Identification of Candida albicans strains using Molecular Methods

Abstract

İnvaziv mantar hastalıklarının etkenlerinin tanımlanmasında direkt mikroskobik inceleme ve kültür halen altın standart yöntemleridir fakat mantar türleri açısından zor uygulanabilir olmalarından dolayı daha hassas olan moleküler genetik yöntemler tercih edilmektedir. Bu nedenle çalışmamızda moleküler yöntemler kullanılarak etkenin orijini/fungus genotipini tanımlamak amaçlanmıştır. Bakırköy Dr. Sadi Konuk Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde yatan veya polikliniklere başvuran 0 ile 78 yaş arasındaki hastalardan kan, idrar, balgam, diş, ağız içi ve vajen olmak üzere 150 klinik örnek değerlendirmeye alınmıştır. Kontrol suşları olarak Candida albicans ATCC 90028, Candida krusei ATCC 6258 suşları kullanılmıştır. Çalışmamızda ARG4 primerinin Candida dubliniensis tür tayinin yapılmasında oldukça önemli seçici bir markır olduğu kanıtlanmıştır. Candida albicans’ın virulens etkisini tanımlamak için HIS1-2 primeri ile amplifikasyon sağlanmıştır. Candida genotipleri içerisinde Candida albicans ATCC 90028, Candida krusei ATCC 6258 ve diğer suşlar arasında önemli bir fark gözlenmemiş, sadece bir tane örneğin Candida dubliniensis olma ihtimalinin düşünülmesiyle p< 0,05 olarak tanımlanmıştır.

Keywords

• Candida albicans strains, Bakırköy Dr. Sadi Konuk Education and Research Hospital, genotyping, molecular genetics

Candida albicans suşlarının Moleküler Yöntemler Kullanılarak Tanımlanması

Abstract

İnvaziv mantar hastalıklarına sebep olan türlerin tanımlanmasında direkt mikroskobik inceleme ve kültüre alma metotları halen oldukça kullanışlı olmasına rağmen uygulamada zorluklar içerirler. Günümüzde, direkt mikroskobik inceleme ve kültüre alma metotlarının yerine mantar türlerinin tanımlanmasında kesin sonuçlar veren moleküler genetik metotlar kullanılmaktadır. Bu nedenle bu çalışmada bir mantar türü olan Candida albicans suşlarının genotiplerinin belirlenmesinde mikrobiyolojik ve moleküler genetik metotlar birlikte kullanılmıştır. Çalışmada, Bakırköy Dr. Sadi Konuk Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde, 0 ile 78 yaş arasındaki yatan hastalardan 150 klinik örnek (kan, idrar, balgam ve diş, ağız içi ve vajinal mukozalar) alınmıştır. Kontrol türleri olarak Candida albicans ATCC 90028, Candida krusei ATCC 6258 ve Candida parapsilosis ATCC 22019 kullanılmıştır. Çalışmanın sonuçları, ARG4 primerinin Candida dubliniensis’in tanımlanmasında önemli olduğu ispatlanmıştır. Candida albicans’ın virulens suşlarını tanımlamak için HIS1-2 primeri amplifikasyonlarda kullanılmıştır. C. albicans ATCC 90028 ve diğer C. albicans suşları arasında bir fark gözlenmemiştir. Sadece bir tane örneğin C. dubliniensis olma ihtimalinden dolayı p< 0.05 olarak gösterilmiştir

Keywords

• Candida albicans suşları, Bakırköy Dr. Sadi Konuk Eğitim ve Araştırma Hastanesi, genotipleme, moleküler genetik

References

1. Richardson M, Elewski B. Superficial Fungal Infections. Medicine 2000; 33: 89 – 90.
2. Işık N. Mantarlara Ait DNA Eldesinde İki Farklı Ekstraksiyon Yönteminin Karşılaştırılması ve Sekans Analizlerinin Değerlendirilmesi. Türk Mikrobiyol Cem Derg 2003; 33: 66-70.
3. Buke Ç. Yoğun Bakım Birimlerinde Mantar İnfeksiyonları Epidemiyolojisi ve Risk Faktörleri. Klinik Derg 2007; 29-30.
4. Gloria Molero G, Diez-Orejas R, Navarro-García F Monteoliva L Pla J Gil C et al. Candida albicans: genetics, dimorphism and pathogenicity. Internatıonal Mıcrobıol 1998; 1: 95–106.
5. Mayer F, Wilson D, Hube B. Candida albicans pathogenicity mechanisms. Virulence 2013; 119-128.
6. Storma L, Lauscha K, Arendrupb M, Mortensena K, Petersena E. Vertebral infection with Candida albicans failing caspofungin and fluconazole combination therapy but successfully treated with high dose liposomal amphotericin B and flucytosine. Medical Mycology Case Reports 2014; 6: 6–9.
7. Atalay MA, Koç AN, Sav H, Demir G. Yatan hastaların idrar kültürlerinden izole edilen Candida türleri ve antifungal duyarlılıkları. Turk Hij Den Biyol Derg 2013; 70(4): 185-90.
8. Kauffman CA, Vazquez JA, Sobel JD, Gallis HA, McKinsey DS, Karchmer AW et. al. Prospective multicenter surveillance study of funguria in hospitalized patients, The National Institute for Allergy and Infectious Diseases (NIAID) Mycoses Study Group. Clin Infect Dis 2000; 30(1): 14-8.

9. Güler S, Ural O, Fındık D, Aslan U. Risk factors for nosocomial candiduria. Saudi Med J 2006; 27(11): 1706-10.
10. Eldesouky İ, Mohammed N, Khalaf D, Salama A, Elsifty A, Ombarak R et al. Candida Mastitis in Dairy Cattle with Molecular Detection of Candida albicans. Kafkas Univ Vet Fak Derg 2016; 22 (3): 461-464.