İDRAR KÜLTÜRLERİNDEN İZOLE EDİLEN ESCHERİCHİA COLİ SUŞLARININ KLİNİKTE SIKÇA KULLANILAN ANTİBİYOTİKLERE KARŞI DİRENÇ ORANLARININ ARAŞTIRILMASI

Abstract

Amaç: Bu çalışmada bölgemizde üriner enfeksiyonlara yol açan E. coli suşlarının klinikte sıkça kullanılan antibiyotiklere karşı direnç oranlarının tespit edilmesi ve bu bulguların ampirik antibiyotik tedavisinde yol gösterici olması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntemler: Çalışmada Kırıkkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarında Haziran 2022-Haziran 2023 tarihleri arasında ayaktan hastalardan alınan idrar kültürlerinden izole edilen E. coli suşları’nın antibiyotik duyarlılıkları BD Phoenix™ M50 bakteri identifikasyon ve antibiyotik duyarlılık testi otomatize sistemle çalışılmıştır. Bulgular: Çalışmaya toplam 335’i kadın 99’u erkek hastadan izole edilmiş 434 E. coli suşu dahil edilmiştir. 434 suşun 43’ünün (%9.9) de genişlemiş spektrumlu beta-laktamazlar ürettiği tespit edilmiştir. E. Coli suşlarına karşı en yüksek direnç oranları florokinolonlar ve üçüncü kuşak sefalosporinlere karşı saptanırken en düşük direnç oranları karbapenem, amikasin, fosfomisin ve nitrofurantoine karşı saptanmıştır. Sonuç: Çalışmada elde edilen direnç oranları göz önüne alındığında basit sistiti olan hastaların ampirik ayaktan tedavileri için bölgemizde fosfomisin, nitrofurantoin ve TMP- SXT uygun tedavi seçenekleri olarak görülmektedir. Yüksek direnç oranları nedeniyle ampirik florokinolon kullanımından kaçınılmalıdır. Genişlemiş spektrumlu beta-laktamazlar üreten suşların tedavisinde de karbapenemler ve amikasin uygun tedavi seçenekleri olarak görülmektedir.

Keywords

• Escherichia coli
• genişlemiş spektrumlu beta-laktamazlar
• duyarlılık

Investigation of Resistance Rates of Escherichia Coli Strains Isolated From Urine Cultures to Antibiotics Frequently Used in Clinics

Abstract

Objective: In this study, it was aimed to determine the resistance rates of E. coli strains that cause urinary infections in our region against commonly used antibiotics in the clinic and to guide these findings in empirical antibiotic therapy. Material and Methods: In the study, antibiotic susceptibility of E. coli strains isolated from urine cultures obtained from outpatients between June 2022 and June 2023 in the Infectious Diseases and Clinical Microbiology Laboratory of Kırıkkale University Medical Faculty Hospital was studied with BD Phoenix™ M50 automated system. Results: A total of 434 E. coli strains isolated from 335 female and 99 male patients were included in the study. It was determined that 43 (9.9%) of 434 strains produced extended spectrum beta-lactamases. The highest resistance rates against E. coli strains were determined against fluoroquinolones and third-generation cephalosporins, while the lowest resistance rates were determined against carbapenems, amikacin, fosfomycin and nitrofurantoin. Conclusion: Considering the resistance rates obtained in the study, fosfomycin, nitrofurantoin and TMP-SXT are seen as suitable treatment options in our region for the empirical outpatient treatment of patients with simple cystitis. Empirical use of fluoroquinolones should be avoided due to high rates of resistance. Carbapenems and amikacin are also seen as suitable treatment options in the treatment of extended spectrum beta- lactamases producing strains.

Keywords

• Escherichia coli
• extended spectrum beta-lactamases
• sensitivity

References

1. Kaye KS, Gupta V, Mulgirigama A, et al. Antimicrobial resistance trends in urine escherichia coli isolates from adult and adolescent females in the united states from 2011 to 2019: Rising ESBL strains and impact on patient management. Clin Infect Dis. 2021;73(11):1992-1999.
2. Medina M, Castillo-Pino E. An introduction to the epidemiology and burden of urinary tract infections. Ther Adv Urol. 2019;11:1756287219832172.
3. Foxman B. Urinary tract infection syndromes: Occurrence, recurrence, bacteriology, risk factors, and disease burden. Infect Dis Clin North Am. 2014;28(1):1- 13.
4. Sanchez GV, Master RN, Karlowsky JA, Bordon JM. In vitro antimicrobial resistance of urinary Escherichia coli isolates among U.S. outpatients from 2000 to 2010. Antimicrob Agents Chemother. 2012;56(4):2181-2183.
5. Critchley IA, Cotroneo N, Pucci MJ, Jain A, Mendes RE. Resistance among urinary tract pathogens collected in Europe during 2018. J Glob Antimicrob Resist. 2020;23:439-444.
6. Centers for Disease Control and Prevention. Antibiotic resistance threats in the United States. Atlanta, GA: U.S. Department of Health and Human Services, CDC, 2019.
7. Frazee BW, Trivedi T, Montgomery M, Petrovic DF, Yamaji R, Riley L. Emergency department urinary tract infections caused by extended-spectrum β-lactamase- producing enterobacteriaceae: Many patients have no identifiable risk factor and discordant empiric therapy is common. Ann Emerg Med. 2018;72(4):449-456.
8. Simmering JE, Tang F, Cavanaugh JE, Polgreen LA, Polgreen PM. The Increase in hospitalizations for urinary tract infections and the associated costs in the United States, 1998-2011. Open Forum Infect Dis. 2017;4(1):ofw281.

9. Gupta K, Hooton TM, Naber KG, et al. International clinical practice guidelines for the treatment of acute uncomplicated cystitis and pyelonephritis in women: A 2010 update by the Infectious Diseases Society of America and the European Society for Microbiology and Infectious Diseases. Clin Infect Dis. 2011;52(5):e103-120.
10. Sobel JD, Kaye D. Urinary Tract Infections. In: Mandell GL, Bennett JE, Dolin R, eds. Principles and Practice of Infectious Diseases. 7th ed. Philadelphia. Churchill Livingstone, 2010:957-983.
11. Avcıoğlu F, Behçet M. Üriner sistem enfeksiyonu etkeni Escherichia coli izolatlarının çeşitli antibiyotiklere direnç oranlarının değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyol Cemiy Derg. 2020;50(3):172-177.
12. Gül S, Ecemiş E, Kaçmaz B, Kaygusuz S, Ayaşlıoğlu E, Kılıç D. İdrar kültürlerinden izole edilen bakteriler ve antibiyotik duyarlılıkları. Kırıkkale Üni Tıp Derg. 2014;16(3):17-21.
13. Tekin A, Deveci Ö, Dal T ve ark. Üropatojen Escherichia coli izolatlarına fosfomisin ve bazı antibiyotiklerin in vitro etkinliği. Ankem Derg. 2012;26(2):61-68.
14. Duran H, Çeçen N, Atik T. İdrar kültüründen izole edilen Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae suşlarının antibiyotik direnç oranları: Dört yıllık analiz. ANKEM Dergisi 2020;34(2):41-47.
15. Arman D, Agalar C, Dizbay M, et al. Birinci basamak sağlık merkezlerinde toplum kökenli alt üriner sistem enfeksiyonları: Etkenler ve antimikrobiyal duyarlılıkları. Mediterr J Infect Microb Antimicrob. 2012;1:10.
16. Terek EG, Başoğlu TM. Bir üniversite hastanesine gönderilen idrar kültürlerinde üreyen izolatların dağılımı ve antimikrobiyal duyarlılık profilinin incelenmesi. Ege Tıp Derg. 2013;52(3):136-140.
17. Yılmaz R, Karaaslan E, Özçetin M, Arslan B, Kılınç M, Kazancı NÖ. Çocuklarda idrar yolları enfeksiyonu etkenleri ve antibiyotik duyarlılıkları. Çağdaş Tıp Derg. 2012;2(1):17-21.
18. Deveci Ö, Yula E, Tekin A. İdrar kültürlerinden izole edilen Escherichia coli suşlarında beta-laktamaz sıklığı ve antibiyotik direnci. Klinik ve Deneysel Araştırmalar Derg. 2010;1(3):182-186.
19. Gupta K. Acute simple cystitits in females. https://www.uptodate.com/contents/acute-simple-cystitis- in-females#H899949163. Erişim tarihi:4.07.2023
20. Aktar GS, Ayaydın Z, Onur AR, Vural DG, Temiz H. Resistance rates against various antimicrobials in Escherichia coli strains isolated from urine samples. Kocaeli Med J. 2018;7(1):8-13.
21. Aşgın N, Kal Çakmaklıoğulları E. Karabük ilinde toplum kökenli pediatrik üriner sistem enfeksiyonlarından izole edilen E. coli suşlarının in-vitro antibiyotik direnç profili. J Contemp Med. 2017;7(3):241-245.
22. Çoban B, Ülkü N, Kaplan H, Topal B, Erdoğan H, Baskın E. Çocuklarda idrar yolu enfeksiyonu etkenleri ve antibiyotik dirençlerinin beş yıllık değerlendirmesi. Turk Ped Arş. 2014;49(2):124-129.
23. Karamanlıoğlu D, Yıldız PA, Kaya M, Sarı N. İdrar kültürlerinden izole edilen enterik bakterilerde genişlemiş spektrumlu β-laktamaz oluşturma sıklığı ve antibiyotik duyarlılıkları. Klimik Derg. 2019;32(3):233-239.
24. Kömürlüoğlu A, Aykaç K, Özsürekçi Y, ve ark. Gram negatif idrar yolu enfeksiyonu etkenlerinin antibiyotik direnç dağılımı: Tek merkez deneyimi. Türkiye Çocuk Hast Derg. 2018;12(1):10-17.
25. Temoçin F, Köse H. Poliklinik hastalarının idrar kültürlerinden izole edilen Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae suşlarının genişlemiş spektrumlu betalaktamaz üretim oranları ve antibiyotik duyarlılıklarının değerlendirilmesi. ANKEM Derg. 2018;32(3):79-86.
26. Paterson DL. "Collateral damage" from cephalosporin or quinolone antibiotic therapy. Clin Infect Dis. 2004;38 Suppl 4:S341-5.
27. Ho PL, Yip KS, Chow KH, Lo JY, Que TL, Yuen KY. Antimicrobial resistance among uropathogens that cause acute uncomplicated cystitis in women in Hong Kong: A prospective multicenter study in 2006 to 2008. Diagn Microbiol Infect Dis. 2010;66(1):87-93.
28. Tursun S, Arslan Z, Alpcan A, Gül S, Kandur Y. Clinical patterns and seasonal distribution of urinary tract infection caused by extended-spectrum beta-lactamase-producing bacteria in children. Flora. 2021;26(1):183-188.