Domateste Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis’in Epifitik Popülasyonunun Belirlenmesinde Uygun Yöntemin Seçimi

Year 2017, Volume: 46 Issue: 3, 89 - 99, 30.12.2017

Sabriye Belgüzar Sümer Horuz Yeşim Aysan Yusuf Yanar

Abstract

Bu çalışma, hastalık belirtisi göstermeyen domates fidelerinde Domates bakteriyel solgunluk hastalığına sebep olan Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm)’in varlığı belirlenirken kullanılacak en uygun yöntemin belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Farklı Cmm konsantrasyonları ile domates fideleri bulaştırılmış ve farklı zaman dilimlerinde örneklemeler yapılarak patojenin varlığı genel bir besi yeri olan King B, yarı seçici besi yeri olan Selective Clavibacter Medium (SCM)’a ekim, serolojik (DAS-ELISA) ve moleküler (PCR) yöntemler
kullanılarak belirlenmeye çalışılmıştır. Çalışma sonunda, Cmm’in iletim demetlerinde ve yeşil aksamda bulaşık olduğu halde, genel besi yerine ekim ve DAS-ELISA testi olumlu sonuç vermemiştir. SCM’ye ekim ve gelişen bakterilerin toplanarak etmene spesifik PCR testleriyle, patojenin varlığı 24 saat sonra başarılı bir şekilde belirlenmiştir. Çalışma sonucunda belirlenen bu yöntemle domates fideleri bu patojenin varlığı yönünden incelenmiş olup, hastalığın bölgesel epidemiyolojisinde epifitik bulaşıklığın rolü ortaya konulmuştur. 

Keywords

Domates, Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, epifitik, PCR

Investigation on the Appropriate Method for Determination of Epiphytic Population of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis on Tomato

Abstract

This
study was conducted to determine the most appropriate method for determining
the presence of causal agent of tomato bacterial wilt disease Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm) in symptomless tomato seedlings. Tomato seedlings were
infected with different concentrations of Cmm
and sampled at different time intervals. The presence of the pathogen in
infected seedling tried to determine by plating on King B medium and a
semi-selective Clavibacter Medium (SCM) and by using serological (DAS-ELISA)
and molecular (PCR) methods. At the end of the study, both methods (plating on
King B and DAS-ELISA) did not give any positive results even though the presence
of the pathogen in leaves and vascular bundles of infected tomato seedlings.
The presence of the pathogen is determined successfully in infected tomato
seedling 24 hours post-inoculation by plating on SCM and performing specific
PCR tests with bacteria grown on the medium. As a result of the study, tomato
seedlings were tested with this method in terms of the presence of the
pathogen, revealing the role of epiphytic infection in the regional
epidemiology of the disease.

Keywords

Tomatoes, Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, epiphytic, PCR

References

• Basım, E., 2002. Isparta ve çevresindeki sera domateslerinde görülen bakteriyel patojenlerin belirlenmesi. Süleyman Demirel Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 6:1-8.
• Burokiene, D., 2006. Early detection of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis in tomato seedlings. Agronomy Research, 4:151-154. Chang, R. J., Ries, S. M., Pataky, J. K., 1992. Local sources of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis in the development of bacterial canker on tomatoes. Phytopathology, 82:553-560.
• Çakmak, Ö., Aysan, Y., Erdem, H., 2008. Farklı düzeylerde çinko beslemesi altındaki domates bitkilerinde bakteriyel solgunluk hastalığı üzerine bitki büyüme düzenleyicilerinin etkisinin araştırılması. TÜBİTAK TOVAG-107O273 nolu proje raporu.
• Çetinkaya-Yıldız, R., 2007. Domates Bakteriyel Solgunluk Hastalığı Etmeni (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Smith) Davis et. al.)’nin Tanılanması ve Bitki Büyüme Düzenleyici Rizobakteriler İle Biyolojik Mücadele Olanaklarının Araştırılması. Çukurova Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bitki Koruma Anabilim Dalı. /Doktora Tezi. Adana.
• Çetinkaya-Yıldız, R., Aysan, Y., 2013. Bitki Bakteri Hastalıkları kitabının 2. Baskısı, Editörler: Saygılı, H., Şahin, F. ve Aysan, Y. Meta Basım, İzmir.
• Fatmi, M., Schaad, N. W, 1988. A semiselective agar medium for isolation of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis from tomato seed. Phytopathology, 81, 1519-1523.
• Gitaitis, R. D., Beaver, R. W., Voloudakis, A. E., 1991. Detection of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis in symptomless tomato transplants. Plant Disease, 75 (8), 834-838.
• Gleason, M.L., Braun, E. J., Carlton, W. M., Peterson, R. H., 1991. Survival and disesemination of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis in tomatoes. Phytopathology, 81:519-1523.
• Gleason, M. L., Gitaitis, R. D., Ricker, M. D., 1993. Recent progress in understanding and controlling bacterial canker of tomato in Eastern North America. Plant Disease, 77:1069-1076.
• Jones, J. B., Stall, R. E., Zitter, T. A., 1991. Bacterial Canker, Compendium of Tomato Diseases, 25 sayfa.
• King, E. 0., Ward, M. K., Raney, D. E., 1954. Two simple media for the demonstration of pyocianin and fluoresin. Journal of Laboratuary and Clinical Medicine, 44:301-307.
• Nejat, N., Sijam, K., Abdullah, S. N. A., Vadamalai, G., Dickinson, M, 2009. Molecular characterization of a phytoplasma associated with Coconut Yellow Decline (CYD) in Malaysia. American Journal of Applied Sciences, 6 (7), 1331-1340.
• Santos, M. S., Cruz, L., Norskov, P., Rasmussen, O. F., 1997. A rapid and sensitive detection of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis in tomato seeds by polymerase chain reaction. Seed Science and Technology, 25(1):581-584.
• Şahin, F., Uslu, H., Kotan, R, Dönmez, M. F., 2002. Bacterial canker, caused by Clavibacter michiganensis ssp. michiganensis, on tomatoes in eastern Anatolia region of Turkey. Plant Pathology, 51, 399.
• Tokgönül, S., 1998. Ticari Domates Tohumlarında Bakteriyel Solgunluk Etmeni (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis)’nin Saptanması ve Etmene Karşı Mücadele Olanakları Üzerinde Araştırmalar. (Doktora Tezi). Çukurova Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bitki Koruma Anabilim Dalı, Adana.
• Yazıcı, S., Karamustafaoğlu, İ., Aysan, Y., Yanar, Y., 2011. Tokat Yöresi Domates Alanlarında Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis’in Neden Olduğu Domates Bakteriyel Solgunluk Hastalığı. Türkiye IV. Bitki Koruma Kongresi, 28-30 Haziran 2011. Kahramanmaraş. sayfa: 331.