Şanlıurfa Yöresi Halep Keçilerinde Mitokondriyal 12S rRNA Gen Sekansına Göre Filogenetik Analizler

Year 2016, Volume: 20 Issue: 1, 39 - 45, 20.04.2016

Selahattin Kiraz

Abstract

Evcil keçiler (Capra hircus), yaklaşık 10.000 yıl önce Neolitik devirde Yakın Doğu'da evcilleştirilmiş ve bugün Dünya’nın bütün kıtalarına yayılmıştır. Keçiler, özellikle etinden ve sütünden yararlanılan önemli çiftlik hayvanlarıdır. Bu çalışmada, Şanlıurfa yöresindeki Halep keçilerinin filogenetik yapıları moleküler tekniklerle belirlenmeye çalışılmıştır. Araştırmanın hayvan materyalini, Şanlıurfa yöresinde yetiştirilen Halep keçileri oluşturmuştur. Keçilerden toplanan kan örneklerinden genomik DNA'lar izole edilmiştir. Keçilere ait 12S rRNA gen bölgeleri PCR tekniği ile çoğaltılmıştır. Keçilerde 12S rRNA gen dizilerine göre; toplam bölge sayısı, G+C oranı, polimorfik bölge sayısı, haplotip sayısı, haplotip farklılığı, nükleotid farklılığı değerleri sırasıyla, 408, 0.415, 2, 4, 0.584±0.054 ve 0.00161±0.00023 olarak bulunmuştur. Sonuç olarak, Şanlıurfa yöresi Halep keçilerinde, 12S rRNA bölgesi gen dizileri belirlenmiştir. Gen dizi bilgilerine göre keçilerde mtDNA polimorfizmi, mtDNA haplotipleri, haplotipler ve yabani keçiler arasında filogenetik ilişkiler belirlenmiştir.

Keywords

Halep keçisi; 12S rRNA geni; Filogenetik

References

• Akis, I., Oztabak, K., Mengi, A., Un, C., 2014. Mitochondrial DNA Diversity of Anatolian Indigenous Domestic Goats. Journal of Animal Breeding and Genetics, 131: 487-495.
• Amills, M., Capote, J., Tomas, A., Kelly, L., Obexer-Ruff, G., Angiolillo, A., Sanchez, A., 2004. Strong Phylogeographic Relationships among Three Goat Breeds from The Canary Islands. Journal Dairy Research, 71(3):257-262.
• Amills, M., Ramírez, O., Tomàs, A., Badaoui, B., Marmi, J., Acosta, J., Sànchez, A., Capote, J., 2009. Mitochondrial DNA Diversity and Origins of South and Central American Goats. Animal Genetics, 40(3):315-322.
• Azor, P.J., Monteagudo, L.V., Luque, M., Tejedor, M.T., Rodero, E., Sierra, I., Herrera, M., Rodero, A., Arruga, M.V., 2005. Phylogenetic Relationships Among Spanish Goats Breeds. Animal Genetics, 36(5):423-425.
• Chen, S.Y., Su, Y.H., Wu, S.F., Sha, T., Zhang, Y.P., 2005. Mitochondrial Diversity and Phylogeographic Structure of Chinese Domestic Goats. Molecular Phylogenetics and Evolution, 37(3):804-814.
• Fan, B., Chen, S.L., Kijas, J.H., Liu, B., Yu, M., Zhao, S.H., Zhu, M.J., Xiong, T.A., Li, K., 2007. Phylogenetic Relationships Among Chinese Indigenous Goat Breeds Inferred from Mitochondrial Control Region Sequence. Small Ruminant Research, 73: 262-266
• Fernández, H., Hughes, S., Vigne, J.D., Helmer, D., Hodgins, G., Miquel, C., Hänni, C., Luikart, G., Taberlet, P., 2006. Divergent mtDNA Lineages of Goats in an Early Neolithic Site, Far from the Initial Domestication Areas. Proceedings of the National Academy of Sciences, 103(42): 15375-15379.
• Joshi, M.B., Rout, P.K., Mandal, A.K., Tyler-Smith, C., Singh, L., Thangaraj, K., 2004. Phylogeography and Origin of Indian Domestic Goats. Molecular. Biology and Evolution, 21(3):454-462.
• Kaymakçı, M., Aşkın, Y., 1997. Keçi Yetiştiriciliği, Ankara.
• Kimura, M., 1980. A Simple Method for Estimating Evolutionary Rate of Base Substitutions Through Comparative Studies of Nucleotide Sequences. Journal of Molecular Evolution, 16: 111-120.
• Kiraz, S., 2009. Şanlıurfa Yöresindeki Küçükbaş Hayvanların Filogenetik Yapılarının Moleküler Tekniklerle Belirlenmesi Çalışmaları. Doktora Tezi, Harran Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Şanlıurfa, 181s.
• Kul, B.Ç., 2010. Türkiye Yerli Keçi Irklarının Mitokondrial DNA Çeşitliliği ve Filocoğrafyası. Doktora Tezi, Ankara Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Ankara.
• Librado, P., Rozas, J., 2009. DnaSP v5: A Software for Comprehensive Analysis of DNA Polymorphism Data. Bioinformatics, 25: 1451-1452.
• Liu, Y.P., Cao, S.X., Chen, S.Y., Yao, Y.G., Liu, T.Z., 2009. Genetic Diversity of Chinese Domestic Goat Based on the Mitochondrial DNA Sequence Variation. Journal of Animal Breeding and Genetics, 126(1):80-89.
• Naderi, S., Rezaei, H.R., Taberlet, P., Zundel, S., Rafat, S.A., Naghash, Hr., El-Barody, M.A., Ertugrul, O., Pompanon, F., 2007. Econogene Consortium. Large-scale Mitochondrial DNA Analysis of the Domestic Goat Reveals Six Haplogroups with High Diversity. PLoS ONE, 2(10): e1012
• Nei, M., Kumar, S., 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics, Oxford University Press, Oxford.
• Parma, P., Feligini, M., Greeppi, G., Enne, G., 2003. The Complete Nucleotide Sequence of Goat (Capra Hircus) Mitochondrial Genome. Goat Mitochondrial Genome. DNA Sequence, 14(3):199-203.
• Soysal, M.İ., Gürcan E.K., Özkan, E., 2003. Dünya’da ve Türkiye’de Çiftlik Hayvanları Genetik Çeşitliliğinin Korunması Sorunu GAP III. Tarım Kongresi, 2-3 Ekim, 615-623s, Şanlıurfa.
• Sultana, S., Mannen, H., Tsuji, S., 2003. Mitochondrial DNA Diversity of Pakistani Goats. Animal Genetics, 34(6):417-421.
• Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., Kumar, S., 2007. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) Software Version 4.0. Molecular Biology and Evolution, 24: 1596-1599.