Classification of Karayaka and Bafra (Chios x Karayaka B1) sheep according to body measurements by different clustering methods

Abstract

This study has been carried out to classify Karayaka and Bafra (Chios x Karayaka B1) sheep according to body measurements by k-Means within nonhierarchical clustering methods and single linkage, average linkage and complete linkage within hierarchical clustering methods. In this research, age-adjusted data of body measurements of 223 Karayaka and 462 Bafra sheep in various ages breed in Gökhöyük Agricultural Enterprise that belongs to General Directorate of Agricultural Enterprises were used. At the end of the study, it was detected that it was obtained the best parameter value when Bafra sheep were divided into 7 clusters and Karayaka into 3 according to k-Means method, and in hierarchical clustering methods, it was obtained different clusters according to various levels of similarity and distance. These results put forward that according to classifications made by different clustering methods, Bafra has a more heterogeneous structure than Karayaka in terms of body measurements

Keywords

• Body measurements
• clustering analysis
• k-means
• sheep

Farklı kümeleme yöntemleri ile Karayaka ve Bafra (Sakız x Karayaka G1) koyunlarının vücutölçülerine göre sınıflandırılması

Abstract

Bu çalışma, Karayaka ve Bafra (Sakız x Karayaka G1) koyunlarının vücut ölçüleri yönünden aşamalı olmayan kümeleme yöntemlerinden k-Ortalamalar yöntemi ve aşamalı kümeleme yöntemlerinden Tek Bağlantı, Ortalama Bağlantı ve Tam Bağlantı yöntemleri ile sınıflandırılması amaçlanmıştır. Araştırmada, Tarım İşletmeleri Genel Müdürlüğü’ne bağlı Gökhöyük Tarım İşletmesi’nde yetiştirilen 223 Karayaka ve 462 Bafra koyununun vücut ölçülerine ait yaşa göre düzeltilmiş verileri kullanılmıştır. Araştırma sonucunda, k-Ortalamalar yöntemine göre Karayaka koyunlarının 3, Bafra’nın ise 7 kümeye ayrıldığında en iyi parametre değerine ulaşıldığı, aşamalı kümeleme yöntemlerinde ise çeşitli benzerlik ve uzaklık düzeyine göre farklı küme sayıları elde edildiği saptanmıştır. Bu bulgular, farklı kümeleme yöntemleri ile yapılan sınıflandırmalarda Bafra genotipinin Karayaka’ya göre beden ölçüleri bakımından daha heterojen bir yapıda olduğunu ortaya koymuştur

Keywords

• k-ortalamalar
• koyun
• kümeleme analizi
• vücut ölçüleri

References

1. Akçapınar H, Özbeyaz C (1999): Hayvan Yetiştiriciliği Temel Bilgileri. Kariyer Matbaacılık Ltd, Ankara.
2. Akçapınar H (2000): Çevre Faktörlerinin Eliminasyonu. Ders Notları, Ankara.
3. Aleksandrov BV, Skorkina AE (1976): Use of cluster analysis in the breeding of pigs. Doklady Vsesoyuznoi Akademii Sel'skokhozyaistvennykh Nauk, 10, 38-40.
4. Anderberg MR (1973):Cluster Analysis for Aplications.Academic Press, NewYork.
5. Arıtürk E, Akçapınar H, Aydoğan M (1985): Karayaka koyun ırkının saf yetiştirme ve melezleme ile ıslahı. Doğa Bilim Dergisi, 9, 21-26.
6. Atasoy F, Ünal N, Akçapınar H, Mundan D (2003): Karayaka ve Bafra koyunlarında bazı verim özellikleri. Türk J Vet Anim Sci, 27, 259-264.
7. Aydoğan M (1985): Karayaka, Ile de France x Karayaka (F1) ve Sakız x Karayaka kuzularının büyüme, besi performansı ve karkas özelliklerinin karşılaştırılması. Ankara Üniv Vet Fak Derg, 32, 111-130.
8. Aydoğan M, Gül İ (1992): Sakız ve Karayaka ırkları arasındaki melezlemelerle yeni bir koyun tipinin geliştirilme imkanları. Doğa-Tr J Vet Anim Sci, 16, 393- 402.

9. Batu S, Arıtürk E, Özcan H, Ertuğrul N (1963): Bandırma Merinos Yetiştirme Çiftliği koyunlarında son yıllarda görülen verim azalmaları üzerinde araştırmalar. Ankara Üniv Vet Fak Derg, 10, 238-253.
10. Doğan İ (2002): Kümeleme analizi ile seleksiyon. Turk J Vet Anim Sci, 26, 47-53.
11. Erdoğan M, Özbeyaz C (2004): Investigation of blood protein polymorphism and estimation of genetic distances in some dog breeds in Turkey. Turk J Vet Anim Sci, 28, 583-590.
12. Everitt B (1974): Cluster Analysis. Heinemann Educational Books Ltd, London.
13. Gürcan S, Akçapınar H (2002): Alman Et ve Karacabey Merinosu koyunlarının canlı ağırlık, vücut ölçüleri ve yapağı inceliği yönünden kümeleme analizi ile incelenmesi. Turk J Vet Anim Sci, 26, 1255-1261.
14. Hartigan JA (1975): Clustering Algorithms. John Wiley and Sons, Inc, New York.
15. Hawkins DM, Muller MW, Krooden AT (1982): Topics in Applied Multivariate Analysis. Cambridge Üniversity Press, London.
16. Johnson RA, Wichern DW (2002): Applied Multivariate Statistical Analysis. 5nd edition. Prentice Hall International Inc, New Jersey.
17. Mardia KV, Kent JT, Bibby JM, (1989): Multivariate Analysis. 7th edition. Academic Press, London.
18. Marriot FHC (1971): Practical problems in a method of cluster analysis. Biometrics, 27, 501-514.
19. Neser FWC, Erasmus GJ, Scholtz MM (2008): The use of a cluster analysis in across herd genetic evaluation for beef cattle. S Afr J Anim Sci, 38, 51-57.
20. Özbeyaz C, Yıldız MA, Çamdeviren H (1999): Türkiye’de yetiştirilen çeşitli sığır ırkları arasındaki genetik ilişkiler. Lalahan Hay Araşt Enst Derg, 39, 17-32.
21. Özdamar K (2004): Paket Programlar ile İstatistiksel Veri Analizi (Çok Değişkenli Analizler). Kaan Kitabevi, Eskişehir.
22. Peters JP, Martinelli JA (1989): Hierarchical cluster analysis as a tool to manage variation in germplasm collections. Theor appl genet, 78, 42-48.
23. Rousing T, Wemelsfelder F (2006): Qualitative assessment of social behaviour of dairy cows housed in loose housing systems. Appl Anim Behav Sci, 101, 40-53.
24. Salako A E (2006): Principal component factor analysis of the morphostructure of immature Uda sheep. Int J Morphol, 24, 571-574.
25. Streitz E, Baulain U, Kallweit E (1995): Investigation on body composition of growing lambs by means of magnetic resonance. Zuchtungskunde, 67, 392-403
26. Tatlıdil H (1996): Uygulamalı Çok Değişkenli İstatistiksel Analiz. Cem Web Ofset Ltd, Ankara.
27. Ünal N (2002): Akkaraman ve Sakız x Akkaraman F1 Kuzularda yaşama gücü, büyüme ve bazı vücut ölçüleri. Turk J Vet Anim Sci, 26, 109-116.