Molecular Characterozation of Some Free-Living Amoeba in Soil Which Can Be Parasitising in Human

Abstract

Acanthamoeba, Naegleria, Balamuthia, Sappinia, Vahlkampfia and Hartmannella of the free-living ameba are commonly encountered in soil, air, lens solutions and water sources such as tap water, lakes, rivers and swimming pools. Some of those free-living ameba may cause serious diseases in human. The main objective of this study is to isolate and genotype the free-living potential pathogen amoeba species in the soil samples obtained from different regions of Kayseri. Each of the total 20 samples are passed through cellulose nitrate filter and transported to the non nutritional plates and coated with Escherichia coli agar. The samples which are cultured at 37 0C are observed for two weeks in order to observe the reproduction and isolate the DNA samples that are thought to be positive. Eight of the 20 samples which are undergoing PCR with specific primers were Acanthamoeba positive and three of them were Naegleria positive. Besides, Balamuthia was not detected in any of the samples. In conclusion, in this study the presence of some free-living amoeba species which may threaten human health is shown in the soil samples obtained from Kayseri

Keywords

• Free living ameba, PCR, non nutritional agar, Kayseri

TOPRAKTA SERBEST YAŞAYAN VE İNSANDA PARAZİTLENEBİLEN BAZI AMİPLERİN İZOLASYONU VE MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU

Abstract

Serbest yaşayan amiplerden Acanthamoeba, Naegleria, Balamuthia, Sappinia, Vahlkampfia ve Hartmannella; toprakta, musluk suyu, göl, nehir, yüzme havuzu gibi çeşitli su kaynaklarında, havada, lens solüsyonlarında bulunabilmektedir. Doğada serbest olarak yaşayan bu amiplerin bir kısmı insanlarda ciddi hastalıklara yol açabilmektedir. Bu çalışmada; Kayseri’nin çeşitli bölgelerinden alınan toprak örneklerinde serbest yaşayan potansiyel patojen amip türlerinin izolasyonu ve genotiplendirilmesi amaçlanmıştır. Toplam 20 farklı bölgeden alınan birer örnek selüloz nitrat filtreden geçirilip Escherichia coli ile kaplanmış besleyici değeri olmayan agar plaklarına aktarılmıştır. 37 0C’de kültürü yapılan örneklerin iki hafta boyunca üremeleri gözlenerek, pozitif olduğu düşünülen örneklerden DNA izolasyonu gerçekleştirildi. Acanthamoeba, Balamuthia spesifik primerlerle PCR’ı yapılan toplam 20 toprak örneğinin sekizinin Acanthamoeba, üçünün Naegleria pozitif olduğu belirlenirken, örneklerin hiçbirinde Balamuthia saptanmamıştır. Bu çalışma ile insan sağlığı açısından tehdit oluşturabilecek serbest yaşayan bazı amip türlerinin varlığı Kayseri’deki toprak örneklerinde gösterilmiştir

Keywords

• Serbest yaşayan amipler, PCR, besleyici değeri olmayan agar, Kayseri

References

1. Martinez AJ, Janitschke K. Acanthamoeba, an opportunistic microorganism: a review. Infectio 1985; 13: 251-256.
2. Schuster FL, Visvesvara GS. Free-living amoebae as opportunistic and non-opportunistic pathogens of humans and animals. Int J Parasitol 2004; 34: 1001 –1027.
3. Martinez AJ, Visvesvara GS. Free-living amphizoic and opportunistic amebas. Brain Pathol 1997; 7: 583–599.
4. Gelman BB, Rauf SJ, Nader R, et al. Amoebic encephalitis due to Sappinia diploidea. JAMA 2001; 285: 2450–2451.
5. Schroeder JM, Booton GC, Hay J, et al. Use of subgenic 18S ribosomal DNA PCR and sequencing for genus and genotype identification of acanthamoebae from humans with keratitis and from sewage sludge. J Clin Microbiol 2001; 39: 1903 –1911.
6. Schild M, Gianinazzi C, Gottstein B, et al. PCR-based diagnosis of Naegleria sp. infection in formalin-fixed and paraffin-embedded brain sections, J Clin Microbiol 2007; 45: 564–567.
7. Booton GC, Carmichael JR, Visvesvara GS, et al. Identification of Balamuthia mandrillaris by PCR assay using the mitochondrial 16S rRNA gene as a target. J Clin Microbiol 2003; 41: 453–455.
8. Qvarnstrom Y, da Silva AJ, Schuster FL, et al. Molecular confirmation of Sappinia pedata as a causative agent of amoebic encephalitis. J Infect Dis 2009; 199: 1139-1142.

9. Tsvetkova N, Schild M, Panaiotov S, et al. The identification of free-living environmental isolates of amoebae from Bulgaria. Parasitol Res 2004; 92: 405–413.
10. Saygı G. Erzurum’da topraktan Acanthamoeba türü- nün soyutlanması. Türkiye Parazitol Derg 1979; 2: 109-114.
11. Akın Z. Toprak ve Su Örneklerinden Özgür Yaşayan Amiplerin Soyutulması, Tanımlanması, Özellikleri- nin Belirlenmesi ve Patojenlerinin Araştırılması. Yüksek Lisans Tezi, Cumhuriyet Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Sivas, 2000.
12. Saygı G, Akın Z. Sivas’ta toprak ve termal su örnek- lerinden Acanthamoeba ve Neagleria türlerinin soyutulması. Türkiye Parazitol Derg 2000; 24: 237- 242.
13. Kilic A, Tanyuksel M, Sissons J, ve ark. Isolation of Acanthamoeba isolates belonging to T2, T3, T4,
14. and T7 genotypes from environmental samples in Ankara, Turkey. Acta Parasitol 2004; 49: 246–252.
15. Ertabaklar H, Türk M, Dayanır V, et al. Acanthamoeba keratitis due to Acanthamoeba genotype T4 in a non-contact-lens wearer in Turkey. Parasitol Res 2007; 100: 241-246.
16. Özkoç S, Tuncay S, Delibaş SB, et al. Identification of Paravahlkampfia spp. from two clinical samples. J Med Microbiol 2008; 57: 392-396. T4 and Derg 2009; 33: 283-285.