In situ Hybridization Techniques

Abstract

In this study, a review was presented about in situ hybridization techniques, types and areas of usage. In situ hybridization is a technique intended to detect locations of a particular nucleic acid sequence in cells or tissues. In situ hybridization is a method that labelled and antisense use of DNA/RNA nucleic acid strands, bind to specific DNA or RNA sequences. The technique based on to form hybrid molecules by coupling single-stranded nucleic acid molecules with complementary sequences under optimal conditions. This ensures the identification of specific sequences on DNA or RNA molecules. In histological tissues target mRNA is hybridized with labelled nucleic acid probe to ensure forming of stable hybrids and thus the location of the probe is allowed to be seen. This technology is precise method used for gene expression studies in cell populations in different species. Today, this method is used as a diagnostic tool in cancer researches, toxicological studies and determination of chromosome anomalies.

Keywords

• In situ hybridization
• Probe
• Genetic diagnosis

In situ Hibridizasyon Yöntemleri

Abstract

Bu çalışmada, günümüzde sıklıkla kullanılan In situ hibridizasyon teknikleri, çeşitleri ve kullanım alanlarına yer verilmiştir. In situ melezleme belirli bir nükleik asit dizisinin doku veya hücre içerisinde bulunduğu yeri tespit etmeye yönelik bir tekniktir. In situ melezleme özel DNA veya RNA dizilerine bağlanabilen, işaretli ve tamamlayıcı DNA/RNA nükleik asit ipliklerinin kullanıldığı hibridizasyon yöntemidir. Tek iplikli nükleik asit moleküllerinin uygun koşullar altında tamamlayıcı dizileri ile eşleştirilerek hibrit moleküller oluşturulması temeline dayanır. Böylece, RNA veya DNA molekülleri üzerindeki özgün dizilerin belirlenmesi sağlanır. Histolojik dokularda hedef mRNA’nın işaretlenmiş nükleik asit probu ile hibridizasyonu sağlanarak dengeli hibridler oluşturulması ve böylece probun yerinin görülür kılınması sağlanır. Bu teknoloji ayrı türlerdeki hücre populasyonlarında gen anlatımı çalışmalarında kullanılan kesin bir metottur. Günümüzde kanser araştırmalarında, toksikolojik çalışmalarda ve kromozom anomalilerinin tespitinde genetik tanı yöntemi olarak kullanılmaktadır.

Keywords

• In situ hibridizasyon
• Prob
• Genetik tanı yöntemi

References

1. K. Tanaka, A. Mansyur, M. Eguchi, T. Shintani, T.S. Kumaravel, H. Asaoku, T. Kyo, H. Dohy, N. Kamada Cancer Genet. Cytogenet. 11(5) (1999) 32-38.
2. D.Y. Lee, H.I. Cho, Y.H. Kang, S.S. Yun, S.Y. Park, Y.S. Lee, Y. Kim, D.S. Lee Cancer Genet. Cytogenet. 15(2) (2004) 1-7.
3. S. Fröhling, S. Skelin, C. Liebisch, C. Scholl, R.F. Schlenk, H. Döhner, K. Döhner J. Of Clinical Oncology 20 (2002) 2480-2485.
4. A.E. Wiktor, D.L. Van Dyke, P.J. Stupca Genet Med 8 (2002) 16-23.
5. F. Forozan, R. Karhu, J. Kanonen Trends Genet 13 (1997) 405-9.
6. F. Celep, A. Karagüzel, G.K. Özgür Eur Urol 44(6) (2003) 666-671.
7. B. Trask Tech Focus 7 (1991) 149-54.
8. M. Otano-Joos, G. Mechtersheimer, S. Ohl Genet Med 10 (2004) 12-18.

9. R. Wang, Y.J. Lu, C. Fisher Genes Chromosomes Cancer 31(1) (2001) 54-64.
10. K. Han, W. Lee, C.P. Haris Cancer Genet Cytogenet 74(1) (1994) 19-24.
11. P. Jeffrey, K. North Am J Surg Pathol 35 (2011) 1146–1150.
12. E. Christine, M.D. Fuller, M.D. Arie Perry Brain Pathol 12 (2002) 67-86.
13. M.D. Pedram Geramy Arch Dermathol 146(3) (2010) 273-278.
14. A.K. Zimmermann Histol Histopathol 25 (2010) 1139-1147.
15. P. Gerami, A. Wass, M. Mafee Am J Surg Pathol 33(12) (2009) 1783-1788.
16. J.W. Jeuken Diagn Mol Pathol 11 (2002) 193–203.
17. L. Casorzo, C. Luzzi, A. Nardacchione, F. Picciotto, A. Pisacane, M. Risio Melanoma Res 15(3) (2005) 155–160.
18. F.S. Pala Trakya Üniv Tıp Fak Dergisi 22(3) (2005) 132-136.
19. H.J. Holtke, C. Kessler Nucleic Acids Res 18 (1990) 5843–5851.
20. H.A. John, M. L. Birnstiel, K. W. Jones Nature 223 (1969) 582–587.
21. R.G. Morris, M. J. Arends, P. E. Bishop, K. Sizer, E. Duvall, C. C. Bird J Clin Pathol 43 (1990) 800–805.
22. J. Pernthaler, R. Amann Appl Environ Microbiol 68 (2002) 3094–3101.
23. G.E.A. Kowalchuk, Molecular microbial ecology, Kluwer Academic Press, Dordrecht, The Netherlands, (2006).
24. J. Pernthaler, F. O. Glockner, W. Schonhuber, R. Amann Methods Microbiol 30 (2001) 207–226.
25. B. Schramm, M. Fuchs, J. L. Nielsen, M. Tonolla, D. A. Stahl Environ Microbiol 4 (2002) 713–720.
26. M.P.C. van de Corput, R. W. Dirks, R. P. M. van Gijlswijk, F. M. van de Rijke, A.K. Raap Histochem Cell Biol 110 (1998) 431–437.
27. N. Başaran, H. Acar, S. Artan, A. Silahtaroğlu, Teorik ve pratik floresan In situ hibridizasyon (FISH), Kurs Kitapçığı, (1996).
28. A. Kallioniemi, O.P. Kollioniemi, D. Sudar, J.W. Gray, F. Waldman, D. Pinkel Science 258(5083) (1992) 818-821.
29. S. Solinas-Toldo, S. Lampel, S. Stilgenbauer, J. Nickolenko, A. Benner, H. Dohner, T. Cremer, P. Lichter Genes Chromosomes Cancer 20(4) (1997) 399-407.
30. J.R. Pollack, C.M. Perou, A.A. Alizadeh, M.B. Eisen, A. Pergamenschikov, C.F. Williams, S.S. Jeffrey, D. Botstein, P.O. Brown Nat Genet 23(1) (1999) 41-46.