Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler

Kezban Kartlaşmış; Nurten Dikmen

doi:10.17827/aktd.906243

TR EN

Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler

Öz

DNA dizisi aynı kalarak DNA, RNA ve proteinlerin işlev ve düzenleme mekanizmalarının etkilenmesi ile sonuçlanan gen işlevlerindeki değişiklikler epigenetik olarak tanımlanır. Son yıllarda gelişen teknolojiyle birlikte epigenetik alanında yapılan çalışmalar, insanlar üzerindeki önemli etkilerinin keşfedilmesini ve hastalıklarla ilişkisinin anlaşılmasını sağlamıştır. Birçok hastalık, epigenetik mekanizmaların düzenlenmesindeki hata ya da düzensizlik ile genlerin ifadesinin aşırı artması/baskılanması sonucunda ortaya çıkmaktadır. Son dönemlerde üzerinde çok çalışılan ve hakkında en çok bilgi sahibi olunan epigenetik mekanizmalar DNA ve RNA metilasyonudur. Epigenetik hastalık mekanizmalarının anlaşılma ve değerlendirilmesinde metilasyonların yanı sıra DNA ve RNA demetilasyon süreçleriyle ilgili olarak yapılan moleküler düzeydeki araştırmalar da büyük önem kazanmıştır.

Anahtar Kelimeler

Demetilasyon, Epigenezis, Nucleobase

Kaynakça

1. Gürel Ç, Nursal AF, Yiğit S. Epigenetik ve kanser. Türkiye Klinikleri J Radiat Oncol-Special Topics 2016;2:45-51.
2. Kaellin WG, Mcknight S. Influence of metabolism on epigenetics and disease. Cell Journal 2013;153:56-69.
3. Cheng Z, Zheng L, Almeida FA. Epigenetic reprogramming in metabolic disorders: nutritional factors and beyond. J Nutr Biochem. 2018;54:1-10.
4. İzmirli M, Tufan T, Alptekin D. DNA Metilasyonu. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi. 2012;21:274-282.
5. Traube FR, Carell T. The chemistries and consequences of DNA and RNA methylation and demethylation. RNA Biol. 2017;14:1099-1107. 6. Shen L, Song CX, He C, Zhang Y. Mechanism and function of oxidative reversal of DNA and RNA methylation. Annu Rev Biochem. 2014;83:585-614.
7. Jabgunde AM, Jaziri F, Bande O, Froeyen M, Abramov M, Nguyen H et al. Methylated Nucleobases: Synthesis and evaluation for base pairing in vitro and in vivo. Chemistry A European Journal. 2018;24:12695-12707.
8. Moulay S. N-Methylation of Nitrogen-containing organic substrates:a comprehensive overview. Current Organic Chemistry. 2019;23:1695-1937.
9. Bencini A, Bianchi A, Giorgi C, Paoletti P, Valtancoli B, Fusi V et al. effect of nitrogen methylation on cation and anion coordination by hexa- and heptaazamacrocycles. catalytic properties of these ligands in ATP dephosphorylation. Inorganic Chemistry. 1996;35:1114–1120.
10. Swift LH, Golsteyn RM. Genotoxic anti-cancer agents and their relationship to dna damage, mitosis, and checkpoint adaptation in proliferating cancer cells. Int J Mol Sci. 2014;15:3403–3431.
11. Auclair G, Weber M. Mechanisms of DNA methylation and demethylation in mammals. Biochimie. 2012;94:2202-2211.

12. Rydberg B, Lindahl T. Nonenzymatic methylation of DNA by the intracellular methyl group donor S-adenosyl-l-methionine is a potentially mutagenic reaction. EMBO Journal. 1982;1:211-216.
13. Zhouab Y, Konge Y, Fanf W, Tao T, Xiaog Q, Li N et al. Principles of RNA methylation and their implications for biology and medicine. Biomedicine & Pharmacotherapy J. 2020;131:1-22.
14. Yan F, Fujimori DG. RNA methylation by Radical SAM enzymes RlmN and Cfr proceeds via methylene transfer and hydride shift. PNAS J. 2011;108:3930-3934.
15. Shen H, Lan Y, Zhao Y, Shi Y, Jin J, Xie W. The emerging roles of N6-methyladenosine RNA methylation in human cancers. Biomarker Research. 2020;24:8.
16. Golovina AY, Sergiev PV, Dontsova OA. Methods for modified nucleotide identification in ribosomal RNA. Moscow University Chemistry Bulletin. 2012;67:82-87.
17. Liu W, Anyszka MJ, Piecyk K, Dickson L, Wallace A, Niedzwiecka A et al. Structural basis for nematode eIF4E binding an m2,2,7G-Cap and its implications for translation initiation. Nucleic Acids Res. 2011;39:8820–8832.
18. Micura R, Pils W, Höbartner C, Grubmayr K, Ebert MO, Jaun B. Methylation of the nucleobases in RNA oligonucleotides mediates duplex–hairpin conversion. Nucleic Acids Res. 2001;29:3997–4005.
19. Niu Y, Zhao X, Wu YS, Li MM, Wang XJ, Yang YG. N6-methyl-adenosine (m6A) in RNA: An Old Modification with A Novel Epigenetic Function. Genomics, Proteomics & Bioinformatics. 2013;11:8-17.
20. Moore LD, Le T, Fan G. DNA methylation and its basic function. Neuropsychopharmacology Journal. 2013;38:23–38.
21. Kumar S, Chinnusamy V, Mohapatra T. Epigenetics of modified DNA bases: 5-methylcytosine and beyond. Front. Genet. 2018;9:640.
22. Zou S, Toh JD, Wong KH, Gao YG, Hong W, Woon E. N6-Methyladenosine: a conformational marker that regulates the substrate specificity of human demethylases FTO and ALKBH5. Scientific Reports. doi.org/10.1038/srep25677.
23. Neri F, Rapelli S, Krepelova A, Incarnato D, Parlato C, Basile G et al. Intragenic DNA methylation prevents spurious transcription initiation. Nature. 2017;543:72-77.
24. Mitra S. MGMT: a personal perspective. DNA Repair (Amst). 2007;8:1064–1070.
25. Xiong J, Ye TT, Ma CJ, Cheng QY, Yuan BF, Feng YQ. N6-Hydroxymethyladenine: a hydroxylation derivative of N6-methyladenine in genomic DNA of mammals. Nucleic Acids Research. 2019;47:1268–1277.
26. Settles S, Wang RW, Fronza G, Gold B. Effect of N3-methyladenine and an isosteric stable analogue on DNA polymerization. Journal of Nucleic acids. 2010. Article ID 426505.
27. Hahn MA, Szabó PE, Pfeifer GP. 5-Hydroxymethylcytosine: A stable or transient DNA modification? Genomics. 2014;104:314-323.
28. Hausinger RP. FeII/alpha-ketoglutarate-dependent hydroxylases and related enzymes. Crit Rev Biochem Mol Biol. 2004;39:21-68.
29. Guengerich FP. Introduction: Metals in Biology: α-ketoglutarate/ıron-dependent dioxygenases. Journal of Biological Chemistry. 2015;290:20700-20701.
30. Xu B, Liu D, Wang Z,Tian R, Zuo Y. Multi-substrate selectivity based on key loops and non-homologous domains: new insight into ALKBH family. Cellular and Molecular Life Sciences. 2021;78:129–141.
31. Rasmussen KD, Helin K. Role of TET enzymes in DNA methylation, development, and cancer. Genes Dev. 2016;30:733–750.
32. Ougland R, Rognes T, Klungland A, Larsen E. Non-homologous functions of the AlkB homologs. J Mol Cell Biol. 2015;7:494-504.
33. Yang J, Bashkenova N, Zang R, Huang X, Wang J. The roles of TET family proteins in development and stem cells. Development. 2020. doi: 10.1242/dev.183129

Ayrıntılar

Birincil Dil

Türkçe

Konular

Sağlık Kurumları Yönetimi

Bölüm

Derleme

Yazarlar

Kezban Kartlaşmış ^*
0000-0001-5090-0013
Türkiye

Nurten Dikmen
0000-0003-3288-0228
Türkiye

Yayımlanma Tarihi

30 Eylül 2021

Gönderilme Tarihi

30 Mart 2021

Kabul Tarihi

17 Haziran 2021

Yayımlandığı Sayı

Yıl 2021 Cilt: 30 Sayı: 3

DOI

https://doi.org/10.17827/aktd.906243

IZ

https://izlik.org/JA98FR46EK

APA

Kartlaşmış, K., & Dikmen, N. (2021). Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi, 30(3), 158-165. https://doi.org/10.17827/aktd.906243

AMA

1.Kartlaşmış K, Dikmen N. Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler. aktd. 2021;30(3):158-165. doi:10.17827/aktd.906243

Chicago

Kartlaşmış, Kezban, ve Nurten Dikmen. 2021. “Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler”. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi 30 (3): 158-65. https://doi.org/10.17827/aktd.906243.

EndNote

Kartlaşmış K, Dikmen N (01 Eylül 2021) Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi 30 3 158–165.

IEEE

[1]K. Kartlaşmış ve N. Dikmen, “Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler”, aktd, c. 30, sy 3, ss. 158–165, Eyl. 2021, doi: 10.17827/aktd.906243.

ISNAD

Kartlaşmış, Kezban - Dikmen, Nurten. “Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler”. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi 30/3 (01 Eylül 2021): 158-165. https://doi.org/10.17827/aktd.906243.

JAMA

1.Kartlaşmış K, Dikmen N. Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler. aktd. 2021;30:158–165.

MLA

Kartlaşmış, Kezban, ve Nurten Dikmen. “Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler”. Arşiv Kaynak Tarama Dergisi, c. 30, sy 3, Eylül 2021, ss. 158-65, doi:10.17827/aktd.906243.

Vancouver

1.Kezban Kartlaşmış, Nurten Dikmen. Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler. aktd. 01 Eylül 2021;30(3):158-65. doi:10.17827/aktd.906243

Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler

Nükleobazların Demetilasyonu ve Güncel Gelişmeler

Öz

Anahtar Kelimeler

Demethylation of Nucleobases and Current Developments

Öz

Anahtar Kelimeler

Kaynakça

Ayrıntılar

Birincil Dil

Konular

Bölüm

Yazarlar

Yayımlanma Tarihi

Gönderilme Tarihi

Kabul Tarihi

Yayımlandığı Sayı

DOI

IZ

Kaynak Göster