Protein-Protein İlişkilerini Belirlemede Yeni Bir Yöntem: “Proksimiti Ligasyon Assay” (Yakınsal Bağlanma Tespiti)

Volume: 1 Number: 2 December 5, 2011
Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi Cover
Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi

Protein-Protein İlişkilerini Belirlemede Yeni Bir Yöntem: “Proksimiti Ligasyon Assay” (Yakınsal Bağlanma Tespiti)

Abstract

Amaç: Sinyal yolakları ve proteinlerin fonksiyonel olarak derinlemesine çalışılmasının gerekliliği nedeni ile, proteomiks çalışmalarında protein-protein etkileşimlerinin analizi her geçen gün daha da önemli hale gelmektedir. Proksimiti ligasyon assay, hücre ve doku kesitlerinde hücre içi proteinlerin ve protein interaksiyonlarının keşfedilmesi amacı ile kullanılan yeni bir yöntemdir. Bu çalışmada, PLA yöntemini kullanarak, WNT sinyal ileti yolağı proteinlerinden b-katenin ve Axin2 proteinlerinin etkileşimlerini bir T-hücreli akut lenfoblastik lösemi (T-ALL) hücre hattı olan Jurkat hücrelerinde göstermeyi amaçladık.

 

Gereç ve Yöntem: Jurkat hücreleri RPMI' lı besi yerinde yetiştirilip lamlara fikse edilir. Geçirgen hale getirilen hücreler blokaj aşamasından ardından birincil antikorlar ve PLA probları ile muamele edilirler. Hibridizasyon ve ligasyonunun ardından sirküle oligonükleotidler, sirküle dönen amplifikasyon (RCA) için substrat oluştururlar. RCA ürünleri Texas Red işaretli probların hibridizasyonu ile işaretlenir ve in situ PLA sinyalleri floresan mikroskobunda görüntülenir.

Bulgular: Öncelikle hücre içi b-katenin and Axin2 protein ekspresyonları belirlendi. Ardından b-katenin-Axin2 protein interaksiyon varlığı hem nükleus hem de sitoplazmada gösterildi.

Sonuç: Burada sunulan sonuçlar, in situ PLA tekniğinin, WNT yolağı üyelerinin birbirleri ile olan etkileşimlerinin hücresel boyutta tespit edilmesinde kullanılabileceğini göstermiştir. Çalışmamızda, artmış düzeyde b-katenin-Axin2 protein etkileşimini T-ALL hücre soyunda (Jurkat) gösterdik. Bu WNT sinyal yolağının T-ALL de bozulmuş regülasyonuna işaret ettiğini göz önünde bulundurursak WNT yolağı elemanları yeni tedavi protokolleri için birer hedef molekül halini alabilirler. 

Keywords

Details

Primary Language

Turkish

Subjects

-

Journal Section

-

Authors

Ola Söderberg This is me

Publication Date

December 5, 2011

Submission Date

December 5, 2011

Acceptance Date

-

Published in Issue

Year 2011 Volume: 1 Number: 2

IZ

https://izlik.org/JA78GJ93BR

Cite

RIS / Bibtex
APA
Erbilgin, Y., Hatırnaz Ng, Ö., Sayitoğlu, M., Söderberg, O., & Özbek, U. (2011). Protein-Protein İlişkilerini Belirlemede Yeni Bir Yöntem: “Proksimiti Ligasyon Assay” (Yakınsal Bağlanma Tespiti). Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, 1(2). https://izlik.org/JA78GJ93BR
AMA
1.Erbilgin Y, Hatırnaz Ng Ö, Sayitoğlu M, Söderberg O, Özbek U. Protein-Protein İlişkilerini Belirlemede Yeni Bir Yöntem: “Proksimiti Ligasyon Assay” (Yakınsal Bağlanma Tespiti). Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi. 2011;1(2). https://izlik.org/JA78GJ93BR
Chicago
Erbilgin, Yücel, Özden Hatırnaz Ng, Müge Sayitoğlu, Ola Söderberg, and Uğur Özbek. 2011. “Protein-Protein İlişkilerini Belirlemede Yeni Bir Yöntem: ‘Proksimiti Ligasyon Assay’ (Yakınsal Bağlanma Tespiti)”. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi 1 (2). https://izlik.org/JA78GJ93BR.
EndNote
Erbilgin Y, Hatırnaz Ng Ö, Sayitoğlu M, Söderberg O, Özbek U (December 1, 2011) Protein-Protein İlişkilerini Belirlemede Yeni Bir Yöntem: “Proksimiti Ligasyon Assay” (Yakınsal Bağlanma Tespiti). Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi 1 2
IEEE
[1]Y. Erbilgin, Ö. Hatırnaz Ng, M. Sayitoğlu, O. Söderberg, and U. Özbek, “Protein-Protein İlişkilerini Belirlemede Yeni Bir Yöntem: ‘Proksimiti Ligasyon Assay’ (Yakınsal Bağlanma Tespiti)”, Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, vol. 1, no. 2, Dec. 2011, [Online]. Available: https://izlik.org/JA78GJ93BR
ISNAD
Erbilgin, Yücel - Hatırnaz Ng, Özden - Sayitoğlu, Müge - Söderberg, Ola - Özbek, Uğur. “Protein-Protein İlişkilerini Belirlemede Yeni Bir Yöntem: ‘Proksimiti Ligasyon Assay’ (Yakınsal Bağlanma Tespiti)”. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi 1/2 (December 1, 2011). https://izlik.org/JA78GJ93BR.
JAMA
1.Erbilgin Y, Hatırnaz Ng Ö, Sayitoğlu M, Söderberg O, Özbek U. Protein-Protein İlişkilerini Belirlemede Yeni Bir Yöntem: “Proksimiti Ligasyon Assay” (Yakınsal Bağlanma Tespiti). Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi. 2011;1. Available at https://izlik.org/JA78GJ93BR.
MLA
Erbilgin, Yücel, et al. “Protein-Protein İlişkilerini Belirlemede Yeni Bir Yöntem: ‘Proksimiti Ligasyon Assay’ (Yakınsal Bağlanma Tespiti)”. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, vol. 1, no. 2, Dec. 2011, https://izlik.org/JA78GJ93BR.
Vancouver
1.Yücel Erbilgin, Özden Hatırnaz Ng, Müge Sayitoğlu, Ola Söderberg, Uğur Özbek. Protein-Protein İlişkilerini Belirlemede Yeni Bir Yöntem: “Proksimiti Ligasyon Assay” (Yakınsal Bağlanma Tespiti). Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi [Internet]. 2011 Dec. 1;1(2). Available from: https://izlik.org/JA78GJ93BR