Helicobacter pylori Tanısı ve Klaritromisin Direnç Paternlerinin Moleküler Yöntemlerle Belirlenmesi

Abstract

Giriş: Helicobacter pylori (H. pylori), gastrit, peptik ülser ve mide kanseri başta olmak üzere çeşitli gastroduodenal hastalıklarla ilişkili yaygın bir kronik bakteriyel enfeksiyon etkenidir. Türkiye'de prevalansı yüksek düzeyde seyretmekte; klaritromisin direncinin artması ise tedavi başarısını olumsuz etkilemektedir. Enfeksiyon etkeninin ve antibiyotik direncinin doğru ve hızlı saptanması, tedavi stratejilerinin belirlenmesinde kritik öneme sahiptir. Dışkı örneklerinden uygulanan PCR tabanlı moleküler yöntemler, yüksek duyarlılık, özgüllük ve hızlı sonuç verme avantajları nedeniyle bu amaçla giderek daha fazla kullanılmaktadır. Yöntemler: 1 Eylül 2023 – 31 Ağustos 2024 tarihleri arasında hastanemize başvuran ve uygunluk kriterlerini karşılayan 2215 yetişkin hastanın dışkı örneği, dışkı PCR yöntemi kullanılarak H. pylori enfeksiyonu ve klaritromisin direnci açısından retrospektif olarak değerlendirilmiştir. DNA analizi, Sigmoida qCYCLER 48 cihazı ve HPYLO-BioSpeedy kiti kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Çalışmanın amacı, dışkı örneklerinden H. pylori saptanma oranını ve klaritromisin direnç paternlerini moleküler yöntemlerle belirlemektir. Bulgular: Tüm çalışma popülasyonunun (n=2215) %27,13'ünde (601/2215) H. pylori PCR pozitifliği saptanmıştır. H. pylori pozitif saptanan 601 hastanın 244'ünde (%40,59) klaritromisin direnci tespit edilmiştir. Çalışma popülasyonunun %53,86'sı kadın, %46,14'ü erkek olup ortalama yaş 39,99 ± 14,68 yıldır. Cinsiyete göre değerlendirildiğinde kadınların (n=1193) %29,3'ünde (n=350), erkeklerin (n=1022) %24,6'sında (n=251) H. pylori PCR pozitifliği saptanmıştır. Klaritromisin direnci; kadınlarda H. pylori pozitif olanların %40,3'ünde (141/350), erkeklerde ise H. pylori pozitif olanların %41,0'ında (103/251) tespit edilmiştir. Tartışma: Elde edilen sonuçlar, Türkiye'de bildirilen yüksek klaritromisin direnç oranlarıyla uyumlu olup klaritromisin bazlı ampirik tedavi rejimlerinin etkinliğinin giderek azaldığını desteklemektedir. Dışkı örneklerinden PCR ile gerçekleştirilen eş zamanlı H. pylori ve direnç tespiti, invaziv olmayan, hızlı ve güvenilir bir tanı yaklaşımı sunmaktadır. Sonuç: Bu çalışma, bilgimiz dahilinde Türkiye'de dışkı örneklerinden PCR tabanlı moleküler yöntemler kullanılarak H. pylori enfeksiyonu ve klaritromisin direncinin eş zamanlı olarak değerlendirildiği ilk çalışma olma özelliğini taşımaktadır. Bulgular, bölgesel H. pylori epidemiyolojisine ve antibiyotik direnç paternlerine ışık tutmakta; direnç temelli, bölgeye özgü tedavi stratejilerinin geliştirilmesine katkı sağlamaktadır. Dışkı PCR yönteminin non-invaziv yapısı ve eş zamanlı tanı kapasitesi göz önüne alındığında, bu yaklaşımın klinik pratikte yaygınlaşmasının H. pylori yönetimini iyileştireceği ve antibiyotik direnciyle mücadelede etkin bir araç sunacağı öngörülmektedir. Gelecekte yapılacak çok merkezli, prospektif çalışmalar yöntemin geçerliliğini daha geniş popülasyonlarda doğrulayacaktır.

Keywords

• Helicobacter pylori
• klaritromisin direnci
• dışkı PCR

Diagnosis of Helicobacter pylori and Determination of Clarithromycin Resistance Patterns Using Molecular Methods

Abstract

Introduction: Helicobacter pylori (H. pylori) is a widespread chronic bacterial pathogen associated with gastritis, peptic ulcer, and gastric cancer. In Turkey, its prevalence remains high, and increasing clarithromycin resistance adversely affects treatment success. Accurate and rapid detection of the infectious agent and antibiotic resistance is essential for guiding treatment strategies. PCR-based molecular methods applied to stool samples are increasingly used for this purpose owing to their high sensitivity, specificity, and rapid turnaround. Methods: This retrospective study evaluated stool samples from 2215 adult patients who met strict eligibility criteria and presented to our hospital between September 1, 2023, and August 31, 2024. H. pylori infection and clarithromycin resistance were assessed using stool PCR. The aim of this study was to determine the detection rate of H. pylori and clarithromycin resistance patterns using molecular methods from stool specimens. DNA analysis was performed using the Sigmoida qCYCLER 48 device and the HPYLO-BioSpeedy kit. Results: H. pylori PCR positivity was detected in 27.13% (601/2215) of the entire study population. Clarithromycin resistance was found in 244 (40.59%) of the 601 H. pylori-positive patients. The study population comprised 53.86% women and 46.14% men, with a mean age of 39.99 ± 14.68 years. H. pylori PCR positivity was detected in 29.3% (350/1193) of women and 24.6% (251/1022) of men. Clarithromycin resistance was identified in 40.3% (141/350) of H. pylori-positive women and 41.0% (103/251) of H. pylori-positive men. Discussion: The observed high rate of clarithromycin resistance is consistent with previous reports from Turkey and further supports the decreasing effectiveness of empirical clarithromycin-based eradication regimens. PCR-based simultaneous detection of H. pylori and antibiotic resistance from stool samples provides a rapid, non-invasive, and reliable diagnostic approach. Conclusion: To the best of our knowledge, this study is the first to simultaneously detect H. pylori infection and clarithromycin resistance using PCRbased molecular methods from stool samples in Turkey. The findings provide valuable insights into the local epidemiology of H. pylori and antibiotic resistance patterns, supporting the development of region-specific, resistance-guided treatment strategies. Given the non-invasive nature and simultaneous diagnostic capacity of stool PCR, wider adoption of this approach in clinical practice is expected to improve H. pylori management and serve as an effective tool in combating antibiotic resistance.

Keywords

• Helicobacter pylori
• clarithromycin resistance
• stool PCR.

References

1. 1. Malnick SD, Melzer E, Attali M, et al. Helicobacter pylori: friend or foe? World J Gastroenterol. 2014;20(27):8979-85.
2. 2. Hooi JKY, Lai WY, Ng WK, et al. Global prevalence of Helicobacter pylori infection: systematic review and meta-analysis. Gastroenterology. 2017;153(2):420-9.
3. 3. Bor S, Kitapcioglu G, Kasap E. Prevalence of gastroesophageal reflux disease in a country with a high occurrence of Helicobacter pylori. World J Gastroenterol. 2017;23(3):525-32.
4. 4. Wroblewski LE, Peek RM Jr, Wilson KT. Helicobacter pylori and gastric cancer: factors that modulate disease risk. Clin Microbiol Rev. 2010;23(4):713-39.
5. 5. Chey WD, Leontiadis GI, Howden CW, et al. ACG clinical guideline: treatment of Helicobacter pylori infection. Am J Gastroenterol. 2017;112(2):212-39.
6. 6. Cağdaş U, Otağ F, Tezcan S, et al. Detection of Helicobacter pylori and antimicrobial resistance in gastric biopsy specimens. Mikrobiyol Bul. 2012;46(3):398-409.
7. 7. Graham DY, Liou JM. Primer for development of guidelines for Helicobacter pylori therapy using antimicrobial stewardship. Clin Gastroenterol Hepatol. 2022;20(5):973-83.
8. 8. Cardos AI, Maghiar A, Zaha DC, et al. Evolution of diagnostic methods for Helicobacter pylori infections: from traditional tests to high technology, advanced sensitivity and discrimination tools. Diagnostics (Basel). 2022;12(2):508.

9. 9. Roth DE, Taylor DN, Gilman RH, et al. Posttreatment follow-up of Helicobacter pylori infection using a stool antigen immunoassay. Clin Diagn Lab Immunol. 2001;8(4):718-23.
10. 10. Kadkhodaei S, Siavoshi F, Akbari Noghabi K. Mucoid and coccoid Helicobacter pylori with fast growth and antibiotic resistance. Helicobacter. 2020;25(2):e12678.
11. 11. Wang Y, Gong X, Lai Q, et al. Accuracy of melting curve-based multiplex real-time PCR for diagnosing Helicobacter pylori resistance to clarithromycin and levofloxacin in stool specimens. Helicobacter. 2025;30(1):e70012.
12. 12. Ren X, Shi Y, Suo B, et al. Individualized diagnosis and eradication therapy for Helicobacter pylori infection based on gene detection of clarithromycin resistance in stool specimens: a systematic review and meta-analysis. Helicobacter. 2023;28(3):e12958.
13. 13. Ayas M, Gürol Y. Antibiotic resistance of Helicobacter pylori in Turkey: a systematic review and meta-analysis. Microb Drug Resist. 2023;29(3) :96-103.
14. 14. Mommersteeg MC, Nieuwenburg SAV, Wolters LMM, et al. Use of non-invasive stool tests for verification of Helicobacter pylori eradication and clarithromycin resistance. United Eur Gastroenterol J. 2023;11(8):894-903.
15. 15. Marrero Rolon R, Cunningham SA, Mandrekar JN, et al. Clinical evaluation of a real-time PCR assay for simultaneous detection of Helicobacter pylori and genotypic markers of clarithromycin resistance directly from stool. J Clin Microbiol. 2021;59(5):e03040-20.