Farklı Metotlar Kullanılarak Elde Edilen Aynı Miktar Bakteriyel DNA’lar Arasındaki Konsantrasyon Farklılıklarının Belirlenmesi
Abstract
Bu çalışmada kültüre alınmış olan L. garvieae izolatları aynı besiyeri (TSA) ve miktarı (20ml) ile aynı çevresel şartlarda (7,4 pH, 21oC, 24 saat) inkübe edilmiştir. İzolatların identifikasyonları Real-Time PCR ile 16S rRNA gen bölgesine spesifik primer assay ile teyit edilmiştir. 24 saatlik inkübasyon periyodunun ardından 10ml’lik TSB besiyerinde gelişen izolatlar 600 nm dalga boyunda 1.0 OD’ye eşitlenmiştir. Farklı gruplardan DNA izolasyonları; sıvı besiyerinde kaynatma, katı besiyerinde (Eşit OD) kaynatma, 2 farklı ticari kit kullanılarak manuel izolasyon ve otomatik izolasyon robotu olmak üzere toplam 5 farklı metotla gerçekleştirilmiştir. İzole edilen DNA’ların ve gerçekleştirilen Real-Time PCR işleminin ardından izolasyon robotu ile elde edilen sonuçlarda DNA kalitesinin en iyi olduğu, bunu takiben ticari kitler, sıvı besiyeri izolasyonu ve katı besiyeri izolasyonları olduğu görülmüştür. Real-Time PCR grafiğinde, çalışma grupları arasındaki tekerrürler içerisinde en büyük sapma sıvı besiyeri izolasyonu ve ticari kit izolasyonunda gözlenmiştir.
Keywords
DNA izolasyonu,spektrofotometrik ölçüm,Real-Time PCR,balık hastalıkları,L. garvieae
References
- Akyüz, B., Bayram, D., Ertuğrul, O., İşcan, K.M. (2008). Türkiye’ de yetiştirilen holstayn ve bazı yerli sığır ırklarında citrullinemia allelinin belirlenmesi. Erciyes Üniv Vet Fak Derg 5 (1), 17-20.
- Akyüz, B., Ertuğrul, O. (2008). Türkiye’de Holştayn ve yerli sığırlarda üridin monofosfat senteaz eksikliğinin (DUMPS) belirlenmesi. Ankara Üniv Vet Fak Derg, 55, 57-60.
- Austin, B., Austin, D.A. (1999). Bacterial fish pathogens: Disease in farmed and wild fish. 3rd (Revised) Edition. Praxis Publishing, Chichester, UK.
- Balcıoğlu, M.S., Sahin, E., Karabağ, K., Karslı, T., Alkan, S. (2010). Türkiye Yağlı Kuyruklu Koyun Irklarında DNA Parmak izinin RAPD-PCR Yöntemi Kullanılarak Saptanması Tarım Bilimleri Dergisi, 16, 55-61.
- Balta, F., Yılmaz, H. (2019). Kültür Levreklerinde (Dicentrarchus labrax) Vibrio parahaemolyticus Enfeksiyonu. Journal of Anatolian Environmental and Animal Sciences. 4(2), 104-110.
- Bozkaya, F. (2012). DNA İzolasyonunda Fenol-Kloroform Yerine Potasyum Asetat Kullanımının DNA Miktarı ve Kalitesi Üzerine Etkisi. Harran Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 1(2), 92-96.
- Budak-Yıldıran, F.A., Yıldız, K., Çakır, Ş., Gazyağcı, A.N. (2010). Kırıkkale bölgesinde koyun kökenli Echinococcus granulosus izolatlarının moleküler karakteri. Kafkas Univ Vet Fak Derg, 16 (2), 245-250.
- Ewers, C., Janßen, T., Kießling, S., Philipp, H.C., Wieler, L.H. (2004). Molecular epidemiology of avian pathogenic Escherichia coli (APEC) isolated from colisepticemia in poultry. Veterinary microbiology, 104, (1-2), 91-101.
- Güler, G. (2018). DNA-RNA-izolasyonu. www.fencebilim.com/biyoloji/biyoloji-sunulari/DNA-RNA-izolasyonu.pdf. Erişim tarihi: 05.03.2018. Saat: 12:26.
- Hoseinifar, S.H., Dadar, M., Khalili, M., Cerezuela, R., Esteban, M.Á. (2017). Effect of dietary supplementation of palm fruit extracts on the transcriptomes of growth, antioxidant enzyme and immune‐related genes in common carp (Cyprinus carpio) fingerlings. Aquaculture Research, 48(7), 3684-3692.
