Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler

Kezban Kartlaşmış; Nurten Dikmen

doi:10.17827/aktd.906243

TR EN

Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler

Abstract

DNA dizisi aynı kalarak DNA, RNA ve proteinlerin işlev ve düzenleme mekanizmalarının etkilenmesi ile sonuçlanan gen işlevlerindeki değişiklikler epigenetik olarak tanımlanır. Son yıllarda gelişen teknolojiyle birlikte epigenetik alanında yapılan çalışmalar, insanlar üzerindeki önemli etkilerinin keşfedilmesini ve hastalıklarla ilişkisinin anlaşılmasını sağlamıştır. Birçok hastalık, epigenetik mekanizmaların düzenlenmesindeki hata ya da düzensizlik ile genlerin ifadesinin aşırı artması/baskılanması sonucunda ortaya çıkmaktadır. Son dönemlerde üzerinde çok çalışılan ve hakkında en çok bilgi sahibi olunan epigenetik mekanizmalar DNA ve RNA metilasyonudur. Epigenetik hastalık mekanizmalarının anlaşılma ve değerlendirilmesinde metilasyonların yanı sıra DNA ve RNA demetilasyon süreçleriyle ilgili olarak yapılan moleküler düzeydeki araştırmalar da büyük önem kazanmıştır.

Keywords

Demetilasyon, Epigenezis, Nucleobase

References

1. Gürel Ç, Nursal AF, Yiğit S. Epigenetik ve kanser. Türkiye Klinikleri J Radiat Oncol-Special Topics 2016;2:45-51.
2. Kaellin WG, Mcknight S. Influence of metabolism on epigenetics and disease. Cell Journal 2013;153:56-69.
3. Cheng Z, Zheng L, Almeida FA. Epigenetic reprogramming in metabolic disorders: nutritional factors and beyond. J Nutr Biochem. 2018;54:1-10.
4. İzmirli M, Tufan T, Alptekin D. DNA Metilasyonu. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi. 2012;21:274-282.
5. Traube FR, Carell T. The chemistries and consequences of DNA and RNA methylation and demethylation. RNA Biol. 2017;14:1099-1107. 6. Shen L, Song CX, He C, Zhang Y. Mechanism and function of oxidative reversal of DNA and RNA methylation. Annu Rev Biochem. 2014;83:585-614.
7. Jabgunde AM, Jaziri F, Bande O, Froeyen M, Abramov M, Nguyen H et al. Methylated Nucleobases: Synthesis and evaluation for base pairing in vitro and in vivo. Chemistry A European Journal. 2018;24:12695-12707.
8. Moulay S. N-Methylation of Nitrogen-containing organic substrates:a comprehensive overview. Current Organic Chemistry. 2019;23:1695-1937.
9. Bencini A, Bianchi A, Giorgi C, Paoletti P, Valtancoli B, Fusi V et al. effect of nitrogen methylation on cation and anion coordination by hexa- and heptaazamacrocycles. catalytic properties of these ligands in ATP dephosphorylation. Inorganic Chemistry. 1996;35:1114–1120.
10. Swift LH, Golsteyn RM. Genotoxic anti-cancer agents and their relationship to dna damage, mitosis, and checkpoint adaptation in proliferating cancer cells. Int J Mol Sci. 2014;15:3403–3431.
11. Auclair G, Weber M. Mechanisms of DNA methylation and demethylation in mammals. Biochimie. 2012;94:2202-2211.

12. Rydberg B, Lindahl T. Nonenzymatic methylation of DNA by the intracellular methyl group donor S-adenosyl-l-methionine is a potentially mutagenic reaction. EMBO Journal. 1982;1:211-216.
13. Zhouab Y, Konge Y, Fanf W, Tao T, Xiaog Q, Li N et al. Principles of RNA methylation and their implications for biology and medicine. Biomedicine & Pharmacotherapy J. 2020;131:1-22.
14. Yan F, Fujimori DG. RNA methylation by Radical SAM enzymes RlmN and Cfr proceeds via methylene transfer and hydride shift. PNAS J. 2011;108:3930-3934.
15. Shen H, Lan Y, Zhao Y, Shi Y, Jin J, Xie W. The emerging roles of N6-methyladenosine RNA methylation in human cancers. Biomarker Research. 2020;24:8.
16. Golovina AY, Sergiev PV, Dontsova OA. Methods for modified nucleotide identification in ribosomal RNA. Moscow University Chemistry Bulletin. 2012;67:82-87.
17. Liu W, Anyszka MJ, Piecyk K, Dickson L, Wallace A, Niedzwiecka A et al. Structural basis for nematode eIF4E binding an m2,2,7G-Cap and its implications for translation initiation. Nucleic Acids Res. 2011;39:8820–8832.
18. Micura R, Pils W, Höbartner C, Grubmayr K, Ebert MO, Jaun B. Methylation of the nucleobases in RNA oligonucleotides mediates duplex–hairpin conversion. Nucleic Acids Res. 2001;29:3997–4005.
19. Niu Y, Zhao X, Wu YS, Li MM, Wang XJ, Yang YG. N6-methyl-adenosine (m6A) in RNA: An Old Modification with A Novel Epigenetic Function. Genomics, Proteomics & Bioinformatics. 2013;11:8-17.
20. Moore LD, Le T, Fan G. DNA methylation and its basic function. Neuropsychopharmacology Journal. 2013;38:23–38.
21. Kumar S, Chinnusamy V, Mohapatra T. Epigenetics of modified DNA bases: 5-methylcytosine and beyond. Front. Genet. 2018;9:640.
22. Zou S, Toh JD, Wong KH, Gao YG, Hong W, Woon E. N6-Methyladenosine: a conformational marker that regulates the substrate specificity of human demethylases FTO and ALKBH5. Scientific Reports. doi.org/10.1038/srep25677.
23. Neri F, Rapelli S, Krepelova A, Incarnato D, Parlato C, Basile G et al. Intragenic DNA methylation prevents spurious transcription initiation. Nature. 2017;543:72-77.
24. Mitra S. MGMT: a personal perspective. DNA Repair (Amst). 2007;8:1064–1070.
25. Xiong J, Ye TT, Ma CJ, Cheng QY, Yuan BF, Feng YQ. N6-Hydroxymethyladenine: a hydroxylation derivative of N6-methyladenine in genomic DNA of mammals. Nucleic Acids Research. 2019;47:1268–1277.
26. Settles S, Wang RW, Fronza G, Gold B. Effect of N3-methyladenine and an isosteric stable analogue on DNA polymerization. Journal of Nucleic acids. 2010. Article ID 426505.
27. Hahn MA, Szabó PE, Pfeifer GP. 5-Hydroxymethylcytosine: A stable or transient DNA modification? Genomics. 2014;104:314-323.
28. Hausinger RP. FeII/alpha-ketoglutarate-dependent hydroxylases and related enzymes. Crit Rev Biochem Mol Biol. 2004;39:21-68.
29. Guengerich FP. Introduction: Metals in Biology: α-ketoglutarate/ıron-dependent dioxygenases. Journal of Biological Chemistry. 2015;290:20700-20701.
30. Xu B, Liu D, Wang Z,Tian R, Zuo Y. Multi-substrate selectivity based on key loops and non-homologous domains: new insight into ALKBH family. Cellular and Molecular Life Sciences. 2021;78:129–141.
31. Rasmussen KD, Helin K. Role of TET enzymes in DNA methylation, development, and cancer. Genes Dev. 2016;30:733–750.
32. Ougland R, Rognes T, Klungland A, Larsen E. Non-homologous functions of the AlkB homologs. J Mol Cell Biol. 2015;7:494-504.
33. Yang J, Bashkenova N, Zang R, Huang X, Wang J. The roles of TET family proteins in development and stem cells. Development. 2020. doi: 10.1242/dev.183129

Details

Primary Language

Turkish

Subjects

Health Care Administration

Journal Section

Review

Authors

Kezban Kartlaşmış ^*
0000-0001-5090-0013
Türkiye

Nurten Dikmen
0000-0003-3288-0228
Türkiye

Publication Date

September 30, 2021

Submission Date

March 30, 2021

Acceptance Date

June 17, 2021

Published in Issue

Year 2021 Volume: 30 Number: 3

DOI

https://doi.org/10.17827/aktd.906243

IZ

https://izlik.org/JA98FR46EK

APA

Kartlaşmış, K., & Dikmen, N. (2021). Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi, 30(3), 158-165. https://doi.org/10.17827/aktd.906243

AMA

1.Kartlaşmış K, Dikmen N. Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi. 2021;30(3):158-165. doi:10.17827/aktd.906243

Chicago

Kartlaşmış, Kezban, and Nurten Dikmen. 2021. “Nükleobazların Demetilasyonu Ve Güncel Gelişmeler”. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi 30 (3): 158-65. https://doi.org/10.17827/aktd.906243.

EndNote

Kartlaşmış K, Dikmen N (September 1, 2021) Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi 30 3 158–165.

IEEE

[1]K. Kartlaşmış and N. Dikmen, “Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler”, Arşiv Kaynak Tarama Dergisi, vol. 30, no. 3, pp. 158–165, Sept. 2021, doi: 10.17827/aktd.906243.

ISNAD

Kartlaşmış, Kezban - Dikmen, Nurten. “Nükleobazların Demetilasyonu Ve Güncel Gelişmeler”. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi 30/3 (September 1, 2021): 158-165. https://doi.org/10.17827/aktd.906243.

JAMA

1.Kartlaşmış K, Dikmen N. Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi. 2021;30:158–165.

MLA

Kartlaşmış, Kezban, and Nurten Dikmen. “Nükleobazların Demetilasyonu Ve Güncel Gelişmeler”. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi, vol. 30, no. 3, Sept. 2021, pp. 158-65, doi:10.17827/aktd.906243.

Vancouver

1.Kezban Kartlaşmış, Nurten Dikmen. Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi. 2021 Sep. 1;30(3):158-65. doi:10.17827/aktd.906243

This journal is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler

Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler

Abstract

Keywords

Demethylation of Nucleobases and Current Developments

Abstract

Keywords

References

Details

Primary Language

Subjects

Journal Section

Authors

Publication Date

Submission Date

Acceptance Date

Published in Issue

DOI

IZ

Cite