Antibiotic Susceptibility of Escherichia coli Strains Isolated From Urine Cultures in Karabuk Province and Surrounding Region

Year 2020, Volume: 5 Issue: 1, 17 - 24, 31.03.2020

Cüneyt Kuru Elçin Kal Çakmaklıoğulları

https://doi.org/10.26453/otjhs.530372

Abstract

Objective: Urinary tract infections (UTI) are the most common bacterial infections and Escherichia coli (E.coli) is the most isolated pathogen from UTI. In this study we aimed to evaluate antibiotic susceptibility profiles of E.coli strains isolated from urine cultures and to determine appropriate alternatives of empirical treatment in our region.

Materials and Methods: In this study 21448 urine cultures of the patients who admitted to various departments between April 2016 and December 2017 were evaluated retrospectively. Automated system Phoenix™ (Becton Dickinson Diagnostics, USA) was used for identification and antibiotic susceptibility testing of bacteria obtained from urine cultures.

Results: A total of 2265 E.coli strains were identified belonging to 1875 outpatients and 390inpatients. Antibiotic sensitivity rates were detected for E. coli isolated from outpatients as 99.2% to amikacin, 98.4% to imipenem, 97.6% to nitrofurantoin, 97.3% to meropenem, 96.8% to fosfomycin and 84.4% to gentamicin; from inpatients as 99.1% to amikacin, 96.6% to imipenem, 96.5% to fosfomycin, 95.7% to nitrofurantoin, 93.1% to meropenem and 82.2% to gentamicin.

Conclusion: Regional antibiotic resistance monitoring is essential in order to guide empirical therapy. Thus, thetreatment of the patients will be done effectively and the loss of time and cost resulting from inappropriate empirical treatment will be prevented. In our study, we found that amikacin, gentamicin, imipenem, meropenem, nitrofurantoin and fosfomycin should be preferred for empirical treatment of urinary tract infections in our region.

Keywords

Escherichia coli, Urine culture, Urinary tract infection, Empirical therapy

Karabük İli ve Çevresinde İdrar Kültürlerinden İzole Edilen Escherichia coli Suşlarının Antibiyotik Duyarlılıkları

Abstract

Amaç:Üriner sistem enfeksiyonları (ÜSE)
bakteriyel enfeksiyonlar arasında en yaygın olanıdır ve bu enfeksiyonlarda en
sık izole edilen etken Escherichia coli (E.coli)’dir. Biz bu çalışmada, idrar
kültüründe E.coli üreyen suşların antibiyotik duayarlılıklarını değerlendirerek
bölgemiz için uygun ampirik tedavi seçeneklerini saptamayı amaçladık.

Materyal ve
Metot: Bu
çalışmada Nisan 2016 - Aralık 2017 tarihleri arasında çeşitli poliklinik ve
servislerden gön¬derilen 21488 idrar kültürü retrospektif olarak incelendi.
İdrar kültürlerinden izole edilen bakterilerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılık
testleri için Phoenix ™ (Becton Dickinson Diagnostics, ABD) otomatize sistem
kullanıldı. 1875 poliklinik ve 390 servis
hastasından toplam 2265 E.coli suşu izole edildi. 

Bulgular: Poliklinik hastalarından izole edilen suşların amikasine
%99,2, imipeneme %98.4, nitrofurantoine %97,6, meropeneme %97,3, fosfomisine
%96,8 ve gentamisine %84,4; servis hastalarından izole edilenlerin ise
amikasine %99,1, imipeneme %96,6, fosfomisine %96,5, nitrofurantoine %95,7,
meropeneme %93,1 ve gentamisine %82,2 oranında duyarlı oldukları saptandı.

Sonuç: Bölgesel antibiyotik direnç oranlarının izlenmesi ampirik
tedaviye yön vermek açısından gereklidir. Böylece hem hastanın tedavisi etkin
bir şekilde yapılacak hem de uygun olmayan ampirik tedaviden kaynaklanan zaman
ve maliyet kaybının önüne geçilmiş olacaktır. Çalışmamızda bulduğumuz sonuçlara
göre amikasin, gentamisin, imipenem, meropenem, nitrofurantoin ve fosfomisinin
bölgemizdeki üriner sistem enfeksiyonlarının ampirik tedavisinde öncelikle
tercih edilmesi gerektiği kanaatindeyiz.

Keywords

Escherichia coli, idrar kültürü, üriner sistem enfeksiyonu, ampirik tedavi

References

• 1. Doğru A, Karatoka B. The resistance rates of urinary tract infections: Our data from year 2010. Turkish journal of urology. 2013;39(4):237-243.
• 2. Çalışkan E, Dede A. Ayaktan başvuran hastalarda üriner sistem infeksiyonuna neden olan Esherichia coli ve Klebsiella spp. suşlarının çeşitli antibiyotiklere direnç oranlarının ve genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz varlığının değerlendirilmesi. ANKEM Derg. 2015;29(2):47-53.
• 3. Schito GC, Naber KG, Botto H et al. The ARESC study: an international survey on the antimicrobial resistance of pathogens involved in uncomplicated urinary tract infections. International journal of antimicrobial agents. 2009;34(5):407-413.
• 4. Wagenlehner FM, Wullt B. Antimicrobials in urogenital infections. International journal of antimicrobial agents. 2011;38S:3-10.
• 5. Aykan ŞB, Ciftci İH. Türkiye’de İdrar Kültürlerinden İzole Edilen Escherichia coli Suşlarının Antibiyotiklere Direnç Durumu: Bir Meta-Analiz. Mikrobiyol Bul. 2013;47(4): 603-618.
• 6. Hoban DJ, Nicolle LE. Antimicrobial susceptibility of global inpatient urinary tract isolates of Escherichia coli: results from the Study for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends (SMART) program: 2009–2010. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 2011; 70(4):507–511.
• 7. Alos JI, Serrano MG. Antibiotic resistance of Escherichia coli from community-acquired urinary tract infections in relation to demographic and clinical data. Clin Microbiol Infect. 2005;11:199-203.
• 8. The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters. Version 6.0;2016.
• 9. Allocati N, Masulli M. Escherichia coli in Europe: An Overview. Int J Environ Res Public Health. 2013;10(12):6235-6254.
• 10. Rosenberg M. Pharmacoeconomics of treating uncomplicated urinary tract infections. Int J Antimicrob Agents.1999;11:247–251.
• 11. Demirtürk N, Demirdal T. İdrar örneklerinden izole edilen bakterilerin antibiyotiklere duyarlılıkları. Türk Mikrobiyol Cem Derg. 2005;35:103-106.
• 12. Eroğlu M, Koçoğlu E. Toplum kaynaklı erişkin üriner sistem enfeksiyonlarında izole edilen Enterobactericeae türlerinin bazı antibiyotiklere duyarlılıkları: geriye dönük çalışma. Türk Üroloji Derg. 2007;33(1):100-103.
• 13. Kibar F, Yaman A. İdrar örneklerinden izole edilen bakteriler ve antibiyotiklere duyarlılıkları. Türk Mikrobiyol Cem Derg. 2004;34:162-170.
• 14. Aşgın N, Cakmaklıoğulları EK. In-vitro antibiotic resistance profile of E.coli strains isolated from community- acquired paediatric urinary tract infections in Karabuk province. J Contemp Med. 2017;7(3):241-245.
• 15. Tosun Aİ, Demirci M, Yılmaz M ve ark. İdrar yolu infeksiyonlarından izole edilen Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae suşlarının antimikrobiyal direnç oranları. ANKEM Derg. 2016;30(1):1-6.
• 16. Gupta K, Hooton TM, Naber K et al. International clinical practice guidelines for the treatment of acute uncomplicated cystitis and pyelonephritis in women: a 2010 update by the Infectious Diseases Society of America and the European Society for Microbiology and Infectious Diseases. Clin Infect Dis. 2011;52(5):103-120.
• 17. Falagas ME, Giannopoulou KP. Fosfomycin: use beyond urinary tract and gastrointestinal infections. Clin Infect Dis. 2008;46(7):1069-1077.
• 18. Yaşar KK, Pehlivanoğlu F. Alternatif tedavi seçeneği olarak fosfomisinin komplike üriner sistem infeksiyonlarından izole edilen GSBL pozitif Escherichia coli suşlarına etkinliği. ANKEM Derg. 2011;25(1):12-16.
• 19. Deveci Ö, Yula E. Üriner sistem infeksiyonlarından izole edilen Escherichia coli suşlarına fosfomisin trometamolün ve bazı antibiyotiklerin in-vitro etkinliği. Dicle Tıp Derg. 2011;38 (3):298-300.
• 20. Duman Y, Güçlüer N. Escherichia coli suşlarında antimikrobiyal duyarlılık ve genişlemiş spektrumlu-betalaktamaz (GSBL) varlığı. Fırat Tıp Derg. 2010;15(4):197-200.
• 21. Bayram Y, Eren H. İdrar örneklerinden izole edilen bakteriyel patojenlerin dağılımı ve GSBL pozitif ve negatif Escherichia coli suşlarının fosfomisin ve diğer antimikrobiyallere duyarlılık paterni. ANKEM Derg. 2011;25(4):232-236.
• 22. Topçu AW, Söyletir G, Doğanay M. Enfeksiyon Hastalıkları ve Mikrobiyolojisi 3.Baskı. Nobel Tıp Kitabevleri; 2008:1487-1488.
• 23. Mengeloğlu FZ, Demircan F. İdrar kültürlerinden soyutlanan Escherichia coli izolatlarının fosfomisine karşı in-vitro duyarlılıklarının değerlendirilmesi. ANKEM Derg. 2011;25(2):99-102.
• 24. Afşar İ, Gönül B. Escherichia coli’nin klinik izolatlarının fosfomisin trometamol ve diğer antibiyotiklere in-vitro duyarlılığı. ANKEM Derg. 2005;19(2):77-79.