient report with usability improvements. Nucleic Acids Research 41:w29-w33.
5. Cengiz, B., Keçecioğlu Dağlı, P., Yiğittekin, S., 2017. Peyzaj Ekonomisi Açısından Peyzaj ve Süs Bitkileri Fidanlık İşletmelerine Yönelik Sektörel Bir Analiz. Journal of Bartın Faculty of Forestry, 19 (2): 50-62.
6. Crous, P.W., Wingfield, M.J., 2018. Fungi infecting woody plants: emerging frontiers. Persoonia 40: i–iii. Etebarian, H.R., 2000. Effect of cultivars resistance and application of fungicides in controlling of Fusarium wilt of carnation. Review of Plant Pathology, 79(1):404.
7. Gümrükcü E., Gölükcü, Ş.B., 2005. Süs Bitkilerinde Görülen Fungal Ve Bakteriyel Hastalıklar. Derim. 22(2): 10-19.
8. Kurt, Ş., Uysal, A., Akgül, D.S., 2016. Hatay İlindeki Limoni Servi Bitkilerinde Saptanan Fungal Patojen ve Endofit Fungusların Karakterizasyonu. Uluslararası Katılımlı Türkiye VI. Bitki Koruma Kongresi, 5-8 Eylül, Konya, s. 596.

9. Lecomte, C., Alabouvette, C., Edel-Hermann, V., Robert, F., Steinberg, C., 2016. Biological control of ornamental plant diseases caused by Fusarium oxysporum: A review. Biological Control 101:17–30.
10. Martinez, A., Williams-Woodward, J.,2015. Common Landscape Diseases in Georgia. UGA Extension Bulletin 1238.
11. Shanmugam, V., Ajit, N.S., Raja, R., Devendra, D,, 2009. Screening carnation and gladiolus cultivars for vascular wilt resistance. Journal Indian Phytopathology 62 (1): 117-118.
12. Soylu, S., Kurt, Ş., Soylu E.M. 2011. Kök Bakterilerinin Orman Fidanlarında Sorun Olan Toprak Kökenli Fungal Hastalık Etmenlerine Karşı Antagonistik Etkinlikleri. Türkiye 1. Orman Entomolojisi ve Patolojisi Sempozyumu 23-25 Kasım 2011- Antalya. s. 280-281
13. White, T.J., Bruns,T., Lee,S., Taylor, J., 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: Innis M.A., D.H. Gelfand, J.J. Sninsky, T.J. White (eds). pp. 315-322. PCR Protocols. A Guide to Methods and Applications. Academic Press, New York, NY, USA.
14. Wingfield, M.J., Brockerhoff, E,G,, Wingfield, B.D., Slippers, B., 2015. Planted forest health: The need for a global strategy. Science 341: 832–836.
15. Yakabe, L. E. Blomquist, C. L. Thomas, S. L. MacDonald, J. D. 2009. Identification and Frequency of Phytophthora Species Associated with Foliar Diseases in California Ornamental Nurseries. Plant Disease 93(9) :883-890.