Bağrıbütün Kavununda Polimorfik Olan Bazı SSR Markörlerinin Belirlenmesi

Year 2020, Volume: 10 Issue: 2, 474 - 479, 15.04.2020

Murat Güney Salih Kafkas Gökçen Yakupoğlu Muhammet Ali Gündeşli

https://doi.org/10.17714/gumusfenbil.628544

Cited By: 1

Abstract

Bitki genetik
kaynaklarının elden çıkması çok kolay ancak geri kazanımları neredeyse imkânsız
olmaktadır. Genetik materyallerin toplanması ve muhafaza altına alınması
gelecekte yapılacak olan ıslah programları için büyük önem arz etmektedir.
Moleküler markörler kullanılarak, genotiplerin seleksiyonu, çoğaltılması,
karakterizasyonu ve muhafazası mümkündür. DNA markör sistemleri farklı
ekolojilerdeki genetik materyallerin karakterize edilmesini sağlamaktadır. Bu
çalışmanın amacı, Yozgat’ın Aydıncık ilçesinde yetiştiriciliği yapılan eşsiz
tat ve aromaya sahip Bağrıbütün kavununun SSR (Basit Dizi Tekrarları) moleküler
markör tekniği ile DNA parmak izi çıkarılarak coğrafi işaretlemeye katkı
sağlamaktır. 4 adet yerel Bağrıbütün kavunu genotipinin 24 adet
polimorfik SSR primeri ile genetik karakterizasyonu ortaya konulmuştur. DNA
parmak izinin çıkarılmasında kullanılan polimorfik SSR primerlerinden
CMSSR12254, CMSSR10506, CMSSR07989 ve CMSSR08902 primerleri yüksek oranda
polimorfizm göstermiştir. Bu SSR primleri ile kavun genetik kaynaklarının
genetik ilişklileri daha kısa sürede ve daha güvenilir sonuçlarla
belirlenebilecektir. 

Keywords

Cucumis melo L., DNA Parmak İzi, Kavun, SSR

Supporting Institution

Yozgat Bozok Üniversitesi, Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi

Project Number

6604-ZF/18-183

Thanks

Yozgat ili Aydıncık Belediyesi

Determination of Some Polymorphic SSR Markers in Bagrıbutun Melon

Abstract

Plant genetic resources are easy to dispose of, but
their recovery is almost impossible. The collection and preservation of genetic
materials are of great importance for future breeding programs. The selection,
amplification, characterization, and maintenance of genotypes are possible
using molecular markers. DNA marker systems are used to characterize genetic
materials of different ecologies. The aim of this study is to contribute to the
geographic marking region-specific Bagrıbutun melon with unique taste and aroma
which is cultivated intensively in Aydincik district by extracting DNA
fingerprints using SSR (Simple Sequence Repeats) molecular marker technique.
Genetic characterization of 4 local melon genotypes was determined using 24
polymorphic SSR primers. Among all 4 primers (CMSSR12254, CMSSR10506,
CMSSR07989, and CMSSR0890) showed high polymorphism and were used for DNA
fingerprinting. Using these SSR primers, genetic relations of melon genetic
resources can be determined in a shorter time and with more reliable results.

Keywords

Cucumis melo L., DNA Fingerprint, Melon, SSR

Project Number

6604-ZF/18-183

References

• Ahsyee, R.S., Calic, I., Zoric, M., Karagic, D., ve Surlan-Momirovic, G., 2014. Enetic Diversity in Red Clover (Trifolium pratense L.) using SSR Markers. Genetika, 46(3), 949–961.
• Çalışkan, M., 2005. Rapd Analizi ile Güllerde (Rosa spp.) Genetik Tanımlama. Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Doktora Tezi, Ankara (in Turkish).
• Çalışkan, O., Bayazit, S., Oktem, M., ve Ergul, A., 2017. Evaluation of the Genetic Diversity of Pomegranate Accessions from Turkey using New Microsatellite Markers. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 41(2), 142–153.
• Dervishi, A., Jakse, J., Ismaili, H., Javornik, B., ve Stajner, N., 2018. Comparative Assessment of Genetic Diversity in Albanian Olive (Olea europaea L.) using SSRs from Anonymous and Transcribed Genomic Regions. Tree Genetics & Genomes, 14(4), 53.
• Doyle, J.J. ve Doyle, J.L., 1987. A Rapid Isolation Procedure for Small Quantities of Fresh Leaf Tissue. Phytochemical Bulletin, 19, 11–15.
• Eser, B., Saygılı, H., Göçgol, A., ve İlker E., 2005. Tohum Bilimi ve Teknolojisi. Ege Üniversitesi Tohum Teknolojisi Uygulama ve Araştırma Merkezi İzmir, cilt 1 Yayın no:3 (in Turkish).
• Fergany, M., Kaur, B., Monforte, A. J., Pitrat, M., Rys, C., Lecoq, H., Dhillon, N.P.S. ve Dhaliwal, S.S., 2011. Variation in Melon (Cucumis melo L.) Landraces Adapted to the Humid Tropics of Southern India. Genetic Resources and Crop Evolution, 58(2), 225–243.
• Frary, A., Doğanlar, S., Taşkın, T., Tan, A., İnal, A. ve Mutlu, S., 2009. Ulusal Kavun (Cucumis melo L.) Kolleksiyonlardaki Genetik Çeşitliliğin Belirlenmesi. TUBİTAK, Proje No: 106O170, İzmir, 1–58 (in Turkish).
• Garcia-Gomez, B., Gonzalez-Alvarez, H., Martinez-Mora, C., Cenis, L. J., Perez-Hernandez, C. D. M., Martinez-Zubiaur, Y., ve Martinez-Gomez, P., 2019. The Molecular Characterization of an Extended Mulberry Germplasm by SSR Markers. Genetika, 51(2), 389–403.
• Gonzalo, M. J., Oliver, M., Garcia-Mas, J., Monfort, A., Dolcet-Sanjuan, R., Katzir, N., ... ve Monforte, A. J., 2005. Simple-Sequence Repeat Markers used in Merging Linkage Maps of Melon (Cucumis melo L.). Theoretical and Applied Genetics, 110(5), 802–811.
• Gülşen, M. ve Mutlu, N., 2005. Bitki Biliminde Kullanılan Genetik Markırlar ve Kullanım Alanları. Alatarım, 4(2): 27-37 (in Turkish).
• Günay, A. 1993. Özel Sebze Yetiştiriciliği. Cilt 5. A.Ü. Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Ankara 1993, (in Turkish).
• Güney, M., Kafkas, S., Keles, H., Aras, S., ve Ercişli, S., 2018. Characterization of Hawthorn (Crataegus spp.) Genotypes by SSR Markers. Physiology and Molecular Biology of Plants, 24(6), 1221–1230.
• Güney, M., Kafkas, S., Koç, A., Aras, S., Keles, H. ve Karcı, H., 2019. Characterization of Quince (Cydonia oblonga Mill.) Accessions by Simple Sequence Repeat Markers. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 43, 69–79.
• İnal, A., 2002. Yerel Çeşitlerin Önemi ve Korunması. Broşür ETAET, No: 3 İzmir (in Turkish).
• Kaçar, Y.A., Simsek, O., Solmaz, I., Sarı, N. ve Mendi, Y.Y., 2012. Genetic Diversity Among Melon Accessions (Cucumis melo L.) from Turkey based on SSR Markers. Genetics and Molecular Research, 11(4), 4622–4631.
• Kafkas, S., Khodaeiaminjan, M., Gueney, M., ve Yasa Kafkas N.E., 2015. Identification of Sex-Linked SNP Markers using RAD Sequencing suggests ZW/ZZ Sex Determination in Pistacia vera L. BMC Genomics, 16, 98.
• Kafkas, S., Özgen, M., Doğan, Y., Özcan, B., Ercişli, S., ve Serçe, S., 2008. Molecular Characterization of Mulberry Accessions in Turkey by AFLP Markers. Journal of the American Society for Horticultural Science, 133, 593–597.
• Kafkas, S., Özkan, H., Ak, B.E. Açar, I., Atlı, H.S. ve Koyuncu, S., 2006. Detecting DNA Polymorfism and Genetic Diversity in a Wide Pistachio Germplasm: Comparison of AFLP, ISSR and RAPD Markers. Journal of the American Society for Horticultural Science, 131(4), 522–529.
• Kalkışım, O., Okcu, M., Okcu, Z., Karabulut, B., Yildirim, N., ve Agar, G., 2016. Relationships among Some Pears Genotypes (Pyrus communis L.) based on ISSR and RAPD Analysis. Erwerbs-Obstbau, 58(4), 259–264.
• Kaşka, N., 2019. Meyveciliğin Gelişmesi Konusunda Çukurova'ya ve Türkiye'ye Yapılan Hizmetler. Çukurova Üniversitesi Rektörlüğü (in Turkish).
• Kutlu, H., 2017. Konya İlinde Yerel Tohumların Kullanılması ve Sürdürülebilirliğine Etki Eden Faktörlerin Analizi. Doktora Tezi, Selçuk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü. Konya 96s.
• Ning, X. F., Xiong, L. M., Wang, X. L., Gao, X. W., Zhang, Z. G., Zhong, L. ve Li, G., 2014. Genetic Diversity among Chinese Hami Melon and Its Relationship with Melon Germplasm of Diverse Origins revealed by Microsatellite Markers. Biochemical Systematics and Ecology, 57, 432–438.
• Özçağıran, R., Ünal, A., Özeker, E. ve İsfendiyaroğlu, M., 2004. Ilıman İklim Meyve Türleri. Yumuşak Çekirdekli Meyveler. Cilt: II. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Yayınları, No: 556, Bornova, İzmir (in Turkish).
• Özgen, M., Adak, S., Söylemezoğlu, G., Ulukan, H., 2000. Bitki Genetik Kaynaklarının Korunma ve Kullanımında Yeni Yaklaşımlar. Türkiye Ziraat Mühendisliği 5. Teknik Kongresi, Ankara, s. 259–284 (in Turkish).
• Pitrat, M., Halnelt, P., ve Hammer, K., 2000. Some Comments on Intraspesific Classification of Cultivars of Melon. Acta Horticulturae, 510: 29–36.
• Ritschel, P.S., de Lima Lins, T.C., Tristan, R.L., Buso, G.S.C., Buso, J.A. ve Ferreira, M.E., 2004. Development of Microsatellite Markers from an Enriched Genomic Library for Genetic Analysis of Melon (Cucumis melo L.). BMC Plant Biology, 4(1), 9.
• Schuelke, M., 2000. An Economic Method for the Fluorescent Labeling of PCR Fragments. Nature Biotechnology, 18(2), 233.
• Sestili, S., Giardini, A. ve Ficcadenti, N., 2011. Genetic Diversity among Italian Melon Inodorus (Cucumis melo L.) Germplasm revealed by ISSR Analysis and Agronomic Traits. Plant Genetic Resources, 9(02), 214–217.
• Şensoy, S., Büyükalaca, S. ve Abak, K. 2007. Evaluation of Genetic Diversity in Turkish Melons (Cucumis melo L.) based on Phenotypic Characters and RAPD Markers. Biomedical and Life Sciences, 54(6), 1351–1365.
• Tan, A., 2009. Türkiye Geçit Bölgesi Genetik Çeşitliliğinin in situ (Çiftçi Şartlarında) Muhafaza Olanakları. Anadolu Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü Dergisi, 19(1), 1–13 (in Turkish).
• Yüksel, C., Mutaf, F., Demirtaş, İ., Öztürk, G., Pektaş, M., ve Ergül, A., 2013. Characterization of Anatolian Traditional Quince Cultivars, based on Microsatellite Markers. Genetics and Molecular Research, 12(4), 5880–5888.
• Zaloğlu, S., Kafkas, S., Dogan, Y., ve Güney, M., 2015. Development and Characterization of SSR Markers from Pistachio (Pistacia vera L.) and their Transferability to Eight Pistacia Species. Scientia Horticulturae, 189, 94–103.
• Zhu, H., Song, P., Koo, D. H., Guo, L., Li, Y., Sun, S., ve Yang, L., 2016. Genome Wide Characterization of Simple Sequence Repeats in Watermelon Genome and Their Application in Comparative Mapping and Genetic Diversity Analysis. BMC Genomics, 17(1), 557.