Species Identification in Processed Squid Products through Cytochrome Oxidase I Gene Sequences (Turkish with English Abstract)

Year 2011, Volume: 36 Issue: 6, 359 - 365, 14.02.2015

Emre Keskin Hasan Hüseyin Atar

Abstract

Molecular approaches used in species identification of processed seafood become a necessity as morphological characters were lost during this process. In this study, we used comparison of cytochrome oxidase I gene sequences to determine the species used in processed squid products. Identifications at species level were implemented through alignment of DNA sequences gathered from the samples and comparing them with reference sequences acquired from GenBank database. Also we performed a phylogenetic analysis using these samples and reference sequences. A phylogenetic tree was build using UPGMA method with 1000 bootstrap replicates for the reliability of the constructed tree. Results showed that species used in 10 products were belonging to 7 species from 2 families. Four of these samples were belonging to high-valued Loliginidae family and the other six samples were belonging to lower-valued Ommastrephidae family. There was no any specification about the species in the labels of 6 squid products but there was about the genus in the labels of the rest of 4 squid products in which one of the genus was found out as different.     

Keywords

Cytochrome oxidase I; DNA sequence analysis; molecular species identification; processed seafood; squid.

İşlenmiş Kalamar Ürünlerinde Sitokrom Oksidaz I Gen Dizileri Kullanılarak Tür Tayini

Abstract

İşlenmiş su ürünlerinde kullanılan türlerin tayininde moleküler yaklaşımların kullanılması, işleme sonucunda morfolojik özelliklerin kaybolmasından dolayı bir zorunluluk olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada, kalamar ürünlerinde kullanılan türlerin belirlenmesinde sitokrom oksidaz I gen dizilerinin karşılaştırılması yönteminden yararlanılmıştır. Ürünlerden elde edilen DNA dizileri hizalandıktan sonra Gen Bankası veri tabanındaki referans diziler ile karşılaştırılarak tür seviyesinde eşleşmeler gerçekleştirilmiştir. Ayrıca bu örnekler ve referans dizilerden elde edilen veriler kullanılarak filogenetik bir analiz de gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçlar 10 farklı üründen elde edilen DNA dizilerinin 2 farklı familyadan 7 türe ayrıldıklarını göstermektedir. Bu örneklerin 3 tanesinin ekonomik önemi yüksek olan Loliginidae familyasından, diğer 4 örneğin ise ekonomik değeri daha düşük olan Ommastrephidae familyasından oldukları tespit edilmiştir. Ürün paketlerinde bulunan etiketlerde 6 örnekte tür belirtilmezken, diğer 4 örnekte cins belirtilmiş ve bunlardan biri belirtilenden farklı olarak tespit edilmiştir.

Keywords

DNA dizi analizi; işlenmiş su ürünleri; kalamar; moleküler tür tayini; sitokrom oksidaz I.

References

• Staudt E. 1940. Russia export wheats: composition and character of the 1938 crop. Cereal Chem, 17 (5): 565-572
• Kretovich V.L. 1944. Biochemistry of the damage to grain by the wheat bug. Cereal Chem, 21 (1): 1-15
• Paulian F, Popov C. 1980. Sunn pest or Cereal Bug: In Wheat. E. Hafliger ed., Ciba - Gigy Ltd., Basel.
• Lorenz K, Meredith P. 1988 a. Insect - damaged wheat: History, of the problem, effects on baking quality, remedies. Lebensmitt Wiss Tech, 21(4): 181-187
• Swallow W H, Every D. 1991. Insect enzyme damage to wheat. Cereal Foods World, 36 (6): 505-508
• Boyacıoğlu, M.H. 2012. Insect- damaged wheat: Suni bug, cereal bug, sunn pest, wheat bug, shield bug, shell bug. Grain & Feed Milling Tech, September-October, 2012, 22-26 pp. www.gfmt.co.uk
• Greenaway WT, Neustadt MH, Zeleny L. 1965. A test for stinkbug damage in wheat. Cereal Chem, 42 (5): 577-579
• Matsoukas NP, Morrison WR. 1990. Breadmaking quality of ten bread wheats-baking and storage tests on bread made by long fermentation and activated (chemical) dough development processes, and effects of bug – damaged wheat. J. Sci. Food Agric, 53 (3): 363-377
• Schipper A, Weipert D. 1993. Auswirkungen eines getreidewanzenbefalls auf backereitechnolgische qualitetseigenschaften von weizen. Getreide - Mehl und Brot, 47 (1): 26-30
• Karababa E, Ozan AN, 1998. Effect of wheat bug (Eurygaster integriceps) damage on quality of a wheat variety grown in Turkey. J. Sci. Food Agric, 77: 399-403
• Vasileva R, Ilcheva I, Slacheva M, Stoeva I. 1996. Influence of degree of spooling of wheat grain by wheat bug Eurygaster intergrypces on bread quality. Kharanitelna Promishlenost, 45 (2):16-20 (Alınmıştır: Hariri, G. ve ark. 2000)
• Kent – Jones DW, Amos AJ. 1957. Modern Cereal Chemistry. The Liverpool Publishing Co. Ltd. 818 Pages. Liverpool, England.
• Ziegler E, Greer EN. 1971. Principles of Milling .In: "Wheat Chemistry and Technology" Ed.2ndChap 4.Y. Pomeranz (Ed). AACC. St. Paul. Minn.
• Kent NL.1982. Technology of Cereals. Pergamon Press. 4ndEdition. Oxford. England.
• Williams PC, Buttler C. 1970. Characterization of wheat flour proteins by differentiation solubility in conjunction with disc electrophoresis. Cereal Chem, 47 (5): 626-639
• Jeanjean MF, Damidaux R, Feillet P. 1980. Effect of heat treatment on protein solubility and viscoelastic properties of wheat gluten. Cereal Chem, 57 (5): 325-331
• Pattakaou V, Voundouris E, Hadjizisiz M. 1981. Changes in quality parameters of flour mill streams, produced from soft wheat after hydrothermal treatment. In: The Quality of Foods and Beverages. Charalambuos, G. and Inglett, G.E., Eds. Academic Press. London, pp 275-287
• Gündüz HH, Dıraman H. 1995. Süne Zararlı Buğdaylarda Buharla ve Ilık Tavlama Metodları Üzerinde Bir Çalışma. Ziraat Mühendisliği, 287: 30-31
• Dıraman H. 1999. Süne Hasarlı Ticari Unlara Mikrodalga Uygulamasının Teknolojik ve Reolojik Etkileri. E.Ü. Mühendislik Fak. Gıda Müh. Bölümü. ''2000'li Yıllarda Gıda Bilimi ve Teknolojisi Kongresi. 18-20 Ekim E.Ü. Atatürk Kültür Merkezi – İzmir." Bildiri Kitabı Sayfa: 11. (Sözlü Sunulmuş Bildiri).
• Staudt E. 1958. Eine Einfache Schellmetode zur Festellung von Hitzenschaden bei der Trocknung von Getreide. Mühle, 95 (6): 69.
• ICARDA. 1982.Counteracting suni bug damage to wheat flour baking quality. ICARDA Research Highlights 82. ICARDA, Aleppo, Syria.
• Köse E, Olçay M, Ünal SS. 1995. Buğday Unlarında Sünenin (Eurygaster integriceps) Hamurun Fiziksel Özellikleri ve Ekmek Niteliklerine Etkisi. Ege Üniv. Mühendislik Fakültesi Dergisi, Seri B, 13 (2): 81-89.
• Hariri G, Williams PC, El-Haramein FJ. 2000. Influence of pentatomid insects on the physical dough properties and two-layered flat bread baking quality of Syrian wheat. J Cereal Sci, 31:111-118. 24. Dizlek, H. 2010. Süne Zararına Uğramış Ekmeklik Buğdayların Bazı Niteliklerinin İncelenmesi ve İyileştirilmesi Olanakları Üzerine Bir Araştırma. Çukurova Üniv. Fen Bil. Enst. Gıda Müh. A.B.D. Doktora Tezi. 273 sayfa. Adana (Basılmamış)
• ICC, 1972. International Association for Cereal Chemistry and Technology. Method no 105, 110, 115 26. Orth RA, O'Brien N. 1976. A new biochemical test of dough strength on wheat flour. J Aust Inst Agric Sci, 42:122-124.
• Dıraman H. 2009 Effect of Suni-bug (Eurygaster spp.) damage on some biochemical properties of bread wheat variety (Bezostaja). Asian J Chem, 21 (9): 7049-7053.
• Peréz, G, Bonet, A, Rosell CM. 2005. Relationship between gluten degradation by Aelia spp and Eurygaster spp and protein structure. J. Sci Food Agric, 85: 1125-1130
• Schofield JD, Bootomley RC, Timms MF, Booth MR. 1983. The effect of heat on wheat gluten and the involvement of sulphydril – disulfide interchange reactions. J Cereal Sci, 1: 241-253.
• Hoseney RC, Rogers DE. 1990. The formation and properties of wheat flour doughs. CRC. 29 (2): 73-93