ÖRTÜALTINDA YETİŞTİRİLEN MARULDA SCLEROTINIA SCLEROTIORUM POPULASYONUNDA GENETİK ÇEŞİTLİLİĞİN MİKROSATELİT MARKÖRLER İLE BELİRLENMESİ

Year 2011, Volume: 15 Issue: 4, 39 - 44, 21.02.2014

Figen Turk

Abstract

Sclerotinia sclerotiorum sebze yetiştiriciliğinde en yıkıcı patojenlerden biridir. Çanakkale’de marul Kasım’dan Mart ayına kadar örtü altında yetiştirilmekte, bu dönemler dışındaki zamanlarda ise hıyar tarımı yapılmaktadır. Her iki bitki türü de hastalık etmeninden etkilenmekte ve yıl boyunca hastalık simptomlarını görmek mümkün olmaktadır. Bu çalışmanın amacı örtüaltında yetiştiriciliği yapılan marul seralarında, S. sclerotiorum’un hastalık simptomlarını gösteren bitkilerden etmeni izole etmek ve izolatlar arasında genetik çeşitliliği PCR yoluyla saptamaktır. Bu çalışmada 18 patojen izolatı, bu izolatlar arasında farklılığı saptamak için ise 8 mikrosatelit primeri kullanılmıştır. (TACA)10 primeri kullanıldığında tüm izolatlardan aynı büyüklükte PCR ürünü elde edilmiştir. (GT)8 primeri kullanıldığında popülasyonda 2 farklı büyüklükte, (GA)9, (TATG)9, ve (GT)10 locuslarında ise 3 farklı büyüklükte allel saptanmıştır. (CATA)25 ve (TTA)9 primerleri kullaınldığında 5’er allel saptanırken, (AGAT)14(AAGC)4 locusunda toplam 6 polimorfik banda rastlanmıştır. Marul populasyonunda yapılan bu çalışmada, izolatlar arasında yüksek oranda polimorfizm olduğu saptanmıştır.

Keywords

Sclerotinia sclerotiorum, marul, mikrosatelit markörler, PCR, genetik çeşitlilik

DETERMINATION OF GENETIC VARIATION IN THE POPULATION OF SCLEROTINIA SCLEROTIORUM IN GREENHOUSE GROWN LETTUCE BY MICROSATELLITE MARKERS

Abstract

Sclerotinia sclerotiorum is one of the most destructive pathogens of vegetable crops. In Çanakkale, lettuce is cultivated under greenhouses between November until end of March.
Afterwards, lettuce is replaced with cucumber. Both are important hosts of the pathogen and infected plants can be found throughout the year. Here, we tested if polymorphism exists in the
isolates collected from the greenhouses. Eighteen isolates were employed in the research. Eight microsatellite primer sets were used for this purpose. One of them ((TACA)10) did not show
polymorphism among the isolates. We found 2 alleles at (GT)8, 3 alleles at (GA)9, (TATG)9, and (GT)10 loci. Five loci were observed at (CATA)25 and (TTA)9 alleles. The most obvious
polymorphism existed at (AGAT)14(AAGC)4 loci revealing 6 alleles. A high level of polymorphism was found in lettuce populations originating from different locations but also within populations from the same greenhouse.

Keywords

Sclerotinia sclerotiorum, lettuce, microsatellite markers, PCR, genetic variation

References

• Atallah ZK, Larget B, Johnson DA. (2004) High genetic diversity, phenotypic uniformity outcrossing sclerotiorum in the Columbia basin of Washington State. Phytopathology 94:737-742. of in Sclerotinia
• Boland GC, Hall R. (1994) Index of plant hosts of Sclerotinia sclerotiorum. Can J Plant Pathol 2:93-108.
• Carpenter, M. A., Frampton, C. and Stewart, A. 1999. Genetic variation in New Zealand populations of the plant pathogen Sclerotinia sclerotiorum. N.Z. J. Crop Hortic. Sci. 27: 13-21.
• Cubeta, M.A. Cody, B. R. Kohli Y. And L. M. Kohn. 1997. Clonality in Sclerotinia sclerotiorum on infected cabbage in Eastern Phtopathology. 87: 1000-1004.
• Glass, N. L. and Kuldau, G. A. 1992. Mating type and vegetative incompatibility in filamentous ascomycetes. Ann. Rev. Phytopathol. 30: 201-224.
• Gaggiotti OE, Lange O, Rassmann K, Gliddon C. (1999) A comparison of two indirect average levels of gene flow using microsatellite data. Mol Ecol 8:1513- 1520. estimating
• Kohn LM, Carbone I, Anderson JB. (1990) Mycelial interactions in Sclerotinia sclerotiorum. Exp Mycol 14:255-267.
• Kull, L. S. and Pedersen, W. L. 2004. Mycelial compatibility grouping and virulence of Sclerotinia sclerotiorum. Plant Dis. 88: 325-332.
• Marciano, P., Dileena, P. and Magro, P. 1983. Oxalic acid, cell wall degrading enzymes and pH in pathogenesis and their significance in the virulence of two Sclerotinia sclerotiorum isolates on sunflower. Physiol. Plant Pathol. 22: 339-345.
• Malvarez, G., Carbone, I., Grunwald, N. J., Subbarao, K. V., Schafer, M. and Kohn, L. M. 2007. New populations of Sclerotinia sclerotiorum from lettuce in California and peas and lentils in Washington. Phytopathol. 97: 470-483.
• Mert-Türk, F., Ipek, M., Mermer, D., and Nicholson, P. (2007). Microsatellite and morphological markers reveal genetic variation within a population of Sclerotinia sclerotiorum from oilseed rape in the Çanakkale Province of Turkey. Journal of Phytopathology, 155, 182–187.
• Mert-Türk, F. ve D. Mermer, “Çanakkale Örtüaltı Sclerotinia Yaygınlığının ve Miselyal Uyum Gruplarının Saptanması”. MKU Ziraat Fakültesi Dergisi, 9(1-2), 1-8, (2004).
• Onaran, A., Yanar, Y. 2007. Tokat ve Amasya Yöresinde Görülen Beyaz Çürüklük Etmeni Sclerotinia Yaygınlığı ve Miselyal Uyumluluk Gruplarının Belirlenmesi Üzerine Araştırmalar. Koruma Kongresi Bildirileri. s.283. II. Bitki
• Purdy LH. (1979) Sclerotinia sclerotiorum - history, diseases and symptomatology, host range, geographic distribution, and impact. Phytopathology 69:875- 880.
• Saitoh K, Togashi K, Arie T, Teraoka T (2006) A simple method for a mini- preparation of fungal DNA. J Gen Plant Pathol 72:348–350
• Sexton AC, BJ Howlett. (2004) Microsatellite markers reveal genetic differentiation among populations of Sclerotinia sclerotiorum from Australian canola fields. Curr Genet 46:357-365.
• Sexton AC, Whitten AR, Howlett BJ. (2006) Population structure of Sclerotinia sclerotiorum in an Australian canola field at flowering and stem infection stages of the disease cycle. Genome 49:1408–1415. C, Sirjusingh Kohn LM. (2001) Characterization of microsatellites in the sclerotiorum. Mol Ecol Notes, 1, 267– 269. Sclerotinia
• Tok, F.M., Kurt, Ş. 2007. Akdeniz Bölgesi Örtü Altı Domates Bitkilerinden Elde Edilen İzolatlarının Miselyal Uyum Grubu (MUG) ve Patojenisite Yöntemleriyle Karakterizasyonu. Türkiye II. Bitki Koruma Kongresi Bildirileri s.284.
• Tozlu, E. Demirci, E. 2008. Erzurum-Pasinler Ovası’nda ayçiçeğinde Sclerotinia sclerotiorum ve S. minor tarafından oluşturulan hastalığının yaygınlığı, etmenlerin tanılanması çeşitlerinin reaksiyonu. Bitki Koruma Bülteni, 48(4): 19-33 çürüklüğü ve hastalık etmenlerine