Ancient DNA Studies from Anthropological Bone Samples

Year 2016, , 23 - 41, 30.12.2016

Evrim Tekeli , Cüneyt Elma

https://doi.org/10.1501/antro_0000000336

Cited By: 1

Abstract

Anatolia is very rich geography which has received many pre-historic civilisations historically and biological. Excavation sites and antique materials which provide valuable information for archeologists and anthropologists around all sides of this geography. While various materials which have been taken out of the excavations have been significant to illuminate the past, morphological studies on skeleton samples which have been taken from the excavations have replied many concerned questions for anthropologists. Ancient DNA studies and accordingly molecular anthropology have occurred as a result of the development in the genetic technology and the coordinated studies with other sciences of anthropology. Many anthropological information can be gotten from aDNA as the relations between species from past to the day, their evolutionary developments, individuals and populations' migratory routes. These samples which are very difficult to be concluded due to very little DNA in ancient samples, for example, their degradation at varying degrees by history and its conditions, and furthermore, the high contamination risk require careful and hard studies. When procedures that will be applied in the studies which have been concluded from the excavation sites to laboratory analyses in ancient DNA studies and precautions to be taken are successfully done, the concerned questions belonging to past will have been replied

Keywords

ancient DNA, anthropology, molecular anthropology, contamination

Antropolojik Kemik Örneklerinden Antik DNA Çalışmaları

Abstract

Anadolu, çok sayıda prehistorik medeniyete ev sahipliği yapan tarihi ve biyolojik açıdan çok zengin bir coğrafyadır. Bu coğrafyanın dört bir yanı arkeologlar ve antropologlar için değerli bilgiler sağlayan kazı alanları ve antik materyaller ile doludur. Yapılan kazılardan çıkartılan çeşitli materyaller arkeologlar için geçmişin aydınlatılması için önemli olurken, antropologlar için de kazıdan çıkarılan iskelet örnekleri üzerinde yapılan morfolojik çalışmalar, merak edilen birçok soruyu cevaplamaktadır. Genetik teknolojinin ilerlemesi ve antropolojinin diğer bilim dalları ile koordineli çalışması sonucunda antik DNA çalışmaları ve buna bağlı olarak moleküler antropoloji ortaya çıkmıştır. Antik DNA ile geçmiş zamandan günümüze türlerin birbiri ile ilişkileri, evrimsel gelişimleri, bireylerin ve populasyonların göç yolları gibi birçok antropolojik bilgiler sağlanabilir. Antik örneklerde DNA’nın çok az miktarda olması, örneğin tarihi ve içinde bulunduğu şartlara göre değişen derecelerde degrade olması ayrıca kontaminasyon riskinin yüksek olmasından dolayı sonuç elde edilmesi oldukça zor olan bu örnekler dikkatli ve zahmetli bir çalışma gerektirir. Antik DNA çalışmalarında kazı alanından başlayarak laboratuar analizleri ile sonuçlanan çalışmalarda uygulanacak prosedürler ve alınması gereken önlemler başarılı bir şekilde gerçekleştirildiğinde geçmişe ait merak edilen sorular cevaplanmış olacaktır

Keywords

antik DNA, antropoloji, moleküler antropoloji, kontaminasyon

References

• Akış, I. (2014) “Antik DNA Çalışmaları ve Türkiye”, Journal of Cell and Molecular Biology 12(1&2), 1-9, Haliç University.
• Bilgic, H., Hakkı, E.E., Pandey, A., Khan, M.K. ve Akkaya, M.S. (2016), “Ancient DNA from 8400 Year- Old Çatalhöyük Wheat: Implications for the Origin of Neolithic Agriculture”, PLoS one 11,E0151974
• Bollongino, R. ve Vigne, J.D. (2008) “Temperature monitoring in archaeological animal bone samples in the Near East arid area, before, during and after excavation”, J. Archaeeol. Sci. 34 (4), 873–881.
• Chobe, L.P., Chadha, M.S., Banerjee, K. ve Arankalle, V.A. (1997) “Detection of HEV RNA in faeces, by RT-PCR during the epidemics of Hepatitis E in India (1976-1995)”, J. Viral Hepat. 4(2), 129-133.
• Dağtaş Diltaş, N., (2013) Kısa bir antik DNA bölgesi ve bu bölgenin Güneydoğu Anadolu’daki koyunların mitokondriyal DNA haplogrupların belirlenmesinde kullanımı, Yüksek Lisans Tezi, Ortadoğu Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Bölümü, Ankara
• Daskalaki, E. (2004) Archaeological Genetics - Approaching Human History through DNA Analysis, Digital Comprehensive Summaries of Uppsala Dissertations from the Faculty of Science and Technology 1101,bUppsala University, Sweden.
• Doğan Alakoç, Y. (2007) Diş dokularından DNA analizi ile cinsiyet tayini ve sonuçların odontometrik veriler ile karşılaştırılması, Doktora Tezi, Ankara Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Adli Tıp Anabilim Dalı, Ankara.
• Gokcumen, O., Gultekin ,T., Dogan Alakoc, Y., Tug, A., Gulec, E., Schurr, TG. (2011) “Biological Ancestries, Kinship Connections and Projected Identities in Four Central Anatolian Settlements: Insights from Culturally Contextualized Genetic Anthropology”, American Anthropologist 113(1), 116–131.
• Gökçümen, Ö., Gültekin, T. (2009) “Genetik ve Kamusal Alan”, Ankara Üniversitesi Dil ve Tarih-Coğrafya Fakültesi Dergisi 49(1), 19-31.
• Gültekin, T., Gökçümen,Ö., (2009) “Genetik Bilgi ve Antropoloji”, Bilim ve Teknik Dergisi 494.
• Güral, D. (2007) Arkeolojide Biyolojik Yöntemler: aDNA. Yüksek Lisans Tezi. İstanbul Üniversitesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, Arkeoloji Anabilim Dalı
• Hagelberg, E., Clegg, J. (1991) “Isolation and characterisation of DNA from archaeological bone”. Proceeding of the Royal Society of London Series B244, s: 45-50
• Hardy, C., Callou, C., Vigne, J.D., Casane, D., Dennebouy, N., Mounolou, C. ve Monnerot, M. (1995) “Rabbit mitochondrial DNA diversity from prehistoric to modern time” J Mol Evol. 40: 227-237.
• Higgins, D., Austin, J.J. (2013), “Teeth as a source of DNA for forensic identification of human remains: a review”, Science & Justice 53(4), 433–441.
• Höss, M., Pääbo, S. (1993) “DNA extraction from Pleistocene bones silice-basen purification method”, Nucleic Acids Res 21(16), 3913-3914.
• Hummel, S. (2003) Ancient DNA typing: methods, strategies and applications. Springer Verlag. Berlin, Germany.
• İmamoğlu Ö., Karapirli, M., Akboyun, N. (2011) “Diş Örneklerinden DNA Elde Edilme Değerlendirilmesi”, Adli Tıp Dergisi 26(1), 38-48.
• Kirsanow, K. ve Burger, J. (2012) “Ancient human DNA” Annals of Anatomy 194, 121-132.
• Loreille, O.M., Diegoli, T.M., Irwin, J.A., Coble, M.D. ve Parsons, T. J. (2007) “High efficiency DNA extraction from bone total demineralization”, Forensic Science International: Genetics 1, 191–195.
• Marchant, J., (2011), “Curse of The Pharoah’s DNA”, Nature 472, 404-406.
• Nielsen-Marsh, C. ve Hedges, R. (2000) “Patterns of Bone Diagenesis in Bone I: The effect of Site Environments”, J Archaeol Sci. 27, 1139- 1150.
• Özcan, Ş.Ş. (2010) Arkeolojik Toplumlarda Akrabalık İlişkileri : Bir Moleküler Antropolojik Yaklaşım, Doktora Tezi,İstanbul Üniversitesi Adli Tıp Enstitüsü, Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı.
• Pääbo, S. (1985) “Molecular cloning of Ancient Egyptian mummy DNA”, Nature 314, 644-645.
• Pääbo, S., Poinar, H., Serre, D., Jaenicke-Després, V., Hebler, J., Rohland, N., ... ve Hofreiter, M. (2004), “Genetic analyses from ancient DNA”, Annu Rev Genet, 38, 645-679.
• Parsons, T.J. ve Weedn V.W. (1996) “Preservation and recovery of DNA in postmortem speciemens and trace samples”, Haglund WD ve Sorgy M.H, (Eds.), Forensic Taphonomy: The Postmortem Fate of Human Remains, 109- 138. Baco Raton, FL:CRC Press.
• Rizzi, E., Lari, M., Gigli, E., De Bellis, G., ... ve Caramelli, D. (2012) “Ancient DNA Studies :new perspectives on old samples”, Genetics Selection Evolution 44(1), 1.
• Salo, W.L., Aufderheide, A.C., Buikstra, J. Ve Holcomb, T.A. (1994) “Identification of Mycobacterium tuberculosis in a pre Columbian mummy”, Proc Natl Acad Sci, 91(6), 2091-2094.
• Singh, J. ve Garg, A. (2014) “Ancient DNA Analysis And Its Probable Applications In Forensic Anthropology”, J Punjab Acad Forensic Med Toxicol, 14(1), 43- 50.
• Stone, A.C. (2008) “DNA Analysis of Archaelogical Remains”, Biological Anthropology of the Human Skeleton, M.A. Katzenberg ve S.R. Saunders (Eds.), Chapter: 15, 461-482.
• Tekeli, E., Vural, H.C. ve Tırpan, A.A. (2015) “Identification Gender of Ancient Human DNAs from Koranza Skeletal Remains in Turkey Using Molecular Techniques’’, Genomics and Applied Biology, 6(1), 1-10.
• Tilotta, F., Brousseau, P., Lepareur, E., Yasukawa, K. ve de Mazancourt, P. (2010) “A comparative study of two methods of dental pulp extraction for genetic fingerprinting”, Forensic Science International, 202(1), e39–e43.
• Yang, D.Y. ve Watt, K. (2005) “Contamination controls when preparing archaeological remains for ancient DNA analysis”, Journal of Archaeological Science 32, 331–336.
• Q’Rourke, D.H., Carlyle, S.W. ve Parr, R.L (1996) “Ancient DNA: methods, progress, and perspectives”, Am J Hum Biol, 8, 557-571.