Bazı çıplak boyunlu köy tavuğu kongenik populasyonlarında mikrosatelit DNA polimorfizmi

Year 2016, Volume: 5 Issue: 2, 103 - 110, 01.12.2016

Levent Mercan , Ahmet Okumuş

Abstract

Bu çalışmada Samsun, Ordu ve Amasya’da çıplak boyunlu köy tavuklarının bulunduğu tespit edilen köylerdeki tavuklardan oluşturulan 7 kongenik populasyon ile referans olarak kullanılan bir Gerze tavuk populasyonunun 28 mikrosatelit lokusunda allelik polimorfizm durumlarının ve genetik ilişkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışılan 28 lokusta elde edilen allel sayısı 2-15 arasında değişmektedir. En az allel LEI0192 lokusunda, en çok allel ise LEI0234 lokusunda tespit edilmiştir. Bu lokuslar aynı zamanda polimorfizm bilgi içeriği (PIC) değeri sırasıyla en düşük (0,375) ve en yüksek (0,918) olan lokuslardır. Populasyonlar arasında genetik benzerlik katsayısı 0,000-0,177 arasında değişmektedir. Tüm lokuslar bakımından allel sayısı en az olan populasyon 32 allel ile SVNN, en çok olan ise 38 allel içeren ASNN02 ve SANN02‘dir. Kümeleme analizleri sonucunda oluşturulan dendogramda populasyonların yetiştirildikleri bölgelere göre gruplandıkları görülmüştür. Filogenetik ağaç topolojisinde Samsun ve Amasya populasyonları ile Gerze populasyonu aynı grupta yer almış, Ordu populasyonları ise ayrı bir grup oluşturmuştur. Bulgular, populasyonların moleküler olarak özgün genetik değer taşıdığını göstermektedir.

Keywords

Çıplak boyunlu tavuk, mikrosatelitler, genetik polimorfizm

References

• Alkan, S., Mutaf, S., Şeber, N., 2003. Antalya İli Yaz Koşullarının Farklı Genotiplerdeki Etlik Piliçlerin Vücut Sıcaklıklarına ve Kan Gazlarına Etkisi. Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 16(2), 135–142.
• Cemal, İ., Karaca, O., 2001. Tavuklarda Major Genler. I. Doğu Anadolu Kanatlı Yetiştiriciliği Sempozyumu, 21–24 Mayıs 2001, Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Van.
• Chapuis, M.P., Estoup, A., 2007. Microsatellite Null Alleles and Estimation of Population Differentiation. Molecular Biology and Evolution, 24(3), 621-631.
• Goldstein, D.B., Linares, A.R., Cavalli-Sforza, L.L., Fedman, M.W., 1995. An Evaluation of Genetic Distances for Use with Microsatellite Loci. Genetics, 139, 463-471.
• Hillel, J., Groenen, M.A.M., Tixier-Boichard, M., Korol, A.B., David, L., Kirzhner, V.M., Burke, T., Barre-Dirie, A., Crooijmans, R.P.M.A., Elo, K., Feldman, M.W., Freidlin, P.J., Maki-Tanila, A., Oortwijn, M., Thomson, P., Vignal, A., Wimmers, K., Weigend, S., 2003. Biodiversity of 52 chicken populations assessed by microsatellite typing of DNA pools. Genetics Selection Evolution, 35, 533-557.
• Islam, M.A., Nishibori, M., 2009. Indigenous naked neck chicken, a valuable genetic resource for Bangladesh. World’s Poultry Science Journal, 65, 125-138.
• Kaplan, S., Boztepe, S., Arıkoğlu, H., 2015. The Potential of Microarray Databases to Identify Tissue Specific Genes, Kafkas Universitesi Veteriner Fakultesi Dergisi, 22, 29-35.
• Korzun, V., 2003. Molecular markers and their applications in cereals breeding. Available from URL:http://www.fao.org/Biotech/docs/Korzun.pdf/ [Erişim:10 Ocak 2016].
• Mercan, L., Okumuş, A. 2015. Genetic diversity of village chickens in Central Black Sea Region and commercial chickens in Turkey by using microsatellite markers. Turkish Journal of Veterinary and Animal Sciences, 39, 134-140.
• Powell, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., Tingey, S., Rafalski, A., 1996. Comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding, 2, 225-238.
• Rohlf, F.J., 2000. NTSYSpc Version 2.11 Numeric Taxonomy System. Exeter Software, NY, USA.
• Romanov, M.N., Weigend, S., 2001. Analysis of Genetic Relationships Between Various Populations of Domestic and Jungle Fowl Using Microsatellite Markers. Poultry Science, 80, 1057-1063.
• Rosenberg, N.A., Burke, T., Elo, K., Feldman, M.W., Freidlin P.J., Groenen, M.A.M., Hillel, J., Maki-Tanila, A., Tixier-Boichard, M., Vignal, A., Wimmers, K., Weigend, S., 2001. Empirical Evaluation of Genetic Clustering Methods Using Multilocus Genotypes from 20 Chicken Breeds. Genetics, 159, 699-713.
• Selkoe, K.A., Toonen, R.J., 2006. Microsatellites for ecologists: a practical guide to using and evaluating microsatellite markers. Ecology Letters, 9, 615-629.
• Singh, C.V., Kumar, D., Singh, Y.P., 2001. Potential usefulness of the plumage reducing Naked Neck (Na) gene in poultry production at normal and high ambient temperatures. World’s Poultry Science Journal, 57(2), 139-156.
• Tixier-Boichard, M., 2002. From phenotype to genotype: major genes in chickens. World’s Poultry Science Journal, 58(1), 65-75.
• Toro, M.A., Fernandez, J., Caballero, A., 2009. Molecular characterization of breeds and its use in conservation. Livestock Science, 120, 174-195.
• Yalçın, S., Testik, A., Ozkan, S., Settar, P., Çelen, F., Cahaner, A., 1997. Performance of Naked Neck and Normal Broilers in Hot, Warm and Temperate Climates. Poultry Science, 76, 930-937.