Klinik örneklerde saptanan Candida türlerinin MALDI-TOF MS ile tiplendirilmesi

Abstract

Amaç: Kandida türleri, hastane ve toplum kökenli enfeksiyon etkenleri arasında önemli yer tutar. Antifungal direnç durumlarının farklılık göstermesi, etkenlerin tür düzeyinde tanımlanmasını önemli kılar. MALDI TOF (matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı) MS (kütle spektrometresi) yöntemi, bakterilerin yanı sıra maya mantarlarını da içerdikleri protein kütlelerine göre tür düzeyinde kısa sürede ve doğru şekilde tanımlayabilmektedir. Bu yöntemle laboratuvarımızda izole ettiğimiz kandida türlerini tanımlamayı amaçladık. Yöntemler: Mart 2015-Şubat 2016 tarihleri arasındaki bir yıllık süre içinde Dicle Üniversitesi Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen klinik örneklerden soyutlanan kandida türleri çalışmaya dahil edildi. İzolatlar MALDI Biotyper (Bruker Daltonics, ABD) kütle spektrometresi kullanılarak tanımlandı. Bulgular: Çalışmaya, klinik örneklerden soyutlanan 297 kandida türü dahil edildi. Klinik örneklerin 195 (%65,7)’i yoğun bakımda, 61 (%20,5)’i klinikte yatmakta olan, 41 (%13,8)’i ise poliklinik hastalarına aitti. Çalışmada 161 (%54,2)’i idrar, 78 (%26,3)’i kan, 34 (%11,4)’ü vajen, 4’ü solunum yolu örneği, 10 (%3,4)’u yara, 8’i diğer (3 plevra, 2 periton, 2 dren sıvısı, 1 BOS) örneklerden toplam 297 maya mantarı saptandı. İzolatların 179 (%60,3)’u C. albicans, 46 (515.5)’sı C. tropicalis, 27 (%9,1)’si C. parapsilosis, 19 (%6,4)’u C. glabrata, 13 (%4,4)’ü C. kefyr, 7(%2,3)’si C. lusitaniae, 3 (%1,0)’ü C. krusei, 2(%0,7)’si C. utilis, 1 (%0,3)’i C. guillermondi olarak tanımlandı. Kandida üreyen tüm hastaların 173 (%58,2)’si kadın, 124 (%41,8)’ü erkek hastalardı. İnvaziv örneklerde maya mantarı üreyen toplam 84 hastanın 50 (%59,5)’si erkek, 30 (%40,5)’u kadındı. Sonuç: Candida albicans, %60,3 ile laboratuvarımızda en sık saptanan maya mantarı olmaya devam etmekte ancak diğer türler de (%39,7) önemli oranda enfeksiyona yol açmaktadır. Kültürde üreyen maya mantarlarının tür düzeyinde tanımlanması konvansiyonel yöntemlerle birkaç günde, kütle spektrometresi ile dakikalar içinde gerçekleşmektedir. Bu süre, özellikle yoğun bakım hastalarının tedavisinde hayati önem taşır

Keywords

• Kandida türleri, MALDI TOF-MS, hastane enfeksiyonu

Identification of Candida species isolated from clinical specimens by MALDI-TOF MS

Abstract

Objective: Candida species are common nosocomial in­fectious agents. Since they have different antifungal resis­tance profiles, identification up to species level becomes more crucial. Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS) en­ables rapid and accurate identification of bacteria and fungi up to species level. We aimed to evaluate Candida species identified by MALDI-TOF MS in our laboratory. Methods: Overall 297 strains of Candida spp. were iso­lated from various clinical samples sent to Dicle Univer­sity Hospital Microbiology Laboratory between March 2015 and February 2016. Strains were identified up to the species level by MALDI Biotyper (BrukerDaltonics, USA) mass spectrometry. Results: A total of 195 (65.7%) yeasts were isolated from intensive care unit (ICU) patients, 61 (20.5%) yeasts from hospitalized patients other than ICU and 41 (13.8%) yeasts from outpatients. The clinical samples consisted of 161 (54.2%) urine, 78 (26.3%) blood, 34 (11.4%) vaginal samples, 10 (3.4%) wound, 6 (2.0%) respiratory and 8 of other samples (3 pleura, 2 peritoneum, 2 drain and 1 cerebrospinal fluid). Overall, 179 (60.3%) C. albicans, 46 (15.5%) C. tropicalis, 27 (9.1%) C. parapsilosis, 19 (6.4%) C. glabrata, 13 (4.4%) C. kefyr, 7 (2.3%) C. lusitaniae, 3 (1.0%) C. krusei, 2 (0.7%) C. utilis and 1 (0.3%) C. guil­liermondii were isolated. Among all patients; 124 (41.8%) were male and 173 (58.2%) female. Among 84 patients with invasive samples, 50 (59.5%) were male and 34 (40.5%) female. Conclusion: Even though Candida albicans is the most frequently (60.3%) isolated yeast, other yeast species are not uncommon (39.7%) in our hospital. Identification of yeasts to the species level takes several days by conven­tional methods within minutes by mass spectrometry. This period is crucial in the treatment of critically ill patients.

Keywords

• Candida, MALDI TOF-MS, nosocomial infection

References

1. 1. Croxatto A, Prod’hom G, Greub G. Applications of MALDITOF mass spectrometry in clinica ldiagnostic microbiology. FEMS Microbiol Rev. 2012;36:380-407.
2. 2. Wieser A, Schneider L, Jung J, Schubert S. MALDI-TOF MS in microbiological diagnostics identification of microorganisms and beyond. Appl Microbiol Biotechnol 2012;93:965-74.
3. 3. Yılmaz S, Duyan S, Artuk C, Diktaş H. Mikrobiyolojik Tanımlamada MALDI-TOF MS Uygulamaları TAF Preventive. Medicine Bulletin 2014;13:421-6.
4. 4. Bizzini A, Durussel C, Bille J, et al. Performance of matrixassisted laser desorption ionisation-time of flight mass spectrometry for identification of bacterial strains routinely isolated in a clinical microbiology laboratory. J ClinMicrobiol 2010;48:1549–54.
5. 5. Van Veen SQ, Claas EC, Kuijper EJ. High throughput identification of bacteria and yeast by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry in conventional medical microbiology laboratories. J Clin Microbiol 2010;48:900–7.
6. 6. Bizzini A, Greub G. Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry, a revolution in clinical microbial identification. Clin Microbiol Infect 2010;16:1614-9.
7. 7. Hancı SY, Derici YK, Şirin MC, et al.Üçüncü basamak bir hastanede, geriatrik olgularda izole edilen kandida türlerinin tiplendirilmesi ve kanda üreyen mayalarda antifungal duyarlılık. Dicle Med J 2015;42:438-44.
8. 8. Pulcrano G, Iula VD, Vollaro A, et al. Rapid and reliable MALDI-TOF mass spectrometry identification of Candida non-albicans isolates from bloodstream infections . Journal of Microbiological Methods 94;2013:262–66.

9. 9. Feyzioğlu B, Doğan M, Özdemir M, et al. Kandida Türlerinin Tanımlanmasında Corn Meal Agar, Kandida ID2 Kromojenik Besiyeri ve API 32 IDC Performansının Değerlendirilmesi. Selçuk Tıp Derg 2014;30:43-5.
10. 10. Kim SH, Shin JH, HaMok J, et al. Misidentification of Kandida guilliermondii as C. famata among Strains Isolated from Blood Cultures by the VITEK 2 System. Bio Med Research International 2014, Article ID 250408, 6 pages.
11. 11. Carolis E.D, Hensgens L.A.M, Vella A, et al. Identification and typing of the Kandida parapsilosis complex: MALDITOF MS vs. AFLP. Medical Mycology 2014;52;123–30.
12. 12. Lacroix C, Gicquel A, Sendid B, et al. Evaluation of two matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) systems for the identification of Kandida species. Clin Microbiol Infect 2014;20:153– 58.
13. 13. Atalay MA, Sav H, Demir G, et al.Kan Kültürlerinden İzole Edilen Kandida Türlerinin Dağılımı ve Amfoterisin B ve Flukonazole İn V itro Duyarlılıkları. Selçuk Tıp Derg. 2012;28:149-51.
14. 14. Sarıgüzel FM, Koç AN, Karagöz S. Kan Kültürlerinden İzole Edilen Maya Türlerinin Vıtek 2 Sistemi ile Tanımlanması ve Antifungal Duyarlılıkları. Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi 2015;12:261-8.
15. 15. Öztürk T, Özseven AG, Çetin ES, et al. Kan Kültürlerinden İzole Edilen Kandida Suşlarının Tiplendirilmesi ve Antifungal Duyarlılıklarının Araştırılması. Kocatepe Tıp Dergisi 2013;14:17-22.
16. 16. Gülmez D, Gür D. Hacettepe Üniversitesi İhsan Doğramacı Çocuk Hastanesi’nde 2000-2011 Yılları Arasında Kan Kültürlerinden İzole Edilen Mikroorganizmalar: 12 Yıllık Değerlendirme. J Pediatr Inf 2012;6:79-83.
17. 17. Çetin F, Mumcuoğlu İ, Aksoy A, et al. Kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antimikrobiyal duyarlılıkları. TurkHij Den Biyol Derg 2014:67.
18. 18. Yılmaz S, Gümral R, Güney M, et al. İki yıllık dönemde kan kültürlerinden izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkların değerlendirilmesi. Gülhane Tıp Dergisi 2013;55:247-52.
19. 19. Ferreira L, Juanes FS, Vega S, et al. Identification of fungal clinical isolates by matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry . Rev Esp Quimioter 2013;26:193-7.
20. 20. Yaman G, Akyar I, Can S. Evaluation of the MALDI TOFMS method for identification of Kandida strains isolated from blood cultures. Diagn Microbiol Infect Dis. 2012 May;73:65- 7.
21. 21. Bayram Y, Gültepe B, Özlük S, et al.Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Kandida Kökenlerinin İdentifikasyonu ve Antifungal Duyarlılıklarının Araştırılması Van Tıp Dergisi 2012;19:177-81.
22. 22. Zer Y, Balci I, Meriç G. Identification and antifungal susceptibility of Candida isolated from intensive care unit patients. New Microbiol 2002;25:489-94.
23. 23. Comert F, Kulah C, Aktas E, et al. Identification of Kandida species isolated from patients in intensive care unit and in vitro susceptibility to fluconazole for a 3-year period. Mycoses 2007;50:52-7.