Ordu ilinde bulunan Rubus (Rosaceae) türlerinin trnL-F gen bölgeleri ile filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi

Year 2020, Volume: 9 Issue: 2, 223 - 228, 30.12.2020

Seçil Eker , Onur Kolören

https://doi.org/10.29278/azd.633776

Abstract

Bu çalışmada; Karadeniz Bölgesi Ordu ilinde yaygın olan Rubus yabancı ot türlerinin filogenetik
farklılıkları trnL-F gen bölgeleri
kullanılarak belirlenmeye çalışılmıştır. Ordu’nun farklı noktalarından 24 adet Rubus spp. örneği survey yapılmıştır. Örneklerden
DNA izole etme aşamasında protokol Haymes (1996) uyarlanarak kullanılmıştır. Örneklerimizin
trnL-F gen bölgesini belirlemek için,
GenBank’tan alınan referans diziler ile çalışmamızda elde ettiğimiz sekans
dizileri karşılaştırılmıştr. MEGA6 paket programı yardımıyla genetik uzaklıklar
hesaplanmış ve filogeni ağaçlarının çizimi yapılmıştır. Örneklerden 6 Haplotip
sonucu çıkmıştır. Bunlar; Haplotip 1 (F3, P1, P3, P4, U1, U2, O2, O3, O4, CM1),
Haplotip 2 (F5), Haplotip 3 (P2), Haplotip 4 (P5), Haplotip 5 (S1, CM2, CM3),
Haplotip 6 (O1, CT1, CT2, CT3) örnekleri sırasıyla R. sanctus (EF055343), R.
silvaticus (KM036881), R. divaricatus
(KM036924), R. conothyrsoides (KM036856),
R. capricollensis (KM036923) ve Rubus sp. (KT581217)  ile %100 nükleotid dizisi benzerliğiyle akraba
olarak görülmüştür. 

Keywords

DNA, gen bölgesi, haplotip, Karadeniz Bölgesi, Rubus spp.

References

• Referans1 Amsellem, L., Noyer, J.L., Le Bourgeois, T., Hossaert-Mckey, M., 2000. Comparison of genetic diversity of the invasive weed Rubus alceifolius Poir. (Rosaceae) in its native range and in areas of introduction, using amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. Molecular Ecology, 9: 443–455.
• Referans2 Anonim, 2009. www.edis.ifas.ufl,edu/Hsl04. (Erişim tarihi: 08.08.2018).
• Referans3 Ateş, A., 1993. Ahududu Yetiştiriciliği. Bursa Tarım İl Müdürlüğü Yayınları, No: ÇEY.08.93/III.004, Bursa, 21s.
• Referans4 Dizkırıcı, A., İşler, S., Yiğit, O., 2016. trnL İntron ve trnL-F bölgeleri ile Van ilinde bulunan Orkide (Orchidaceae) türlerinin filogenetik ilişkisinin belirlenmesi. Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 21 (2): 83-91.
• Referans5 Eck, R.V., Dayhoff, M.O., 1966. Atlas of protein sequence and structure. National Biomedical Research Foundation, Silver Spring.
• Referans6 Eriksson, T., Hibbs, M.S., Yoder, A.D., Delwiche, C.F., Donoghues, M.J., 2003. Phylogeny of Rosoideae (Rosaceae) based on sequences of the internal transcribed spacers (ITS) of nuclear ribosomal DNA and the trnL/F region of choloroplast DNA. International Journal of Plant Sciences, 164 (2): 197–211.
• Referans7 Fitch, W., 1977. On the problem of discovering the most parsimonious tree. American Naturalist, 111: 223-257.
• Referans8 Göktaş, A., 2011. Ahududu ve Böğürtlen Yetiştiriciliği. Meyvecilik Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü, Yayın No: 38, 8 s.
• Referans9 Hall, T.A., 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41: 95-98.
• Referans10 Haymes, K.M., 1996. Mini-prep method suitable for a plant breeding program. Plant Molecular Biology Reporter, 14 (3): 280-284. Referans11 Kurt, H., Turan, A., Ruşen, M., 2003. Bazı Ahududu ve Böğürtlen çeşitlerinin Giresun ekolojik koşullarına adaptasyonu (2000-2003 Sonuçları). Ulusal Kivi ve Üzümsü Meyveler Sempozyumu Bildiri Kitabı, 365-368.
• Referans12 Potter, D., Eriksson, T., Evans, R.C., Oh, S., Smedmark, J.E.E., Morgan, D.R., Kerr, M., Robertson, K.R., Arsenault, M., Dickinson, T.A., Campbell, C.S., 2007. Phylogeny and classification of Rosaceae. Plant Systematics and Evolution, 266: 5-43.
• Referans13 Saitou, N., Nei, M., 1987. The Neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology Evolution, 4: 406-425.
• Referans14 Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S., 2013. MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology Evolution, 30: 2725-2729.
• Referans15 Thompson, J.D., Gibson, T.J., Plewniak, F., Jeanmougin, F., Higgins, D.G., 1997. The clustal x-windows interface: flexible strategies formul tiple sequence alignmentaided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research, 25: 4876-4882.
• Referans16 Uygur, F.N., Uygur, S., Kolören, O., 2001. Turunçgillerde yabancı otlar ve entegre mücadelesi. Türkiye Turunçgil Bahçelerinde Entegre Mücadele (N. Uygun (Ed.)), TÜBİTAK TARP, Türkiye Tarımsal Araştırma Projesi Yayınları, 121-157.