Microsatelite Locus Analysis of Green Turtles of Alata Beach

Year 2011, Volume: 31 Issue: 1, 247 - 260, 01.03.2011

Yasemin Kaçar

Abstract

In this study microsatellite loci analysis performed on one of the endangered species green sea turtles (Chelonia mydas). Samples collected in 2006 season from Alata beach at the city zone of Mersin. Amplification of CM3 microsatellite locus of 28 non-sibling hatchlings resulted 160–200 bp PCR-DNA fragments which have been sequenced and GT repeat numbers show very high differences between alleles. GT repeat numbers was found between 10– 28 for CM3 locus. Amplification of CM58 microsatellite locus of 30 non-sibling hatchlings, resulted 150 – 165 bp DNA fragments which have GT repeat number between 6 to 15. Amplification of CM72 microsatellite locus of 28 nestling, resulted 250 – 290 bp PCR-DNA fragments which have GT repeats between 9 to 39.

Keywords

Chelonia mydas, Microsatellite locus, PCR, Alata Beach.

Alata Üreme Kumsalında Bulunan Yeşil Deniz Kaplumbağalarının Mikrosatellit Lokus Analizi

Abstract

Bu çalışmada dünyada soyları tehlike altında olan yeşil deniz kaplumbağalarının (Chelonia mydas) genetik özelliklerinin belirlenmesi amacıyla mikrosatellit lokus analizi yapılmıştır. Mikrosatelit lokus için örnekleme Mersin bölgesi Alata kumsalından 2006 üreme sezonu içerisinde farklı yuvalardan yapılmıştır. CM3 mikrosatellit lokusu çoğaltılan 28 yavru birey için 160-200 bç\'lik PZR-DNA\'ları dizi analizleri sonucu bireylerde GT tekrar sayısının (10-28) alleller arasında oldukça farklılıklar gösterdiği bulunmuştur. CM58 mikrosatellit lokusu çoğaltılan 30 yavru birey için 150-165 bç lik PZR-DNAlar için GT tekrar sayısı 6-15 arasında değiştiği; CM72 lokusu için 28 yavru birey 250-290 bç lik PZR-DNA\'larda GT tekrar sayısının 9-39 arasında değiştiği saptanmıştır. Genetik çeşitliliğin ortaya çıkartılması için genomik DNA

Keywords

Chelonia mydas, Mikrosatellit lokus, PZR, Alata Kumsalı.

References

• Baran, İ. ve Kasperek, M. (1989). Marine Turtles Turkey, Status Survay 1988 and Recommendation for Conservation and management. WWF, 128.
• Baran, İ., Durmuş, H., Çevik, E., Üçüncü, S. ve Canbolat, A.F. (1992). Türkiye Deniz Kaplumbağaları Stok Tespiti. Tr. J. of Zoology, 16, 119-139.
• Başoğlu, M. ve Baran, İ. (1982). Anadolu Sahillerinden Toplanan Deniz Kaplumbağası Materyeli Üzerinde Kısa Bir Rapor. Doğa Bilim Dergisi, Ser. A, 6(2), 69-71.
• Bowen, B. W., Meylan, A. B., Ross, J. P. Limpus, C. J. and Balazs G. H. (1992). Global population structure and natural history of the green sea turtle (Chelonia mydas) in terms of matriarchal phylogeny. Evolution 46, 865-880.
• Ergene Gözükara S., Aymak C. ve Kaska Y. (2003). Alata Kumsalı (Mersin)’nda Deniz Kaplumbağa (Caretta caretta ve Chelonia mydas) Populasyonlarının İncelenmesi, I. Ulusal Deniz Kaplumbağaları Sempozyumu, 4-5. Aralık
• Encalada , S.E., Lahanas, P.N., Bjorndal, K.A., Bolten, A.B., Miyamoto, M.M., Bowen, B.W. (1996). Phylogeography and population structure of the Atlantic and Mediterranean green turtle Chelonia mydas: a mitochondrial DNA control region sequence assessment. Mol. Ecol. 5, 473-483.
• Fitzsimmons, N. N., Moritz C. and Moore, S. S. (1995) Conservation and dynamics of microsatellite loci over 300 million years of marine turtle evolution. Mol. Biol. Evol. 13, 432–440.
• Fitzsimmons, N. N., Limpus, C. J., Norman, J. A., Goldizen, A. R. And Miller J. D. (1997a). Philopatry of male marine turtles inferred from mitochondrial DNA markers. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 8912-8917.
• Fitzsimmons, N. N., Moritz, C., Limpus, C. J., Pope, L. and Frince, R. (1997b). Geographic structure of mitochondrial and nuclear gene polymorphisms in Australian green turtle populations and male-biased gene flow. Genetics 147,1843- 1854.
• Geldiay, R. (1984). Türkiye’nin Ege ve Akdeniz Kıyılarında Yaşayan Deniz Kaplumbağalarının (Caretta caretta caretta L. ve Chelonia mydas mydas L.) Populasyonları ve Korunmaları ile İlgili Araştırmalar. Doğa Bilim Dergisi, Ser. A 8, 66-75.
• Grimaldi, M.-C., ve Crouau-Roy, B. (1997)Microsatellite allelic homoplasy due to variable flanking sequences. J. Mol. Evol. 44, 336–340.
• Hathaway, R.R. (1972). Sea Turtles Unanswered Questions About Sea Turtles in Turkey. Balık ve Balıkçılı, 20, (1)1-8.
• Jarne, P., and Lagoda, P. J. L. Brown, W. M.,M., George, J. and Wilson, A. C. (1996). Microsatellites, from molecules Rapid evolution to populations and back. Tree, 11, 424–429.
• Karl, S. A., B. W. Bowen and J. C. Avise, 1992. Global population genetic structure and male-mediated gene flow in the green turtle (Chelonia mydas): RFLP analysis of anonymous nuclear loci. Genetics 131: 163–173.
• Kaska, Y. (2000). Genetic structure of mediterranean Sea turtle populations. Tr. Journal of Zool., 24, 191-197.
• Kimura, M. and Ohta, T. (1978). Stepwise mutation model and Genetic divergence between Atlantic and Indo-Pacific bution of allelic frequencies in a finite population. Proc. Natl. Acad. Sci. USA,75, 2868–2872.
• Lutz, P.L. and Musick, J.A. (1997). The Biology of Sea Turtles, CRC Press, New York..432pp.
• Orti, G., Pearse, D. E. and Avise, J. G.(1997,). Phylogenetic assessment of length variation at a microsatellite locus. Proc Natl. Acad. Sci. USA, 94, 10745-10749.
• Roberts.,M.A., Schwartz T. S., and S.A. Karl. (2004). Global population genetic structure and Male-mediated gene flow in the green sea turtle Chelonia mydas): Analysisi of microsatellite loci. Genetics, 166, 1857-1870.
• Stephan, W. (1989). Tandem-repetitive noncoding DNA: Forms and DC Forces. Mol. Biol. Evol., 6, 198–212.
• Tautz, D. and Rentz M. (1984). Simple sequences are ubiquitous repetitive components of eukaryotic genomes. Nucleic Acids Res. 17, 4127-4138.
• Türkozan, O. (2000). Reproductive Ecology of the Loggerhead Turtle, Caretta caretta, on Fethiye and Kizilot Beaches, Turkey. Chelonian Conservation and Biology, 3(4), 686-692.