<em>Phytophthora</em> spp. causing root and crown rot of almond in Central Anatolian region in Turkey

Abstract

Almond decline was found in the nurseries and orchards in Ankara, Çankırı, Düzce and Kayseri provinces in Turkey, between the years 2009-2011. Three Phytophthora species were isolated from necrotic root and crown tissues or the rhizospheres of almond trees exhibiting typical symptoms of Phytophthora root and crown rot. Two of them were identified as P. cactorum and P. citrophthora by morphological characteristics and comparing sequences of internal transcribed spacer (ITS) regions. Nucleotide sequence of an unidentified Phytophthora had 99 % homology with other P. niederhauserii isolates in GenBank. When inoculated on almond rootstocks. P. cactorum, P. citrophthora and P. niederhauserii caused bark necroses averaging 96.5, 103, 99.5 mm in length, respectively. The objectives of this study were to identify the causal organisms responsible for the poor growth and dieback symptoms of almond plants based on cultural, morphological, physiological and molecular features.

Keywords

• -

Orta Anadolu bölgesinde bademlerde kök ve kökboğazı çürüklüğüne neden olan Phytophthora türleri

Abstract

Badem fidanlarında ve genç badem ağaçlarında gelişme geriliği ve geriye doğru ölüm belirtileri, Ankara ve Düzce illerindeki fidanlıklar ile Çankırı ve Kayseri illerindeki badem bahçelerinde, 2009 ve 2011 yıllarında gözlenmiştir. Üç farklı Phytophthora türü, hem hastalıklı bitki dokularından hem de belirti gösteren bitkilerin köklerinden alınan toprak örneklerinden izole edilmiştir. Bademlerdeki kurumalara neden olan patojenlerden ikisi morfolojik özelliklerine göre P. cactorum ve P. citrophthora olarak teşhis edilmiştir. İzolatların internal transcribed spacer (ITS) bölgelerinin DNA dizilerine dayanılarak teşhisleri doğrulanmıştır. Morfolojik olarak teşhis edilemeyen bir Phytophthora türü ise GenBank'ta kayıtlı diğer P. niederhauserii izolatları ile % 99 benzerlik göstermiştir. P. cactorum, P. citrophthora ve P. niederhauserii badem anaçlarının gövdelerinde ortalama olarak sırasıyla 96.5, 103, 99.5 mm boyunda nekrozlara neden olmuştur. Bu çalışma ile badem bitkilerinde görülen gelişme geriliği ve geriye doğru ölümlerin nedenlerinin belirlenmesi, Phytophthora türlerinin kültürel, morfolojik, fizyolojik ve moleküler özelliklerine dayanılarak teşhis edilmesi amaçlanmıştır.

Keywords

• Türkiye, badem, P. cactorum, P. citrophthora, P. niederhauserii, ITS, Prunus dulcis

References

1. Akıllı S., Ulubaş Serçe Ç., Katırcıoğlu Y.Z., Karakaya A. and Maden S. 2011. Involvement of Phytophthora citrophthora in Kiwifruit Decline in Turkey. Journal of Phytopathology, 159 (7-8), 579-581.
2. Akıllı S., Ulubaş Serçe Ç., Katırcıoğlu Y.Z. and Maden S. 2012. Phytophthora citrophthora, a new pathogen causing decline on horse chestnut in Turkey. Forest Pathology, 42 (4), 299-304. Anonim 2010. Türkiye İstatistik Kurumu, Bitkisel Üretim İstatistikleri.
3. http://www.tuik.gov.tr/bitkiselapp/bitkisel.zul (Erişim tarihi: 22.03.2012).
4. Anonim 2012. Meyve ve Asma Fidanı İle Üretim Materyallerinde Bitki Sağlığı Standartları Talimatı. http://www.tugem.gov.tr/document/Meyve_Asma_Fidani_Bitki_Sağligi_ Talimat.doc (Erişim tarihi: 17.04.2012).
5. Anonymous 2009. New Phytophthora species: Phytophthora niederhauserii. EPPO Reporting Service 2009/197.
6. Benlioğlu S. Yıldız A. and Döken T. 2004. Studies to Determine the Causal Agents of Soil- borne Fungal Diseases of Strawberries in Aydin and to Control them by Soil Disinfestation. Journal of Phytopathology, 152 (8-9), 509-513.
7. Browne G.T. and Viveros M.A. 1998. Diverse symptoms and losses associated with Phytophthora spp. in California almonds. Acta Horticulturae, 470, 570-575.
8. Browne G.T. and Doster M.A. 2002. Phytophthora Diseases. In: Teviotdale, B. L., Michailides, T. J., Pscheidt, J. W. (eds). Compendium of Nut Crop Diseases in Temperate Zones, pp: 3-6. The American Phytopathological Society, St. Paul, Minnesota, USA.

9. Camele I., Marcone C. and Cristinzio G. 2005. Detection and identification of Phytophthora species in southern Italy by RFLP and sequence analyses of PCR- amplified nuclear ribosomal DNA. European Journal of Plant Pathology, 113: 1-14.
10. Doster M.A. and Bostock R.M. 1988. Incidence, distribution, and development of pruning wound cankers caused by Phytophthora syringae in almond orchards in California. Phytopathology, 78, 468-472.
11. Erwin D.C., Ribeiro O.K. 2005. Phytophthora Diseases Worldwide, 2nd edn. St. Paul, MN, USA, APS Press. P 562.
12. Fatemi J. 1980. The role of Phytophthora species in almond decline in Iran. Journal of Phytopathology, 99, 97-100.
13. Gallegly M.E. and Hong C. 2008. Phytophthora, Identifying Species by Morphology and DNA Fingerprints. The American Phytopathological Society, St. Paul, MN, USA .
14. Güncü M. 1989. Güney Anadolu Bölgesinde kültür bitkilerinde zarar yapan Phytophthora türlerinin saptanması, bunların morfolojik ve biyokimyasal yöntemlere göre tanımlanması. Adana Zirai Mücadele Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü, Araştırma Yayınları Serisi, Yayın No: 60, 141 p.
15. Jeffers S.N. and Martin S.B. 1986. Comparison of two media selective for Phytophthora and Pythium species. Plant Disease, 70, 1038-1043. Jeffers S.N. 2006. Identifying Species of Phytophthora. http://www.fhm.fs.fed.us/sp/sod/misc/culturing_species_phytophthora.pdf tarihi: 25.08.2009). (Erişim
16. Kurbetli İ. and Değirmenci K. 2010. First report of root and crown rot of almond caused by Phytophthora spp. in Turkey. Plant Disease, 94 (10): 1261. [doi: 10.1094/PDIS-06- 10-0411].
17. Kurbetli İ. and Değirmenci K. 2011. First report of Phytophthora taxon niederhauserii causing decline of almond in Turkey. New Disease Reports 23, 14. [doi:10.5197/j.2044-0588.2011.023.014].
18. Kurbetli, İ. ve Değirmenci, K. 2011. Ülkemizde badem ve elma bahçelerinde tespit edilen Phytophthora türleri. Türkiye IV. Bitki Koruma Kongresi Bildirileri, 87. 28–30 Haziran 2011, Kahramanmaraş.
19. Maden S., Erzurum K., Yürüt A., Gürer M. ve Erkal Ü. 1995. M.M.106 Elma anaçlarında görülen kuruma nedenlerinin tespiti üzerinde araştırmalar, VII. Türkiye Fitopatoloji Kongresi Bildirileri, 199–203.
20. Perez-Sierra A., Leon M., Alvarez A., Alaniz S., Berbegal M., Garcia-Jimenez J. and Abad- Campos P. 2010. Outbreak of a new Phytophthora sp. associated with severe decline of almond trees in eastern Spain. Plant Disease, 94 (5), 534-541.
21. Scott E.S., Wicks T.J. and Lee T.C. 1992. The development of an assay for resistance to Phytophthora cambivora in almond rootstocks using shoots excised from tissue cultures. Plant Pathology, 41, 639-645.
22. Stamps D.J., Waterhouse G.M., Newhook F.J., Hall G.S. 1990. Revised Tabular Key to the Species of Phytophthora. Mycological Papers 162. Wallingford, UK: CAB International.
23. White T.J., Bruns T., Lee S. and Taylor J. 1990. Amplification and direct sequencing of fungi ribosomal RNA genes for phylogenetics. Pages 315-322 in: PCR protocols. A Guide to Methods and Applications. M. A. Innis, D. H. Gelfand, J. J. Sninsky, and T. J. White, eds. Academic Press, San Diego, CA.
24. Wicks T.J., Lee T.C. and Scott E.S. 1997. Phytophthora crown rot of almonds in Australia. Bulletin OEPP, 27 (4), 501-506.