Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Asetil Koenzim A Dehidrogenaz Geni (g.2885C>A) Polimorfizminin ARMS-PCR Yöntemiyle Belirlenmesi

Year 2019, Volume: 59 Issue: 1, 25 - 29, 02.07.2019

Taki Karslı

Abstract

Asetil koenzim A dehidrogenaz (ACADVL) uzun zincirli yağ asitlerinin oksidasyonunda ve enerji salınımında önemli rol oynayan bir proteindir. Sığırlarda 19. kromozom üzerinde bulunan ACADVL geni üzerindeki bir SNP’in (g.2885C>A; Pro236Thr) bazı büyüme özellikleri (göğüs genişliği, göğüs derinliği ve sağrı genişliği) ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. Bu gen için AA genotipli bireyler AC ve CC genotiplilere göre daha üstün büyüme özelliklerine sahiptir. Bu çalışmada Türkiye’ de yetiştirilen Siyah Alaca (SA), Yerli Kara (YK), Boz (BI) ve Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK) sığır ırklarında ACADVL (g.2885C>A) geni üzerinde bulunan polimorfizmin ARMS-PCR yöntemiyle belirlenmesi hedeflenmiştir. Çalışmada SA (64 örnek), YK (54 örnek), BI (48 örnek) ve DAK (44 örnek) sığır ırklarına ait toplam 210 örnek incelenmiştir. ARMS-PCR analizleri sonucunda ACADVL (g.2885C>A) geni için Siyah Alaca ırkı monomorfik (CC-307-152 bç) bulunurken BI, DAK ve YK sığır ırkları polimorfik (AC: 307-211-152 bç ve CC: 307-152 bç) bulunmuştur. AC genotipinin frekansı BI, DAK ve YK sığır ırklarında sırasıyla 0.063, 0.045, 0.093 olarak hesaplanırken, CC genotipinin frekansı sırasıyla 0.937, 0.955 ve 0.907 olarak hesaplanmıştır. Yapılan bu çalışma ile SA, BI, DAK ve YK sığır ırklarında ACADVL genindeki polimorfizmler ilk defa gösterilmiştir. Çalışılan sığır ırklarında AA genotipi tespit edilememiştir.

Keywords

ACADVL geni, ARMS-PCR, polimorfizm

References

• 1. Elmacı C, Öner Y (2007): Et Sığırcılığında Moleküler Genetik Yaklaşımlar. Hayvansal Üretim, 48(2): 45-48.
• 2. Gen M, Ahmed HI (2018): Amplification Refractory Mutation System (ARMS). http://grcpk.com/wp-content/uploads/ 2014/10/7.-ARMS.pdf [Son Erişim Tarihi: 02.09.2018]
• 3. Ghanem ME, Akita M, Suzuki T, Kasuga A, Nishibori M (2008): Complex vertebral malformation in Holstein cows in Japan and its inheritance to crossbred F1 generation. Animal Reproduction Science, 103: 348-354.
• 4. Hartl DL, Clark AG (1989): Principles of Population Genetics. Second Edition. Sinauer Associates, Inc., Sunderland, Massachusetts, pp.37
• 5. Karslı T, Balcıoğlu MS, Demir E, Fidan HG, Aslan M, Aktan S, Kamanlı S, Karabag K, Sahin E (2017): Ankara Tavukçuluk Araştırma Enstitüsü’nde Yetiştirilen Yumurtacı Saf Tavuk Hatlarında Yumurta Verimi ile İlişkili IGF-I ve NPY Aday Genlerindeki Polimorfizmlerin Belirlenmesi. Türk Tarım – Gıda Bilim ve Teknoloji Dergisi, 5(9): 1051-1056.
• 6. Medrano RFV, Oliveira CA (2014): Guidelines for the Tetra-Primer ARMS–PCR technique development. Molecular Biotechnology, 56: 599-608.
• 7. Miller S, Dykes D, Plesky HA (1988): Simple salting out procedure for extracting DNA from human cells. Nucleic Acids Research, 16: 1215
• 8. Nei M (1987): Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University Press. New York
• 9. Redshaw C, Stewart C (2014): Anesthetic gents in patients with very long-chain acyl-coenzyme A dehydrogenase deficiency: a literature review. Paediatric Anaesthesia, 24: 1115-1119.
• 10. Rothchild MF, Plastow GS (2014): Applications of genomics to improve livestock in the developing world. Livestock Science, 166: 76-83.
• 11. Singh U, Deb R, Alyethodi RR, Alex R, Kumar S, Chakraborty S, Dhama K, Sharma A (2014): Molecular markers and their applications in cattle genetic research: A review. Biomarkers and Genomic Medicine, 6: 49-58.
• 12. Sun W, Chen H, Lei C, Lei X, Zhang Y (2007): Study on population genetic characteristics of Qinchuan cows using microsatellite markers. Journal of Genetics and Genomics, 34(1): 17-25.
• 13. Waldron S, Jimin W, Huijie Z, Xiaoxia D, Mingli W (2015): The Chinese Beef Cattle Industry. ss:1-31. Regional Workshop on Beef markets and trade in Southeast Asian and China, 30 Kasım-3 Aralık 2015, Ben Tre, Vietnam.
• 14. Wang C, Liu M, Li Q, Ju Z, Huang J, Li J, Wang H, Zhong J (2011) Three novel single-nucleotide polymorphisms of MBL1 gene in Chinese native cattle and their associations with milk performance traits. Veterinary Immunology and Immunopathology, 139: 229– 236.
• 15. Yeh FC, Yang RC, Boyle TBJ, Ye ZH, Mao JX. 1997. “POPGENE, The user-friendly shareware for population genetic analysis”. Molecular Biology and Biotechnology Centre, University of Alberta, Canada.
• 16. Zhang S, Dang Y, Qingfeng Z, Qiaomei Q, Lei C, Chen H, Lan X (2015): Tetra-primer amplification refractory mutation system PCR (T-ARMS-PCR) rapidly identified a critical missense mutation (P236T) of bovine ACADVL gene affecting growth traits. Gene, 559: 184-188.