Yöresel cırgalan biberi genotiplerinin ISSR markırları ile karakterizasyonu

Hasan Pınar; Ömer Faruk Coşkun; Emrah Uysal; Osman Gülşen; Halit Yetişir

Yöresel cırgalan biberi genotiplerinin ISSR markırları ile karakterizasyonu

Abstract

Cırgalan biberi, Kayseri’de uzun yıllardan beri yetiştirilen, kurutulduktan sonra toz biber olarak tüketilen yerli bir çeşittir olup bölgede baharat piyasasında hatırı sayılır değere sahiptir. Ancak son yıllarda söz konusu çeşidin verimliliği ve kalitesindeki düşüşler biber çeşidinin yavaş yavaş üretimden çekilmesine neden olabilecektir. Biber ıslahının ilk aşaması mevcut genotiplerin karakterize edilmesidir. Bu çalışmada Kayseri ili merkez ve ilçelerinden temin edilen 16 adet farklı Cırgalan biberi genotipinin ISSR markır sistemi ile karakterizasyonu yapılmıştır. Çalışmada 16 adet ISSR primerinden toplam 107 band elde edilmiş ve bu bandlardan 23 adedi polimorfik bulunmuştur. Genetik benzerlik 0.95-0.99 arasında belirlenmiştir. Çalışmadan elde edilen bulgular Kayseri ve yöresinde yetiştiriciliği yapılan Cırgalan biber genotipleri arasında genetik farklılığın olduğunu göstermiştir. Bu bulgular ışığında yapılacak ıslah çalışmaları ile Kayseri ve yöresine adapte olmuş söz konusu biber çeşidinin verim ve kalitenin yanında hastalık ve zararlılara dayanımın kazandırılarak üretim alanlarının arttırılmasında faydalı olabilecektir.

Keywords

Capsicum annuum,Cırgalan biberi,ISSR,Moleküler karakterizasyon

References

Adetula, O.A., 2006. Genetic diversity of Capsicum using random amplified polymorphic DNAs. Afr J Biotech. 5:120–122.
Aktas, H., Abak, K., Sensoy, S., 2009. Genetic diversity in some Turkish pepper (Capsicum annuum L.) genotypes revealed by AFLP analyses. Afr J Biotech. 8:4378–4386.
Ahmed, S.M., 2013. Inter-simple sequence repeat (ISSR) markers in the evaluation of genetic polymorphism of Egyptian Capsicum L. hybrids. African Journal of Biotechnology Vol. 12(7):665-669.
Anonim, 2013. FAOSTAD Statistical Databases [http://www.fao.org/]
Anonim, 2014. TUİK Bitkisel Üretim statistikleri [http://www.tuik.gov.tr/]
Bhadragoudar, M.R., Patil, C.G., 2011. Assessment of genetic diversity among Capsicum annuum L. genotypes using RAPD markers. Afr J Biotechnol 10:17477–17483.
Costa, F.R., Pereira, T.N.S., Vitória, A.P., De Campos, K.P., Rodrigues, R., Da Silva, D.H., Pereira, M.G., 2005. Genetic diversity among Capsicum accessions using RAPD markers. Crop Breeding and Applied Biotechnology, 6:18-23.
Dhaliwal, M.S., Jindal, S.K., Gaikwad, A.K. Singh, K. 2013. Genetic Diversity Analysis and DNA Fingerprinting of Elite Chilli Pepper Lines Using SSR Markers. International Journal of Vegetable Science, 19 (3):207-216.
Doyle, J.J., Doyle, J.L. 1990. Isolation of Plant DNA from fresh tissue. Focus. 12: 13-15.
Gaikwad, A.B., Archak, S., Gautam, D., 2013. DNA profiling of Capsicum annum L. cultivars based on AFLP and ISSR markers. Geneconserve: 12(49): 4-12.

Guzman, F.A., Ayala, H., Azurdia, C., Duque, M.C., de Vicen, M.C., 2005. AFLP assessment of genetic diversity of Capsicum genetic resources in Guatemala: home gardens as an option for conservation. Crop Sci 45:363–370.
Keleş, D. 2007. Farklı biber tiplerinin karakterizasyonu ve düşük sıcaklığa tolerans. Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Doktora Tezi, 212s.
Kochieva, E.Z., Ryzhova, N.N, van Dooijeweert, W., Boukema, I.W., Arens, P., 2004 Assessment of genetic relationships in the genus Capsicum using different marker systems. XIIth Meeting on Genetics and Breeding of Capsicum and Eggplant. Noordwijkerhout, the Netherlands.
Kumar, L.D., Kathirvel, M., Rao, G.V., Nagaraju, J., 2001. DNA profiling of disputed chilli samples (Capsicum annuum) using ISSR–PCR and FISSR–PCR marker assays. Forensic Sci. Int., 116: 63-68.
Kumar, S., Singh, V., Singh, M., Rai, S., Kumar, S., Rai, S.K., Rai, M., 2007 Genetics and validation of fertility restoration associated RAPD markers in pepper (Capsicum annuum L.) Sci Hortic. 111:197–202.
Lefebvre, V., Palloix, A., Max, R., 1993.Nuclear RFLP between pepper cultivars (Capsicum annuum L.) Euphytica. 71:189–199.
Lijun, O., Xuexiao, Z., 2012. Inter simple sequence repeat analysis of genetic diversity of five cultivated pepper species. Afr. J. Biotechnol. 11:752-757.
Minamiyama, Y., Tsuro, M., Hirai, M., 2006. An SSR-based linkage map of Capsicum annuum. Mol Breed. 18:157–169.
Nagy, I., Stágel, A., Sasvári, Z., Röder, M., Ganal, M., 2007. Development, characterization and transferability to other Solanaceae of microsatellite markers in pepper (Capsicum annuum L.). Genome 50:668–688.
Oyama, K., Verdugo, S.H., Sanchez, C., Rodrıguez, A.G., Pena, P.S., Tiznado, J.A.G., Casas, A., 2006. Genetic structure of wild and domesticated populations of Capsicum annuum (Solanaceae) from northwestern Mexico analyzed by RAPDs. Genet Resour Crop Evol. 53: 553–562.
Pacheco-Olvera, A., Hernández-Verdugo, S., Rocha-Ramírez, V., González-Rodríguez, A., Oyama, K., 2012. Genetic diversity and structure of pepper (Capsicum annuum L.) from Northwestern Mexico analyzed by microsatellite markers. Crop Sci. 52:231–241.
Patel, A.S., Sasidharan, N., Ashish, G.V., Vinay, K., 2011. Genetic relation in Capsicum annuum L. cultivars through microsatellite markers: SSR and ISSR. Electr. J. Plant Breed. 2:67-76.
Portis, E., Nagy, I., Sasvari, Z., Stágel, A., Barchi, L., Lanteri, S., 2007. The design of Capsicum spp. SSR assays via analysis of in silico DNA sequence, and their potential utility for genetic mapping. Plant Sci. 172:640–648.
Rai, V.P., Kumar, R., Kumar, S., Rai, A., Kumar, S., Singh, M., Singh, S.P., Rai, A.B., Rajneesh, P., 2013. Genetic diversity in Capsicum germplasm based on microsatellite and random amplified microsatellite polymorphism markers. Physiol Mol Biol Plants. 19(4): 575–586.
Rana, M., Sharma, R., Sharma, P., Bhardwaj, S.V., Sharma, M., 2014. Estimation of Genetic Diversity in Capsicum annuum L. Germplasm Using PCR-Based Molecular Markers. National Academy Science Letters. Volume 37, Issue 3, 295–301.
Rego, E.R., Rego, M.M., farias-Filho, L.P., 2010. Genetic diversity in pepper (Capsicum spp.) by RAPD marker. In XXVIII International Horticultural Congress on Science and Horticulture for People (IHC2010): III International Symposium, 341-347, Lisbon.
Rohami, M., Mohammadi, A., Khosroshahli, M., Ahmadi, H., Darandeh, D., 2010. Karyotype Analysis of several Ecotypes of Capsicum annuum L. in Iran. Not. Bot. Hort. Agrobot. Cluj. 38 (3), 177-180.
Stágel, A., Gyurján, I., Sasvári, Z., Lanteri, S., Ganal, M., Nagy, I., 2009. Patterns of molecular evolution of microsatellite loci in pepper (Capsicum spp.) revealed by allele sequencing. Plant Systematics and Evolution. Volume, 281(1): 251–254.
Şalk, A., Arın, L., Deveci, M., Polat, S., 2008. Özel sebzecilik, Namık Kemal Üniversitesi Ziraat Fakültesi, 448 s. Tan, A., 1992. Türkiye’ de bitkisel çeşitlilik ve bitki genetik kaynakları. Anadolu, J. of AARI., 2(2): 50-54.
Tan, A., İnal, A., 2003. Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü bitki genetik kaynakları çalışmaları, Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü Yayın No:112, 13s, İzmir.
Thul, S.T,, Darokar, M.P., Shasany, A.K., Khanuja, S.P.S., 2012. Molecular profiling for genetic variability in Capsicum species based on ISSR and RAPD markers. Mol Biotechnol., 51(2):137–147.
Xu, X.S., Liu, Z.Q., Lin, X.D., Mou, S.L., Guan, D.Y., He, S.L., 2011. Genetic diversity and relationship analysis of pepper germplasm resources based on phenotype traits and SRAP molecular markers. Journal of Fujian Agriculture and Forestry University (Natural Science Edition), 1: 009.
Vural, H., Eşiyok, D., Duman, İ., 2000. Kültür sebzeleri (sebze yetiştirme), E.Ü.Z.F. Bahçe Bitkileri Bölümü, Ege Üniversitesi Matbaası, 440s.,İzmir.
Yang, R., Kong, J., Wu, X., Deng, Z., Chen, Q., Liu, W., 2005. Application of ISSR markers in genetic polymorphism of Capsicum frutescens L. Journal of Shanghai University (Natural Science Edition), 4-20.

Details

Primary Language

Turkish

Subjects

-

Journal Section

Research Article

Authors

Hasan Pınar ^*

Ömer Faruk Coşkun This is me

Emrah Uysal This is me

Osman Gülşen This is me

Halit Yetişir This is me

Publication Date

June 1, 2017

Submission Date

October 14, 2016

Acceptance Date

-

Published in Issue

Year 2017 Volume: 6

IZ

https://izlik.org/JA73FD99FD

APA

Pınar, H., Coşkun, Ö. F., Uysal, E., Gülşen, O., & Yetişir, H. (2017). Yöresel cırgalan biberi genotiplerinin ISSR markırları ile karakterizasyonu. Akademik Ziraat Dergisi, 6, 145-150. https://izlik.org/JA73FD99FD

AMA

1.Pınar H, Coşkun ÖF, Uysal E, Gülşen O, Yetişir H. Yöresel cırgalan biberi genotiplerinin ISSR markırları ile karakterizasyonu. Akademik Ziraat Dergisi. 2017;6:145-150. https://izlik.org/JA73FD99FD

Chicago

Pınar, Hasan, Ömer Faruk Coşkun, Emrah Uysal, Osman Gülşen, and Halit Yetişir. 2017. “Yöresel Cırgalan Biberi Genotiplerinin ISSR Markırları Ile Karakterizasyonu”. Akademik Ziraat Dergisi 6 (June): 145-50. https://izlik.org/JA73FD99FD.

EndNote

Pınar H, Coşkun ÖF, Uysal E, Gülşen O, Yetişir H (June 1, 2017) Yöresel cırgalan biberi genotiplerinin ISSR markırları ile karakterizasyonu. Akademik Ziraat Dergisi 6 145–150.

IEEE

[1]H. Pınar, Ö. F. Coşkun, E. Uysal, O. Gülşen, and H. Yetişir, “Yöresel cırgalan biberi genotiplerinin ISSR markırları ile karakterizasyonu”, Akademik Ziraat Dergisi, vol. 6, pp. 145–150, June 2017, [Online]. Available: https://izlik.org/JA73FD99FD

ISNAD

Pınar, Hasan - Coşkun, Ömer Faruk - Uysal, Emrah - Gülşen, Osman - Yetişir, Halit. “Yöresel Cırgalan Biberi Genotiplerinin ISSR Markırları Ile Karakterizasyonu”. Akademik Ziraat Dergisi 6 (June 1, 2017): 145-150. https://izlik.org/JA73FD99FD.

JAMA

1.Pınar H, Coşkun ÖF, Uysal E, Gülşen O, Yetişir H. Yöresel cırgalan biberi genotiplerinin ISSR markırları ile karakterizasyonu. Akademik Ziraat Dergisi. 2017;6:145–150.

MLA

Pınar, Hasan, et al. “Yöresel Cırgalan Biberi Genotiplerinin ISSR Markırları Ile Karakterizasyonu”. Akademik Ziraat Dergisi, vol. 6, June 2017, pp. 145-50, https://izlik.org/JA73FD99FD.

Vancouver

1.Hasan Pınar, Ömer Faruk Coşkun, Emrah Uysal, Osman Gülşen, Halit Yetişir. Yöresel cırgalan biberi genotiplerinin ISSR markırları ile karakterizasyonu. Akademik Ziraat Dergisi [Internet]. 2017 Jun. 1;6:145-50. Available from: https://izlik.org/JA73FD99FD