Modern Sayısal Herbaryumlar İçin Öne Çıkan Bir Model: Düzce Üniversitesi Orman Fakültesi (DUOF) Sanal Herbaryumu

Year 2024, Volume: 20 Issue: 1, 78 - 105, 30.06.2024

Serdar Aslan Rasim Murat Aydınkal Necmi Aksoy Neval Güneş Özkan

https://doi.org/10.58816/duzceod.1420896

Abstract

Dünyadaki büyük doğa tarihi müzeleri, milli herbaryumlar ve üniversitelere bağlı herbaryumlar çalışmaları kolaylaştırmak ve salgın hastalık veya uzak mesafelere örnek gönderiminin zorluğu gibi durumlarda erişimi kolaylaştırmak için mevcut örneklerini sayısallaştırmaya başlamışlardır. Türkiye’de 65 herbaryuma ait yaklaşık 1 milyondan fazla örnek bulunmaktadır. Fakat bu herbaryumların yaklaşık 10 tanesi veritabanına kayıtlarını girmiş durumdadır. Bunların da yaklaşık 5 tanesi örneklerini kısmen veya tamamen sayısallaştırmış durumdadır. DUOF Herbaryumu’nda 2009 yılında, veri girişi yalnızca örnek etiketi veri girişini içeriyordu. 2013 yılında örnek görüntü tarama işlemine başlanmıştır. Bu zamana kadar yaklaşık 11000 örneğe ait görüntü taranmıştır. Bu görüntüler ve veriler Zoomify ve OtoburTM programı aracılığı ile, DUOF Sanal Herbaryum'u veb sitesinde sunulmaktadır.

Keywords

DUOF, Sanal Herbaryum, iş akışı, OtoburTM

Project Number

DÜBAP 2021.02.02.1254

References

• Aydınkal, R. ve Kanoğlu, S. (2019). Otobur in Action: Processing of various biodiversity data for botanical gardens; flowering calendar, herbarium digitization, propagation trials and scientific plant names. Biodiv. Inform. Sci. Stand. 3: e37043. DOI No: https://doi.org/10.3897/biss.3.37043
• Çayırezmez, N.A., Can, I.D. , Barış Necdet Uğurman, B.N., Özger, G., Uğur, O., Uzun, N. ve Aksoy, N. (2022). The British Institute at Ankara’s digital repository: Botanical Reference Collections digitisation Project, Heritage Turkey 12, December 2022, doi: 10.18866/biaa2022.14.
• Bánki, O., Roskov, Y., Döring, M., Ower, G., Hernández Robles, D.R., Plata Corredor, C. A., Stjernegaard Jeppesen, T., Örn, A., Vandepitte, L., Hobern, D., Schalk, P., DeWalt, R.E., Ma, K., Miller, J., Orrell, T., Aalbu, R., Abbott, J., Adlard, R., Adriaenssens, E. M., et al. (2023). Catalogue of Life Checklist (Version 2023-11-24). Catalogue of Life. https://doi.org/10.48580/dfgnm. Erişim Tarihi: 22.12.2023.
• Chapman, A.D. (2005). Uses of primary species-occurrence data. Report for the Global Biodiversity Information Facility, Copenhagen, Denmark. Website: https://docs.niwa.co.nz/library/public/ChaArUses.pdf. Erişim Tarihi: 21.03.2017.
• Demirkuş, N., Yenilmez, A., Pınar, S.M. ve İşler, S. (2021). Vanf Herbaryumunda bulunan bitki örneklerinin dijital ortama aktarılması öncesinde yapılan işlemler. Ejons Int. J. Math., Eng. Nat. Sci. 5(20): 824-828. DOI No: 10.38063/ejons.520.
• GBIF (2023), GBIF Home Page. https://www.gbif.org. Erişim Tarihi: 22.12.2023.
• Hardisty, A., Brack, P., Goble, C., Livermore, L., Scott, B., Groom, Q., Owen, S. ve Soiland-Reyes, S. (2022). The specimen data refinery: A canonical workflow framework and FAIR digital object approach to speeding up digital mobilisation of natural history collections. Data Intelligence 4(2): 320-341. DOI No: 10.1162/dint_a_00134.
• Harris, K.M. ve Marsico, T.D. (2017). Digitizing specimens in a small herbarium: A viable workflow for collections working with limited resources. Appl. Pl. Sci. 5(4): 1600125. DOI No: 10.3732/apps.1600125.
• Nelson, G., Paul, D., Riccardi, G. ve Mast, A.R. (2012). Five task clusters that enable efficient and effective digitization of biological collections. ZooKeys 209: 19-45. DO No: 10.3897/zookeys.209.3135.
• Nelson, G., Sweeney, P., Wallace, L.E., Rabeler, R.K., Allard, D., Brown, H., Carter, J.R., Denslow, M.W., Ellwood, E.R., Germain-Aubrey, C.C., Gilbert, E., Gillespie, E., Goertzen, L.R., Legler, B., Marchant, D.B., Marsico, T.D., Morris, A.B., Murrell, Z., Nazaire, M., Neefus, C., Oberreiter, S., Paul, D., Ruhfel, B.R., Sasek, T., Shaw, J., Soltis, P.S., Watson, K., Weeks, A. ve Mast, A.R. (2015). Digitization workflows for flat sheets and packets of plants, algae, and fungi. Appl. Pl. Sci. 3(9): 1500065. DOI No: 10.3732/apps.1500065.
• Opensedragon (2013-). https://openseadragon.github.io. Erişim Tarihi: 27.12.2023.
• Özkul, P., Kaynakçı-Elinç, Z., Göktürk, R.S. ve Aykurt, C. (2020). Herbaryumlar için tasarım önerisi: Akdeniz Üniversitesi herbaryumu örneği. Uluslar. Müh., Tas. Teknol. Derg. 2(1): 24-30.
• Öztürk, B. ve Ege, M.A. (2014). Türkiye’nin ilk sanal herbaryumu IZEF örneği ve sanal herbaryumların bitkisel ilaç hammaddesi araştırmaları açısından önemi. Marmara Pharm. J. 18: 79-84. DOI No: 10.12991/mpj.2014186124.
• Schmull, M., Heinrichs, J., Baier, R., Ullrich, D., Wagenitz, G., Groth, H., Hourticolon, S. ve Gradstein, S.R. (2005). The type database at Gottingen (GOET): A virtual herbarium online. Taxon 54(1): 251–254.
• Takano, A., Horiuchi, Y., Fujimoto, Y., Aoki, K., Mitsuhashi, H. ve Takahashi, A. (2019). Simple but long-lasting: A specimen imaging method applicable for small- and medium-sized herbaria. PhytoKeys 118: 1-14. doi: 10.3897/phytokeys.118.29434.
• Thiers, B.M., Tulig, M.C. ve Watson, K.A. (2016). Digitization of the New York Botanical Garden Herbarium. Brittonia 68(3): 324-333. doi: 10.1007/s12228-016-9423-7.
• Thiers, B. (2022). The world’s herbaria 2022: a summary report based on data from Index Herbariorum. https://sweetgum.nybg.org/science/wp-content/uploads/2023/11/The_Worlds_Herbaria_2022.pdf. Erişim Tarihi: 23.12.2023.
• Zoomify (1999). www.zoomify.com. Erişim Tarihi: 27.12.2023.