Trakya Bölgesi’nde Şarka hastalığının DASI-ELISA ve RT-PCR yöntemleri ile belirlenmesi

Year 2016, Volume: 56 Issue: 3, 0 - 0, 01.10.2016

Kahraman Gürcan

Abstract

Şarka, sert çekirdekli meyve grubundaki meyvelerin ekonomik değerinin yok olmasına neden olan önemli bir virüs hastalığıdır. Son yıllarda yapılan çalışmalar ile Şarka hastalığına neden olan Plum pox virus (PPV)’nin Türkiye’de beklenmedik şekilde zengin bir genetik varyasyon gösterdiği ortaya konmuştur. PPV’nin Türkiye’de ilk defa tespit edildiği Trakya’da yaygınlığının belirlenmesi Türkiye’deki yüksek genetik varyasyonun kökeninin ortaya konması ve Türkiye’de PPV epidemiyolojisinin anlaşılması bakımından önemli olacaktır. Bu çalışma kapsamında Trakya bölgesinde 45 yerleşim yeri ev bahçeleri incelenmiş, toplamda 1105 sert çekirdekli meyve ağacında PPV belirtileri incelenmiş, 17 yerleşim yerinde 339 (%30) ağaçta belirti tespit edilmiştir. On yedi yerleşim bölgesinden 213 erik, 193 kayısı ve 30 şeftali olmak üzere toplamda 436 örnek öncelikle DASI-ELISA ve RT-PCR yöntemleri ile test edilmiştir. Öncelikle başarılı bir cDNA oluşturmak için üç rutin primer çalışılmış [random hekzamer, dizi özgün ve Oligo (dT)23], üç primer içinde Oligo (dT)23 primeri ile kurulan cDNA kütüphanelerinin beklenen bantları başarı ile ürettiği belirlenmiştir. Serolojik ve moleküler testler sonucunda toplamda 353 örnekte (%81) virüsün varlığı belirlenmiştir. Yüz yetmiş altı erik (%83), 156 kayısı (%81) ve 21 adet şeftali (%70) örneği pozitif bulunmuştur. Belirti gösteren badem, kiraz ve vişne ağacına rastlanmamıştır. Yapılan çalışma Trakya bölgesi PPV yaygınlığını göstermekte olup bu bölgeden sert çekirdekli meyvelerden bitki materyali transferine dikkat edilmesi gerektiğini işaret etmektedir. Bu örnekler üzerine yapılacak ırk tayini ve genom dizileme çalışmaları, PPV’nin Türkiye’ye Trakya bölgesinden yayılıp yayılmadığı konusunda bilgi verecektir.

Keywords

Plum pox virüs, kayısı; erik; şeftali; sert çekirdekli meyveler

Investigation of Sharka disease in Thrace region by DASI-ELISA and RT-PCR

Abstract

Sharka is an important disease of stone fruit causing loss of economic values of fruits. The recent studies have unexpectedly showed that Plum pox virus (PPV) causing the Sharka disease has a high genetic diversity in Turkey. Determination of PPV prevalence in Thrace which is the first identified area will help to elucidate to understand roots of high genetic variation and epidemiology of PPV in Turkey. In this study, a survey has been conducted to detect PPV prevalence in 45 locations of Thrace region. Total of 1105 trees of stone fruits have been investigated and 339 trees (30%) in 17 locations have been found to exhibit PPV symptoms. DASI-ELISA and RT-PCR approaches were used to test 436 samples including 213 plums, 193 apricots and 30 peaches collected from 17 locations. At first, three primer type [random hexamer, sequence specific and Oligo (dT)23] were examined and Oligo (dT)23 was found to be proper for cDNA construction to obtain expected PCR amplicons successfully. Of the total, 351 samples (81%) were found to PPV infected as results of serological and molecular testing. One hundred seventy-six plums (83%), 156 apricots (81%) and 21 (70%) were identified as positive. Exhibiting symptoms on trees of almond and cherries were not observed. The study shows the prevalence of the virus in Thrace region and significant controlling plant material transfer from this region. Further studies on strain determination of the virus and genome sequencing will elucidate to whether PPV dispersed to the country from Thrace region.

Keywords

Plum pox virus, apricot; plum; peach; stone fruits