Year 2020, Volume 10 , Issue 1, Pages 28 - 38 2020-03-01

Morphological and Molecular Characterization of Walnut Anthracnose (Ophiognomonia leptostyla) Disease in Walnut Growing Areas of Bitlis Province
Bitlis İli Ceviz Yetiştiriciliği Yapılan Tarım Alanlarında Görülen Ceviz Antraknozu (Ophiognomonia leptostyla) Hastalığının Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu

İbrahim KOÇ [1] , Ali ÇELİK [2] , Emre DEMİRER DURAK [3] , İbrahim DEMİR [4] , Serkan BAYMAN [5] , Hamit MİRTAGİOĞLU [6] , Semra DEMİR [7]


Bitlis is an important province for walnut production in Turkey. Walnut has a very high nutritional value in terms of human diets. Walnut anthracnose (Ophiognomonia leptostyla) is one of the most important fungal diseases of walnut in Turkey as in the world. In this study, the sürveys were carried out in the provinces of Bitlis (Adilcevaz, Ahlat, Güroymak, Hizan, Merkez, Mutki, and Tatvan). The symptoms were observed towards the end of June (beginning of July). According to the colonial characteristics on PDA, the pathogen was morphologically identified. In addition, ITS (Internal Transcribed Spacer) regions of the pathogen isolates were amplified and then approximately 560 bp amplicons were sequenced. The sequences of the ITS region of the isolates were subjected to “Blastn” analysis according to the reference data in the world and deposited in Genbank database with (MK685678 and MK685679) accession numbers. This is the first study of walnut anthracnose examined at the molecular level in Turkey.

Bitlis, ceviz üretiminde ülkemizde öne çıkan illerimiz arasında yer almaktadır. Ceviz insan beslenmesi açısından oldukça yüksek besin değerlerine sahiptir. Ceviz antraknozu (Ophiognomonia leptostyla) hastalığı dünyada olduğu gibi ülkemizde de cevizin en önemli fungal hastalıkları arasında yer almaktadır. Bu çalışmada Bitlis il genelinde (Adilcevaz, Ahlat, Güroymak, Hizan, Merkez, Mutki ve Tatvan) sürveyler yapılmış ve gözle görülür simptomların çıkış zamanının Haziran sonu (Temmuz başı) olduğu gözlenmiştir. Bahsi geçen ceviz üretimi yapılan alanlardan hastalık etmeninin kültür ortamına izolasyonu yapılmış olup, besi ortamında meydana getirdiği kolonial özelliklere göre hastalık etmeni morfolojik olarak doğrulanmıştır. Ayrıca gelişen kolonilerden DNA izolasyonu yapılarak etmene ait ITS (Internal Transcribed Spacer) bölgeleri PCR ile çoğaltılmıştır. PCR sonucu elde edilen yaklaşık 560 bp uzunluğundaki amplikonlar dizilenmiştir. Etmenin ITS bölgesine ait diziler diğer dünya izolatları dikkate alınarak “Blastn” analizine tabi tutulmuş ve Genbank veri tabanına erişim numaraları (MK685678 ve MK685679) altında kaydedilmiştir. Çalışma ülkemizde hastalık etmeninin moleküler düzeyde incelendiği ilk araştırma özelliğindedir.

  • Anonim, 2018a. TÜİK kayıtları, http://www.tuik.gov.tr (Erişim Tarihi: 07.02.2018).
  • Anonim, 2018b. https://www.diversityarrays.com/files/DArT_DNA_isolation.pdf (Erişim Tarihi: 07.02.2018).
  • Anonim,2019.https://adana.tarimorman.gov.tr/Belgeler/SUBELER/bitkisel_uretim_ve_bitki_sagligi_sube_mudurlugu/meyve_yetistiriciligi_ve_mucadelesi/Ceviz.pdf (Erişim Tarihi: 29.05.2019).
  • Bayazit S, Tefek H, Çalışkan O, 2016. Türkiye’de Ceviz (Juglans regia L.) Araştırmaları. Süleyman Demirel Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 11 (1): 169-179.
  • Belisario A, 2005. Aspetti Di Eziologia, Epidemiologia E Difesa Delle Principali Avversita` Patologiche Del Noce in Italia. Inf. Fitopatol. 7-8, 51–57.
  • Belisario A, Scotton M, Santori A, Onofri S, 2008. Variability in the Italian Population of Gnomonia leptostyla, Homothallism and Resistance of Juglans Species to Anthracnose. Forest Pathology, 38 (2): 129-145.
  • Belisario A, Zoina A, Forti E, Barbieri G, Valier A, 2001. Epidemiological Sürveys of Gnomonia leptostyla in Juglans Regia Hedgerow Trained Orchard. Acta Hortic. 544, 405-408.
  • Bremer H. 1954. Türkiye Fitopatolojisi. Cilt 3 Bahçe Kültürleri Hastalıkları, Çeviren: M. Özkan. Ziraat Vekaleti Neşriyat ve Haberleşme Müdürlüğü, Ankara İstiklal Matbaası, Sayı: 715.
  • Eken C, Demirci E, 1998. Erzurum İlinde Meyve Ağaçlarında Görülen Fungal Etmenler. Doğu Anadolu Tarım Kongresi, s:106-112.
  • Gallitelli D, Minafra A, 1994. Electroforesis Course on Plant Virus Diagnosis. 15-30 October 1994, Adana-Turkey, pp: 89-99.
  • Gökçe AY, Turak S, Albayrak S, Akbaş HR, 2011. Doğu Anadolu Bölgesinde Meyve Ağaçlarında Sorun Olan Fungal Etmenlerin Tespiti. Bitki Koruma Bülteni, 51 (1).
  • Hall AT, 1999. BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41: 95-98.
  • Jamshidi S, Salahi S, 2008. Growth and Sporulation of Some Gnomonia leptostyla Isolates in Various Culture Media. Agroecology Journal (Journal of New Agriculture Science). 4 (12): 1-10.
  • Jamshidi S, 2012. Phenotypic and Genotypic Traits Relationship in Iranian Ophiognomonia leptostyla Populations Using Stepwise Multiple Regression. 2nd International Conference on Chemical, Biological and Environment Sciences (ICCEBS'2012), June 30-July 1, 2012 Bali.
  • Jamshidi S, Zare R, 2012. Molecular Phylogeny of Ophiognominia leptostyla Isolates Collected from Iran Based on ITS nrDNA Sequences. International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics, 2 (6), 438.
  • Karahan A, Bostancı C, Yıldırım F, 2018. Bazı Ceviz Çeşitlerinin Antraknoz Hastalığına [Gnomonia leptostyla (Fr.) Ces. & De Not.] Duyarlılığının Belirlenmesi. Bitki Koruma Bülteni, 58 (3): 183-193.
  • Karaca İ. 1960. Gnomonıa Leptostyla (Fr.) Ces. et de Not. Mantarlarının Biyolojisi Üzerinde Bir Etüd. Bitki Koruma Bülteni, 1 (3): 3-9.
  • Neely D, Black WM, 1976. Anthracnose of Black Walnuts in the Midwest. Plant Disease Reporter, 60 (6): 519-521.
  • Oliveira I, Sous A, Ferreira ICFR, Bento A, Estevinho L, Pereira JA, 2008. Total Phenols, Antioxidant Potential and Antimicrobial Activity of Walnut (Juglans regia L.) Green Husks. Food and Chemical Toxicology, 46: 2326–2331.
  • Sogonov MV, Castlebury LA, Rossman AY, Mejía LC, White JF, 2008. Leaf-inhabiting Genera of the Gnomoniaceae, Diaporthales. Studies in Mycology, 62, 1-77.
  • Şen SM, 2011. Ceviz (4th ed.). ÜÇM yayıncılık, Samsun.
  • Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S, 2013. “MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0”. Molecular Biology and Evolution, 30 (12): 2725-2729.
  • Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG, 1997. “The CLUSTAL_X Windows Interface: Flexible Strategies for Multiple Sequence Alignment Aided by Quality Analysis Tools”. Nucleic Acids Research, 25 (24): 4876-4882.
  • Uzunok S, Kurbetli İ, 2017. Orta Anadolu Koşullarında Ceviz Antraknozu Etmeni Gnomonia leptostyla (Fr.) Ces et de Not.’nın Mücadelesine Yönelik Biyolojik Parametreler. 1. Bitki Koruma Bülteni, 57 (3): 349.
  • White TJ, Bruns T, Lee SJ, Taylor JL, 1990. Amplification and Direct Sequencing of Fungal Ribosomal RNA Genes for Phylogenetics. PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications, 18 (1): 315-322.
Primary Language tr
Subjects Agriculture
Journal Section Bitki Koruma / Plant Protection
Authors

Orcid: 0000-0003-0803-6801
Author: İbrahim KOÇ (Primary Author)
Institution: BİTLİS EREN ÜNİVERSİTESİ
Country: Turkey


Orcid: 0000-0003-0803-6801
Author: Ali ÇELİK
Institution: BOLU ABANT İZZET BAYSAL ÜNİVERSİTESİ
Country: Turkey


Orcid: 0000-0001-5757-6332
Author: Emre DEMİRER DURAK
Institution: VAN YÜZÜNCÜ YIL ÜNİVERSİTESİ
Country: Turkey


Orcid: 0000-0003-1533-556X
Author: İbrahim DEMİR
Institution: BİTLİS EREN ÜNİVERSİTESİ
Country: Turkey


Orcid: 0000-0002-4573-8688
Author: Serkan BAYMAN
Institution: DİCLE ÜNİVERSİTESİ
Country: Turkey


Orcid: 0000-0003-2952-9584
Author: Hamit MİRTAGİOĞLU
Institution: BİTLİS EREN ÜNİVERSİTESİ, FEN-EDEBİYAT FAKÜLTESİ
Country: Turkey


Orcid: 0000-0001-2345-6789
Author: Semra DEMİR
Institution: YÜZÜNCÜ YIL ÜNİVERSİTESİ
Country: Turkey


Supporting Institution BİTLİS EREN ÜNİVERSİTESİ
Project Number BEBAP 2018.01
Thanks Bu projenin yürütülmesinde desteklerini esirgemeyen Bitlis Eren Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü’ne, Bitlis Eren Üniversitesi Rektörü Sayın Prof. Dr. Erdal Necip YARDIM’a, Sayın Prof. Dr. Hamit KAVAK’a (Dicle Üniversitesi) ve Adilcevaz Tarım İlçe Müdürü Sayın Selami SAVAŞ’a teşekkür ederiz.
Dates

Application Date : July 19, 2019
Acceptance Date : September 16, 2019
Publication Date : March 1, 2020

Bibtex @research article { jist594094, journal = {Journal of the Institute of Science and Technology}, issn = {2146-0574}, eissn = {2536-4618}, address = {}, publisher = {Igdir University}, year = {2020}, volume = {10}, pages = {28 - 38}, doi = {10.21597/jist.594094}, title = {Bitlis İli Ceviz Yetiştiriciliği Yapılan Tarım Alanlarında Görülen Ceviz Antraknozu (Ophiognomonia leptostyla) Hastalığının Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu}, key = {cite}, author = {KOÇ, İbrahim and ÇELİK, Ali and DEMİRER DURAK, Emre and DEMİR, İbrahim and BAYMAN, Serkan and MİRTAGİOĞLU, Hamit and DEMİR, Semra} }
APA KOÇ, İ , ÇELİK, A , DEMİRER DURAK, E , DEMİR, İ , BAYMAN, S , MİRTAGİOĞLU, H , DEMİR, S . (2020). Bitlis İli Ceviz Yetiştiriciliği Yapılan Tarım Alanlarında Görülen Ceviz Antraknozu (Ophiognomonia leptostyla) Hastalığının Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu. Journal of the Institute of Science and Technology , 10 (1) , 28-38 . DOI: 10.21597/jist.594094
MLA KOÇ, İ , ÇELİK, A , DEMİRER DURAK, E , DEMİR, İ , BAYMAN, S , MİRTAGİOĞLU, H , DEMİR, S . "Bitlis İli Ceviz Yetiştiriciliği Yapılan Tarım Alanlarında Görülen Ceviz Antraknozu (Ophiognomonia leptostyla) Hastalığının Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu". Journal of the Institute of Science and Technology 10 (2020 ): 28-38 <https://dergipark.org.tr/en/pub/jist/issue/52503/594094>
Chicago KOÇ, İ , ÇELİK, A , DEMİRER DURAK, E , DEMİR, İ , BAYMAN, S , MİRTAGİOĞLU, H , DEMİR, S . "Bitlis İli Ceviz Yetiştiriciliği Yapılan Tarım Alanlarında Görülen Ceviz Antraknozu (Ophiognomonia leptostyla) Hastalığının Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu". Journal of the Institute of Science and Technology 10 (2020 ): 28-38
RIS TY - JOUR T1 - Bitlis İli Ceviz Yetiştiriciliği Yapılan Tarım Alanlarında Görülen Ceviz Antraknozu (Ophiognomonia leptostyla) Hastalığının Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu AU - İbrahim KOÇ , Ali ÇELİK , Emre DEMİRER DURAK , İbrahim DEMİR , Serkan BAYMAN , Hamit MİRTAGİOĞLU , Semra DEMİR Y1 - 2020 PY - 2020 N1 - doi: 10.21597/jist.594094 DO - 10.21597/jist.594094 T2 - Journal of the Institute of Science and Technology JF - Journal JO - JOR SP - 28 EP - 38 VL - 10 IS - 1 SN - 2146-0574-2536-4618 M3 - doi: 10.21597/jist.594094 UR - https://doi.org/10.21597/jist.594094 Y2 - 2019 ER -
EndNote %0 Iğdır Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi Bitlis İli Ceviz Yetiştiriciliği Yapılan Tarım Alanlarında Görülen Ceviz Antraknozu (Ophiognomonia leptostyla) Hastalığının Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu %A İbrahim KOÇ , Ali ÇELİK , Emre DEMİRER DURAK , İbrahim DEMİR , Serkan BAYMAN , Hamit MİRTAGİOĞLU , Semra DEMİR %T Bitlis İli Ceviz Yetiştiriciliği Yapılan Tarım Alanlarında Görülen Ceviz Antraknozu (Ophiognomonia leptostyla) Hastalığının Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu %D 2020 %J Journal of the Institute of Science and Technology %P 2146-0574-2536-4618 %V 10 %N 1 %R doi: 10.21597/jist.594094 %U 10.21597/jist.594094
ISNAD KOÇ, İbrahim , ÇELİK, Ali , DEMİRER DURAK, Emre , DEMİR, İbrahim , BAYMAN, Serkan , MİRTAGİOĞLU, Hamit , DEMİR, Semra . "Bitlis İli Ceviz Yetiştiriciliği Yapılan Tarım Alanlarında Görülen Ceviz Antraknozu (Ophiognomonia leptostyla) Hastalığının Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu". Journal of the Institute of Science and Technology 10 / 1 (March 2020): 28-38 . https://doi.org/10.21597/jist.594094
AMA KOÇ İ , ÇELİK A , DEMİRER DURAK E , DEMİR İ , BAYMAN S , MİRTAGİOĞLU H , DEMİR S . Bitlis İli Ceviz Yetiştiriciliği Yapılan Tarım Alanlarında Görülen Ceviz Antraknozu (Ophiognomonia leptostyla) Hastalığının Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu. Iğdır Üniv. Fen Bil Enst. Der.. 2020; 10(1): 28-38.
Vancouver KOÇ İ , ÇELİK A , DEMİRER DURAK E , DEMİR İ , BAYMAN S , MİRTAGİOĞLU H , DEMİR S . Bitlis İli Ceviz Yetiştiriciliği Yapılan Tarım Alanlarında Görülen Ceviz Antraknozu (Ophiognomonia leptostyla) Hastalığının Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu. Journal of the Institute of Science and Technology. 2020; 10(1): 38-28.