STR HUM THO1’ in PCR Ürünlerinin Kapiller Jel Elektroforezi

Abstract

HUM THO1 sisteminin STR lokusu Adli Tıp araştırmaları için hızlı, kolay, güvenilir bilgi alınabilen polimorfik DNA lokuslarındandır. Bu sistemler, PCR sayesinde nesep tayini ve Adli olayların aydınlatılmasında son derece umut verici bilgiler sunmaktadırlar. İnsan kaynaklı genomik DNA kelatlaştırma (Chelex 100 ) yöntemiyle izole edildi. STR lokusunun çoğaltılması için Gene Print STR kiti (Promega Corporation,USA), ve kitin kullanma kılavuzuna uygun olarak THO1 lokusunun PCR tekniği ile çoğaltılması sağlandı. THO1 lokusunun PCR ürünleri denatüre edilmiş %4’lük poliakrilamid jel elektroforezi ve gümüş boyama yöntemiyle analiz edildi. Tamamlanan ve tekrar edilebilir olan STR HUM THO1 alellerinden 191 ve199 baz çifti büyüklüğündeki bantları, net ve tekrarlanabilir bir şekilde gözlendi. Kapiller elektroforez elektroforeogramları denatüre edilmiş %4’lük poliakrilamid jel elektroforez bantları ile karşılaştırıldı. Bu çalışmada, kapiller jel elektroforez (CGE)'nin az miktarda örneğe gereksinim duyması, hızlı ve çabuk ayırım süresi, yüksek ayırıcılığı, kolay miktar hesabı ile otomasyona uygunluğu gibi özelliklerinden yola çıkılarak STR HUM THO1’ in PCR ürünlerinin ayırımı amaçlandı.

Keywords

• CH
• STR
• HUM
• THO1

References

1. The DNA Comission of the International Society of Forensic Haemogenetics.: DNA recommendations 1994 report concerning further recommendations of the DNA commission of the ISFH regarding PCR based polymorphisms in STR (Short Tandem Repeat) systems. Int. J. Leg. Med. 1994; 107: 159-160.
2. Kim Y., Morris D.: Separation of nucleic acids by capillary electrophoresis in cellulose solutions with mono- and bis intercalating dyes. Analytical Chemistry. 1994; 66: 1168- 1174.
3. Cengiz S. Cengiz M. Kapiller elektroforez. Biyokimya Dergisi 1992; 17(2): 41-52.
4. Cengiz S. Kapiller Elektroforez uygulamaları. Chemist 1995; 9: 41-50
5. Chen JW. Cohen AS. Karger BL. Identification of DNA molecules by pre-column hybridization using capillary electrophoresis. J Chrom. 1991; 554: 23-32.
6. Huang XC. Stuart SG. Bente PF. Brennan. TM. Capillary gel electrophoresis of single-stranded DNA fragments with UV dedection. J Chrom. 1992; 600: 289-295.
7. Li, S.F.Y.: Capillary electrophoresis principles, practice and applications. J.Chrom. 1993; 52: 1-30.
8. Barron AE. Soane DS. Blanch HW. Capillary electrophoresis of DNA in uncross-linked polymer solutions. J Chrom A. 1993; 652: 3-16

9. Martinez R MC. Berka J. Belenkii A. Foret F. Miller W. Karger BL. DNA sequencing by capillary electrophoresis with replaceable linear polyacrylamide and induced fluoresence detection. Analytical Chemistry. 1993; 68: 2851-2858.
10. Alford, R.L., Hammond, H.A, Coto, I., Caskey, C.T : Rapid and efficient of resolution of parentage by amplification of short tandem repeats. Am. Journal Human Genetic. 1994; 55: 190-195.
11. Brown,J.H.,Jardetzky,T.,Saper,M.A.,Samraoui,B.,Bjorkmman,P.J.,Wiley,D.C.(1988) A hypothetical model of the foreign antigen binding site of Class II histocompatibility molecules.Nature,332,845-850
12. Capon, C., Novelli, G., Dallapiccola, B.: Application of the capillary DNA chromatography in the paternity testing using APOB amplified alleles. Advences in Forensic Haemogenetics 3. 1993; 136-138.
13. Castagnola, M., Cassiano, L., Messana, I., Nocca, G., Rabino, R., Rosetti, D.V., Giardina, B.: Capillary zone electrophoresis of peptides: prediction of the electrophoretic mobility and resolution. Journal of Chromatography B. 1994; 656: 87-97.
14. Cheng, J., Kasuga, T., Mitchelson, K.R., Lightly, E.R.T., Watson, N.D., Martin, W.J., Atkinson.: Polymerase chain reaction heteroduplex polymorphism analysis by entangled solution capillary electrophoresis. Journal of Chromatography. A. 1994; 677: 169-177.
15. Chen, J.W., Cohen, A.S., Karger, B.L.: Identification of DNA molecules by pre-column hybridization using capillary electrophoresis. Journal of Chromatography. 1991; 554: 23-32.
16. Atasoy, S., Brinkmann B., Kalfoğlu, E., Dökmen.: Karadeniz bölgesinde HUMTHO1 polimorfizmi ve adli amaçlı kullanımının incelenmesi. 8. Ulusal Adli Tıp Günleri Poster Sunuları Antalya. Editörler. Kolusayın Özdemir., Yavuz Fatih 1995; 145-148.
17. Kim Y., Morris D.: Separation of nucleic acids by capillary electrophoresis in cellulose solutions with mono- and bis intercalating dyes. Analytical Chemistry. 1994; 66: 1168- 1174.
18. Kuypers, A.W.H.M., Meijerink, J.P.P., Smetsers, T.F.C.M., Linssen, P.C.M., Mensink, E.J.B.M.: Qantitative analysis of DNA aberrations amplified by competitive polymerase chain reaction using capillary electrophoresis. Journal of Chromatography. 1994; 660: 271-277.
19. Helmuth,R.,Fildes,N.,Blake,E.,Luce,M.C.,Chimera.J.,Madej,R.,Gorodezky,C., Stoneking,M., Schmill,N., Klitz,W., Higuchi,R., Erlich,H.A .(1990)HLA-DOAllele and Genotype Frequencies in Various Human Populations, Determined by Using Enzymatic Amplification and Oligonucleotide Probes.Am.J.Hum.Genet.,47:515-523
20. Holland, M.M., Turni, L.A., Del Rio, S., Marino, M., Lofts, M.R.S., Fisher, D.L., Ross, J., Schumm, J.W., Williams, P.L.: Typing human DNA capillary electrophoresis: Comparison of slab gel and capillary formats. Advences in Forensic Haemogenetics 3. 1993; 156-159.
21. Demana, T., Lanan, M., Morris, M.D.: Improved separation of nucleic acids with analyte velocity modulation capillary electrophoresis. Anal. Chem. 1991; 63: 2795-2797.
22. Furedi, S., Woller, J., Padar, Z.: Hungarian population data for the STR systems THO1 and VWA. Int. J. Leg. Med. 1995; 108: 48-49.
23. Kappes, D., Strominger,J.L. (1988) Human ClassII Major Histocompatibility Complex Genes and proteins. Ann. Rev. Biokem., 57:991-1028.