2020-2021 Kış Sezonunda SARS-COV-2 ve Diğer Solunumsal Virüslerin Sürveyansı

Abstract

Amaç: Küresel COVID-19 salgını ve yeni varyantlar toplumu ciddi anlamda tehdit etmeye devam etmektedir. Bu çalışmada; Sakarya ilinde 2020-2021 kış sezonunda solunum yolu örneklerinde SARS CoV-2 ve diğer solunumsal virüslerin sürveyansının araştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Çalışma 2020-2021 arası Sakarya Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde saklanmış solunum yolu örneklerinden (Nasofarengeal sürüntü) gerçekleştirildi. Hastaların demografik bilgileri hastane kayıtlarından elde edildi. Çalışmaya alınan klinik örnekler Bio-Speedy® vNAT® transfer tüpü (Bioeksen, Türkiye) içerisinde muhafaza edilmiş ve üretici talimatları gereği herhangi bir ekstraksiyon işlemi yapılmamıştır. Sürüntü örneklerinden SARS CoV-2, Influenza A/B ve RSV nükleik asit varlığı gerçek zamanlı mültipleks Polimeraz zincir reaksiyonu (mRT-PCR) ile gerçekleştirildi. Tüm analizler Diagnovital Influenza A/B, SARS CoV-2, RSV multiplex Real Time PCR amplifikasyon kiti kullanarak BIO-RAD CFX-96 C1000 Touch Real-time system cihazında kaydedildi. Bulgular: ÜSYE/ASYE tanısı alan 200 hastanın %54,5 erkek, %45,5 kadındır. En sık saptanan klinik semptomlar; boğaz ağrısı %74, öksürük %73,5, halsizlik %71, ateş %57, burun akıntısı %56, baş ağrısı %48,5, hapşırık %41,5, koku/tat kaybı %39,5, ishal %36, nefes darlığı %31,5 ve miyalji %23,5 olarak tespit edildi. Örneklerin PCR pozitiflik oranları sırasıyla SARS COV-2 için %28,5 RSV %1,5 olarak analiz edildi. Çalışmada Influenza A/B için PCR pozitifliği tanımlanmadı. Hastalarda PCR sonuçları ve COVID-19 semptomları arasındaki istatistiksel anlamlılık dikkate alındığında; sırasıyla nefes darlığı (n=63), ateş (n= 62) ve hapşırık (n=56) semptomları istatiksel olarak anlamlıydı (p<0,05). Sonuç: Çalışmada koşullar gereği sadece 3 ana viral etken araştırılabilmiştir. RSV sıklıkla çocuk hastaların önemli etkeni olarak belirlenmiş, influenza ise -alınan toplumsal ve bireysel önlemlerle (maske, mesafe, hijyen) ilintili olabilir- hiçbir örnekte saptanamamıştır. Verilerin ileri çalışmalar ile desteklenmesi anlamlı olacaktır.

Keywords

• Solunumsal virüsler
• SARS CoV-2
• PCR

References

1. 1. Lodder W, de Roda Husman AM. SARS-CoV-2 in wastewater: potential health risk, but also data source. Lancet Gastroenterol Hepatol. 2020 Jun;5(6):533-534. doi: 10.1016/ S2468-1253(20)30087-X. Epub 2020 Apr 1. PMID: 32246939; PMCID: PMC7225404.
2. 2. Acar T, Demirel EA, Afşar N, Akcalı A, Akman Demir G, Alagöz AN. Nörolojik Bakış Açısından COVID-19. Turk J Neurol, 2020, 26, 56-106.
3. 3. Yeo C, Kaushal S, Yeo D. Enteric involvement of coronaviruses: is faecal-oral transmis- sion of SARS-CoV-2 possible? Lancet Gastroenterol Hepatol. 2020 Apr;5(4):335-337. doi: 10.1016/S2468-1253(20)30048-0. Epub 2020 Feb 20. PMID: 32087098; PMCID: PMC7130008.
4. 4. Amrane S, Tissot-Dupont H, Doudier B, Eldin C, Hocquart M, Mailhe M, et al. Rapid viral diagnosis and ambulatory management of suspected COVID-19 cases presenting at the infectious diseases referral hospital in Marseille, France, - January 31st to March 1st, 2020: A respiratory virus snapshot. Travel Med Infect Dis. 2020 Jul-Aug;36:101632. doi: 10.1016/j.tmaid.2020.101632. Epub 2020 Mar 20. PMID: 32205269; PMCID: PMC7102626.
5. 5. He F, Deng Y, Li W. Coronavirus disease 2019: What we know? J Med Virol. 2020 Jul;92(7):719-725. doi: 10.1002/jmv.25766. Epub 2020 Mar 28. PMID: 32170865; PM- CID: PMC7228340.
6. 6. Aberle SW, Aberle JH, Sandhofer MJ, Pracher E, Popow-Kraupp T. Biennial spring acti- vity of human metapneumovirus in Austria. Pediatr Infect Dis J. 2008 Dec;27(12):1065-8. doi: 10.1097/INF.0b013e31817ef4fd. PMID: 18978517.
7. 7. Li Y, Reeves RM, Wang X, Bassat Q, Brooks WA, Cohen C, et al. Global patterns in month- ly activity of influenza virus, respiratory syncytial virus, parainfluenza virus, and metap- neumovirus: a systematic analysis. Lancet Glob Health. 2019 Aug;7(8):e1031-e1045. doi: 10.1016/S2214-109X(19)30264-5. PMID: 31303294.
8. 8. Sieber P, Flury D, Güsewell S, Albrich WC, Boggian K, Gardiol C, et al. Characteris- tics of patients with Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) and seasonal influen- za at time of hospital admission: a single center comparative study. BMC Infect Dis. 2021 Mar 17;21(1):271. doi: 10.1186/s12879-021-05957-4. PMID: 33731019; PMCID: PMC7968573.

9. 9. Faury H, Courboulès C, Payen M, Jary A, Hausfater P, Luyt C, et al. Medical features of COVID-19 and influenza infection: A comparative study in Paris, France. J Infect. 2021 Feb;82(2):e36-e39. doi: 10.1016/j.jinf.2020.08.017. Epub 2020 Aug 14. PMID: 32798533; PMCID: PMC7426213.
10. 10. Zayet S, Kadiane-Oussou NJ, Lepiller Q, Zahra H, Royer PY, Toko L, et al. Clinical fea- tures of COVID-19 and influenza: a comparative study on Nord Franche-Comte cluster. Microbes Infect. 2020 Oct;22(9):481-488. doi: 10.1016/j.micinf.2020.05.016. Epub 2020 Jun 16. PMID: 32561409; PMCID: PMC7297177.
11. 11. Liu R, Han H, Liu F, Lv Z, Wu K, Liu Y, et al. Positive rate of RT-PCR detection of SARS- CoV-2 infection in 4880 cases from one hospital in Wuhan, China, from Jan to Feb 2020. Clin Chim Acta. 2020 Jun;505:172-175. doi: 10.1016/j.cca.2020.03.009. Epub 2020 Mar 7. PMID: 32156607; PMCID: PMC7094385.
12. 12. Poole S, Brendish NJ, Clark TW. SARS-CoV-2 has displaced other seasonal respiratory viruses: Results from a prospective cohort study. J Infect. 2020 Dec;81(6):966-972. doi: 10.1016/j.jinf.2020.11.010. Epub 2020 Nov 15. PMID: 33207254; PMCID: PMC7666810.
13. 13. https://grip.gov.tr/tr/haftalik-influenza-raporu Erişim Tarihi: 25.04.2022
14. 14. Feikin DR, Fu W, Park DE, Shi Q, Higdon MM, Baggett HC, et al. Is Higher Viral Load in the Upper Respiratory Tract Associated With Severe Pneumonia? Findings From the PERCH Study. Clin Infect Dis. 2017 Jun 15;64(suppl_3):S337-S346. doi: 10.1093/cid/ cix148. PMID: 28575373; PMCID: PMC5447843.