Doğal Fermente Olan Sütteki Lactobacillus Spp.16S rRNA Geninin Kısmi Analizi
Öz
Amaç: Bu çalışmanın amacı doğal olarak fermente olan sütten Lactobacillus spp. türüne ait 16S rRNA ların gen sekansı yapmaktır. Materyal ve Metod: Kullanılan metodlar; alkali lizis yöntemiyle total DNA izolasyonu, spesifik primerlerle PCR amplifikasyonu ve amplifiye edilmiş DNA ların sekans analizlerinin yapılması şeklindedir. Elde edilen PCR ürünleri yaklaşık 585 bp uzunluğunda olup V1-V3 değişken bölgelerini içermektedir. Sekanslanan 16s rRNA daha sonra gen bankasıyla karşılaştırıldı. Bulgular: 16s rRNA geninin korunmuş bölgeleri; 189-358 ve 384-445 sırasıyla %95,9 ile %94,9 oranında korunurken, 16s rRNA geni totalde %78.8 oranında korunmuştur. Doğal sütün fermentasyonundan izole edilen bu 7 izolattan 2 tanesi L.Plantarum(benzerlik oranları %98.28 ve %97.78 diğer 5 izolattan 2"si L. Rhamnosus (benzerlik oranları (98.38 ve %97.51), diğer 2"si L. zeae (benzerlik oranları %97.36 ve % ve %98.38), biri ise L. case (benzerlik oranı%98.20) şeklinde tanımlanmıştır. Sonuç: Çalışmanın sonuçları test edilen izolatın Laktobailus genusuna ait olduğunu, fakat farklı türde sınıflandırıldığını göstermiştir.
Anahtar Kelimeler
laktobacillus, doğal fermente süt, 16s rRNA, parsiyal analiz
References
- Tannock GW. A special fondness for Lactobacillus. Appl Environ Microbiol. 2004;70:3189–94.
- Dellaglio F, Felis GE & Torriani S. Is the genus Lactobacillus a single genus In LAB8 Symposium on Lactic Acid Bacteria . Egmond aan Zee, Netherlands: FEMS. 2005.
- Guarner F. & Schaafsma GJ. Probiotics. Int J Food Microbiol. 1998;39: 237–8.
- Klaenhammer TR, Barrangou R, Buck BL, AzcaratePeril MA & Altermann E. Genomic features of lactic acid bacteria effecting bioprocessing and health. FEMS Microbiol Rev. 2005;29:393–409.
- Dellaglio F & Felis GE. Taxonomy of Lactobacillus and bifidobacteria. Probiotics and Prebiotics: Scientific Aspects , pp. 25–49. Edited by G. W. Tannock. Norfolk, UK: Caister Academic Press. 200 Hammes WP & Hertel C. The Genera Lactobacillus and Carnobacterium .InThe Prokaryotes , release Edited by M. Dworkin. 2005.
- Villalobos DP, Bautista R, Canovas FM & Claros G. Isolation of Bacterial Artificial Chromosome DNA by Means of Improved Alkaline Lysis and Double Potassium Acetate Precipitation. Plant Molecular Biology Reporter. 2004;22:1–7.
- Randazzo CL, Torriani S, Akkermans ADL, de Vos WM and Vaughan EE. Diversity , Dynamics , and Activity of Bacterial Communities during Production of an Artisanal Sicilian Cheese as Evaluated by 16S rRNA Analysis. Appl. Environ. Microbiol. 2002;68:1882–92.
- Drancourt M, Bollet C, Cariioz A, Martelin JP, Gayral, & Raoult D. 16S Ribosomal DNA Sequence Analysis of A Large Collection of Environmental and Clinical Unidentifiable Bacterial Isolates. J. Gin. Microbial. 2000;38:3623-30.
- Bhattacharya D, Sarma S, Krishnan S, Mishra & Lal B. Evaluation of Genetic Diversity among Pseudomonas citronellolis Strains Isolated from Oily Sludge-Contaminated Sites. Appl. Environ. Microbiol. 2003;69:1435-41.
- Collins MD, Ash JAE, Farrow S, Wallbanks & Williams AM. 16S ribosomal ribonucleic acid sequence analyses of Pediacoccus and related taxa. Description of Vagococcus fluvialis gen. J. Appl. Bacteriol. 2006;67:453-60.
