Ordu ilinde bulunan Rubus (Rosaceae) türlerinin trnL-F gen bölgeleri ile filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi
Öz
Bu çalışmada; Karadeniz Bölgesi Ordu ilinde yaygın olan Rubus yabancı ot türlerinin filogenetik farklılıkları trnL-F gen bölgeleri kullanılarak belirlenmeye çalışılmıştır. Ordu’nun farklı noktalarından 24 adet Rubus spp. örneği survey yapılmıştır. Örneklerden DNA izole etme aşamasında protokol Haymes (1996) uyarlanarak kullanılmıştır. Örneklerimizin trnL-F gen bölgesini belirlemek için, GenBank’tan alınan referans diziler ile çalışmamızda elde ettiğimiz sekans dizileri karşılaştırılmıştr. MEGA6 paket programı yardımıyla genetik uzaklıklar hesaplanmış ve filogeni ağaçlarının çizimi yapılmıştır. Örneklerden 6 Haplotip sonucu çıkmıştır. Bunlar; Haplotip 1 (F3, P1, P3, P4, U1, U2, O2, O3, O4, CM1), Haplotip 2 (F5), Haplotip 3 (P2), Haplotip 4 (P5), Haplotip 5 (S1, CM2, CM3), Haplotip 6 (O1, CT1, CT2, CT3) örnekleri sırasıyla R. sanctus (EF055343), R. silvaticus (KM036881), R. divaricatus (KM036924), R. conothyrsoides (KM036856), R. capricollensis (KM036923) ve Rubus sp. (KT581217) ile %100 nükleotid dizisi benzerliğiyle akraba olarak görülmüştür.
Anahtar Kelimeler
References
- Referans1 Amsellem, L., Noyer, J.L., Le Bourgeois, T., Hossaert-Mckey, M., 2000. Comparison of genetic diversity of the invasive weed Rubus alceifolius Poir. (Rosaceae) in its native range and in areas of introduction, using amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. Molecular Ecology, 9: 443–455.
- Referans2 Anonim, 2009. www.edis.ifas.ufl,edu/Hsl04. (Erişim tarihi: 08.08.2018).
- Referans3 Ateş, A., 1993. Ahududu Yetiştiriciliği. Bursa Tarım İl Müdürlüğü Yayınları, No: ÇEY.08.93/III.004, Bursa, 21s.
- Referans4 Dizkırıcı, A., İşler, S., Yiğit, O., 2016. trnL İntron ve trnL-F bölgeleri ile Van ilinde bulunan Orkide (Orchidaceae) türlerinin filogenetik ilişkisinin belirlenmesi. Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 21 (2): 83-91.
- Referans5 Eck, R.V., Dayhoff, M.O., 1966. Atlas of protein sequence and structure. National Biomedical Research Foundation, Silver Spring.
- Referans6 Eriksson, T., Hibbs, M.S., Yoder, A.D., Delwiche, C.F., Donoghues, M.J., 2003. Phylogeny of Rosoideae (Rosaceae) based on sequences of the internal transcribed spacers (ITS) of nuclear ribosomal DNA and the trnL/F region of choloroplast DNA. International Journal of Plant Sciences, 164 (2): 197–211.
- Referans7 Fitch, W., 1977. On the problem of discovering the most parsimonious tree. American Naturalist, 111: 223-257.
- Referans8 Göktaş, A., 2011. Ahududu ve Böğürtlen Yetiştiriciliği. Meyvecilik Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü, Yayın No: 38, 8 s.
Details
Primary Language
Turkish
Subjects
Agricultural Engineering
Journal Section
Research Article
Publication Date
December 30, 2020
Submission Date
October 16, 2019
Acceptance Date
September 24, 2020
Published in Issue
Year 2020 Volume: 9 Number: 2