Fırat ve Dicle Nehri’nde Yaşayan Achantobrama marmid (Heckel, 1843) Popülasyonlarında Genetik Çeşitliliğin mtDNA cyt b Gen Dizileri Kullanılarak Belirlenmesi

Year 2018, Volume: 7 Issue: 1, 74 - 78, 04.07.2018

Arif Parmaksız Arslan Altundağ

https://doi.org/10.31196/huvfd.470797

Cited By: 1

Abstract

Fırat ve
Dicle nehir sistemlerinde doğal olarak yayılış gösteren Achantobrama marmid (Heckel, 1843) insanlar tarafından tüketilen
bir balık türü olduğu için ekonomik öneme sahiptir. Bu türün yönetilmesi ve
korunması için genetik çeşitliliğinin bilinmesi gerekmektedir. Bu çalışmanın
amacı A. marmid türünün genetik
çeşitliliğinin belirlenerek yönetilmesi için gerekli bilgilerin elde
edilmesidir. Bu çalışmada, Adıyaman ve Bismil lokalitelerine ait 2
popülasyondan toplamda 42 bireyde mtDNA cyt b bölgesine ait ortalama 520 bç lik
bölge sekans analizi yapılarak genetik çeşitliliği araştırılmıştır. Bu gen
bölgesi için 4 değişken bölge ve 5
haplotip tespit edilmiş olup, H1 haplotipinin her iki lokalitede ortak
olduğu, H4 haplotipinin sadece Adıyaman’da H2, H3 ve H5 haplotiplerinin ise
sadece Bismil lokalitesinde bulundukları görülmüştür. Hem haplotip çeşitliliği hem de nükleotid çeşitliliği
bakımından Bismil popülasyonu Adıyaman popülasyonundan daha yüksek değer
almıştır. mtDNA cyt b gen bölgesi için belirlenen tüm haplotipler literatür
açısından yeni sonuçlar olup bu türün genetik çeşitliliği açısından önemli bir
veri seti oluşturmuştur.

Keywords

Achantobrama marmid, Genetik çeşitlilik, mtDNA cyt b, Fırat nehri, Dicle nehri

Determination of Genetic Diversity in Achantobrama marmid (Heckel, 1843) Populations of Euphrates and Tigris River by Using mtDNA cyt b Gene Sequences

Abstract

Acanthobrama marmid (Heckel, 1843), a natural inhabitant of the
Euphrates and Tigris Rivers, has economic importance since it is a fish species
consumed by human. Genetic variability of this species needs to be known for
management and conservation. The aim of this study was to determine the genetic
diversity of A. marmid species with
respect to mtDNA cyt b gene sequences and to obtain the information necessary
for the identification and management. The present research evaluated genetic
variability using sequence analysis of 520 bp locus on mtDNA cytochrome b (cyt
b) on 42 individuals in 2 populations from the Adıyaman and Bismil
localities. A total of 4 variable sites and 5 haplotypes were identified for
this locus. It was seen that haplotype H1 was common for both localities while
haplotype H4 was found only in Adıyaman and haplotypes H2, H3, and H5 were only
observed in Bismil. Considering both haplotype diversity and nucleotide
diversity, Bismil population had higher values than Adıyaman population. All
haplotypes detected for mtDNA cyt b gene site were new results for literature
and provided an important data set for genetic diversity of this species. 

Keywords

Acanthobrama marmid, Genetic diversity, mtDNA cyt b, Euphrates river, Tigris river

References

• Bilici S, 2013: Dicle nehrinde yaşayan Carasobarbus luteus, Capoeta trutta ve Garra variabilis türlerinin biyolojisi üzerine araştırmalar. Doktora Tezi, Dicle Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Diyarbakır.
• Çiftci Y, Okumus I, 2002: Fish population genetics and applications of molecular markers to fisheries and aquaculture: I- basic principles of fish population genetics. Turkish Journal of Fisheries and Aquatic Sciences, 2: 145-155.
• Coad BW, 2013: Freshwater fishes of Iran. Canadian museum of nature, Ottawa, Ontario, Canada.
• Çoban MZ, Yüksel F, 2013: Age and Growth properties of Acanthobrama marmid (Heckel,1843) population inhabiting Uzunçayır dam lake (Tunceli/Turkey). Journal of Animal and Veterinary Advances, 12(5): 644-649.
• Englbrecht CC, Freyhof J, Nolte A, Rassmann K, Schliewen U, Tautz D, 2000: Phylogeography of the bullhead Cottusgobio (Pisces: Teleostei: Cottidae) suggests a pre-pleistocene origin of the major central European populations. Mol. Ecol. 9, 709e722.
• Fayazi J, Moradi M, Rahimi G, Ashtyani R, Galledari H., 2006: Genetic differentiation and phylogenetic relationships among Barbus xanthopterus (Cyprinidae) populations in south west of Iran using mitochondrial DNA markers. Pakistan Journal of Biological Science,9: 2249-54.
• Konar V, Parlak AE, 2009: Fırat Nehri’nde yaşayan Acanthobrama marmid (Heckel,1843)’ün sindirim sistemi içeriği. Fırat Univ. Journal of Science, 21 (2): 157-165.
• Korkut N, 2014: Göynük Çayı’nda (Bingöl) yaşayan Capoeta trutta (Heckel, 1843) ve Acanthobrama marmid (Heckel, 1843) balık türlerinin ekto ve endoparazitlerinin araştırılması. Master tezi, Bingöl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Bingöl.
• Kumar S, Stecher G, Tamura K, 2016: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 (MEGA 7) for bigger datasets. Mol Biol Evol., 28:2731–2739.
• Özgür ME, Kaya A, Erdem D, 2008: Kemaliye’deki Karasu Nehri’nde yetişen Acanthobrama marmid (Heckel,1843)’un spermatozoit yoğunluğu ve sperm pH’sının belirlenmesi üzerine bir araştırma. 5. Geleneksel Su Ürünleri Bilimsel ve Kültürel Platformu, Erzincan, Turkey.
• Parmaksız A, Ateş B, Toprak Ş, 2016: Bazı sazan türlerinde mikrosatellit DNA markörlerinin kullanılabilirliğinin araştırılması, Harran Üniv Vet Fak Derg, 5 (1):1-4.
• Parmaksız A, Eksi E,. 2017: Genetic diversity of the cyprinid fish Capoeta trutta (Heckel, 1843) populations from Euphrates and Tigris rivers in Turkey based on mtDNA COI sequences. Indian Journal of Fisheries, 64,1, 18-22.
• Parmaksız A, 2017: Genetic variation in Cyprinion macrostomus Heckel, 1843 populations as revealed by partial COI sequences of mitochondrial DNA. Applied Ecology and Environmental Research, 16(2):1899-1907.
• Parmaksız A, Eskici HK, 2018: Genetic variation of yellow barbell (Carasobarbus luteus (Heckel, 1843)) from four populatıons using mitochondrial DNA coı gene sequences. Applied Ecology and Environmental Research, 16(2):1673-1682.
• Parmaksız A, Şeker Ö, 2018: Genetic diversity of the endemic species shabbout (Arabibarbus grypus (Heckel, 1843)) based on partial cytochrome b sequences of mitochondrial DNA. Aquatic Research, 1(3), 103-109.
• Parlak AE, 2006: Fırat Nehri’nde yaşayan tahta balığı (Acanthobrama marmid Heckel,1843)’nın sindirim sistemi içeriği. Yüksek Lisans tezi. Fırat Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Elazığ.
• Rozas J, Sanchez-DelBarrio JC, Messeguer X, Rozas R, 2003: DnaSP DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods. Bioinformatics, 19: 2496-2497.
• Saraswat D, Lakra WS, Nautiyal P, Goswami M, Shyamakant K, Malakar A, 2014: Genetic characterization of Clupisoma garua (Hamilton 1822) from six Indian populations using mtDNA cytochrome b gene. Mitochondrial DNA, 25 (1): 70-77.
• Uçkun AA, Gökçe D, 2015: Assessing age, growth, and reproduction of Alburnus mossulensis and Acanthobrama marmid (Cyprinidae) populations in Karakaya Dam Lake (Turkey) Turkish Journal of Zoology. 39: 1-14.
• Whitehead A, Anderson SL, Kuivila KM, Roach JL, May B, 2003: Genetic variation among interconnected populations of Catostomus occidentalis, implications for distinguishing impacts of contaminants from biogeographical structuring. Mol. Ecol. 12, 2817e2833.
• Xia L, Guo B, Ye Y, Li J, Wu C, 2016: Determination of genetic diversity of the cuttlefish Sepiella japonica inhabiting Chinese coastal waters using the mitochondrial D-loop region: The valuable inspiration to artificial releasing Project. Biochemical Systematics and Ecology, 69, 274e282.
• Yilmaz M, Yilmaz HR, Alas A, 2007: An electrophoretic taxonomic study on serum proteins of Acanthobrama marmid, Leuciscus cephalus and Chondrostoma regium. Journal of Bioscience, 3: 22-27.