DYNAMIC CHARACTERIZATION OF HLA MOLECULES BY GNM

Year 2018, Volume: 20 Issue: 59, 376 - 399, 01.05.2018

Onur Serçinoğlu Pemra Özbek

Abstract

Biological systems communicate within a network and biological molecules are the main building blocks of this network. For the continuation of life, it is necessary for the signals to be transmitted within and among the cells in a living organism. This study is conducted on HLA (Human Leukocyte Antigen) structures in a systematic manner. HLAs having a role in immune system recognize the foreign substances and attack them. By employing Gaussian Network Model (GNM) on HLA class I molecules, the residues that are energetically active at high frequency modes are detected. In all the molecules, same residues are observed to have the highest fluctuating profile, which are thought to form an interaction network

Keywords

Protein Dynamics, Gaussian network model, HLA, Fast modes

HLA PROTEİNLERİNİN GNM METODU İLE DİNAMİK KARAKTERİZASYONU

Abstract

Biyolojik sistemler, birbirleri ile sürekli bilgi alışverişinde bulunan ağyapılar, biyolojik moleküller de bu yapının temel noktaları olarak tanımlanabilirler. Yaşamsal süreklilik açısından sistemin herhangi bir noktasında oluşacak bir sinyalin, hücreler arasında, hücre içinde veya hücre dışından hücre içine iletilmesi büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada, sistematik bir çerçevede HLA (İnsan Lökosit Antijenleri-Human Leukocyte Antigen) molekülleri üzerinde çalışılmıştır. HLAlar hücrelere yapışan yabancı proteinleri tanıyarak kendinden olan ve olmayanı ayırmakta kullanılır, bağışıklık sisteminin temelini oluştururlar. Çalışma kapsamında hesapsal bir yöntem olan Gaussian Ağ yapı modeli uygulanarak HLA sınıf 1 grubuna mensup yapıların yüksek frekanslarda öne çıkan bölgeleri tespit edilmiştir. Tüm moleküllerde hızlı modlarda aynı rezidülerin ön plana çıktığı görülmekte olup bu rezidülerin arasında bir iletişim patikası olduğu düşünülmektedir

Keywords

Protein dinamiği, Gaussian ağ yapı modeli, HLA, Hızlı modlar