Comparison of the compliances of semi-automated BBL Crystal, automated VITEK, API Rapid ID 32 Strep and API 20 Strep identification systems in the identification of clinical enterococcus isolates

Abstract

Aim: Enterococci which are part of the normal flora of the human gastrointestinal and genitourinary tracts, are being considered as important agents of nosocomial infections, mainly because of their increasing resistance rates to antimicrobial agents and their capability of acquiring and exchanging new resistance mechanisms. Identification of Enterococcus spp. at the species level is of great importance, for appropriate treatment of patients and infection control management. The aim of this study was to evaluate the compliances of BBL Crystal, VITEK, API Rapid ID 32 Strep and API 20 Strep identification systems in the identification of clinical enterococcus isolates. Materials and Methods: A total of 52 enterococci isolated from blood cultures of different patients were identified by API Rapid ID 32 Strep, API 20 Strep, VITEK and BBL Crystal identification systems according to manufacturers' instructions. Identified Enterococcus species, identification levels and compliances of the identification systems with each other were evaluated. Results: All (100%), 44 (84.6%),39 (75%) and 33 (63.5%) of 52 strains were identified to species level with an identification level of good, very good or excellent, respectively with BBL Crystal, VITEK, Rapid ID 32 Strep and API 20 Strep systems. While there were no unidentified strain with BBL Crystal, and API 20 Strep, one and two strains were unidentified with VITEK and Rapid ID 32 systems, respectively. The highest compliance rate (92.3%) was detected between BBL Crystal and VITEK systems and the compliance rates of API 20 Strep with other systems were detected to be lower. Conclusion: It has been determined that identification levels and compliances of BBL Crystal and VITEK systems were higher and identification results of API 20 Strep system displayed not only low identification levels but also the lowest compliance rates with other identification systems.

Keywords

• Enterococcus species identification
• BBL Crystal
• VITEK
• API Rapid ID 32 Strep
• API 20 Strep

Klinik enterokok izolatlarının tür düzeyinde tanımlanmasında yarı otomatize BBL Crystal, otomatize VITEK, API Rapid ID 32 Strep ve API 20 Strep tanımlama sistemlerinin uyumlarının karşılaştırılması

Abstract

Amaç: İnsan gastrointestinal ve genitoüriner sistem floralarının doğal elemanı olan enterokoklar, çeşitli antibiyotiklere artan direnç oranları göstermeleri ve yeni direnç mekanizmalarını kazanma ve aktarma yetenekleri nedeniyle nozokomiyal enfeksiyonların önemli sebepleri olarak değerlendirilmektedirler. Enterokokların tür düzeyinde tanımlanması hastaların uygun tedavisi ve enfeksiyon kontrolü açısından önemlidir. Bu çalışmada, klinik örneklerden izole edilen enterokokların tanımlanmasında, BBL Crystal, VITEK, API Rapid ID 32 Strep ve API 20 Strep tanımlama sistemlerinin uyumlarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Her biri farklı hastaya ait kan kültürü örneklerinden izole edilmiş 52 enterokok izolatının API Rapid ID 32 Strep, API 20 Strep, VITEK ve BBL Crystal tanımlama sistemleri ile üretici firmaların önerileri doğrultusunda tanımlanmaları yapıldı. Belirlenen Enterococcus türleri, tanımlama düzeyleri ve kullanılan yöntemlerin Enterococcus türlerini tanımlamada birbirleriyle olan uyumları değerlendirildi. Bulgular: BBL Crystal ile 52 suşun tamamı (%100), VITEK ile 44'ü (%84.6), Rapid ID 32 Strep ile 39'u (%75), API 20 Strep ile 33'ü (%63.5) iyi, çok iyi ya da mükemmel düzeyde tanımlanmıştır. BBL Crystal ve API 20 Strep sistemi ile tanımlanamayan izolat bulunmazken VITEK ile bir, Rapid ID 32 sistemi ile iki izolat tür düzeyinde tanımlanamamıştır. Tanımlama sistemleri arasında en yüksek uyum oranı (%92.3) BBL Crystal ve VITEK sistemleri arasında elde edilmiş, API 20 Strep sistemi ile diğer sistemler arasındaki uyum oranlarının daha düşük olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: BBL Crystal ve VITEK sistemleri ile tanımlama düzeylerinin ve bu sistemlerin birbiriyle uyumunun daha yüksek olduğu ve API 20 Strep sisteminin tanımlama sonuçlarının düşük tanımlama düzeyleri yanında diğer sistemlerle en düşük uyum oranları gösteren sonuçlar verdiği belirlenmiştir.

Keywords

• Enterococcus tür tanımlanması
• BBL Crystal
• VITEK
• API Rapid ID 32 Strep
• API 20 Strep

References

1. Koneman EW, Allen SD, Janda WM, Schreckenberger PC, Winn WC (eds). The gram-positive cocci: Part II: Streptococci, Enterococci, and the “Streptococcus-like” bacteria. Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology. 6th ed. Lippincott-Raven, Philadelphia; 2006: 674-745.
2. Fisher K, Phillips C. The ecology, epidemiology and virulence of Enterococcus. Microbiology 2009; 155(6): 1749- 1757.
3. Gazi H, Kurutepe S, Sürücüoğlu S, Ecemiş T, Özbakkaloğlu B. Hastane kökenli Enterococcus faecalis ve Enterococcus faecium suşlarında antimikrobiyal direnç, ANKEM Derg 2004; 18(1): 49-52.
4. Kılıç A. Bakteriyoloji: Enterokok ve Diğer Gram pozitif koklar. Çeviri Editörü: Başustaoğlu AC. Tıbbi Mikrobiyoloji. 6. Baskı. Bölüm 5/23. Atlas Kitapçılık Ankara; 2010: 243- 246.
5. Facklam RR, Collins MD. Identification of Enterococcus species isolated from human infections by a conventional test scheme. J Clin Microbiol 1989; 27(4): 731-734.
6. Aksakoğlu G. Araştırmada elde edilen hızlar. Sağlıkta araştırma teknikleri ve analiz yöntemleri. 5. Bölüm. D.E.Ü. Rektörlük Matbaası, İzmir; 2001: 89-90.
7. Hayran O. İki gruptan elde edilen verilerin analizi için önemlilik testleri. Sağlık bilimlerinde araştırma ve istatistik yöntemler. 10. Bölüm. Nobel Tıp Kitabevleri, İstanbul; 2012: 94-96.
8. Hamilton-Miller JM, Shah S. Identification of clinically isolated vancomycin-resistant enterococci: comparison of API and BBL Crystal systems. J Med Microbiol 1999; 48(7): 695-696.

9. Bascomb S, Manafi M. Use of enzyme tests in characterization and identification of aerobic and facultatively anaerobic gram positive cocci. Clin Microbiol Rev 1998; 11: 318-340.
10. Freney J, Bland S, Etienne J, Desmonceaux M, Boeufgras JM, Fleurette J. Description and evaluation of the semiautomated 4-hour rapid ID 32 Strep method for identification of streptococci and members of related genera. J Clin Microbiol. 1992; 30: 2657-2661.
11. Eisner A, Gorkiewicz G, Feierl G, Leitner E, Köfer J, Kessler HH, Marth E. Identification of glycopeptide-resistant enterococci by VITEK 2 system and conventional and real- time polymerase chain reaction. Diagn Microbiol Infect Dis 2005; 53(1): 17-21.
12. Cekin Y, Ozhak Baysan B, Mutlu D,Özen NS, Öngüt G, Dönmez L, Öğünç D, Çolak D. Comparison of Phoenix Automated System, API ID 32 Strep System and LightCycler Enterococcus MGRADE System in the Identification of Clinical Enterococcus Isolates. Mikrobiyol Bul 2013; 47(1): 141-146.
13. Fang H, Ohlsson AK, Ullberg M, Ozenci V. Evaluation of species-specific PCR, Bruker MS, VITEK MS and the VITEK 2 system for the identification of clinical Enterococcus isolates. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2012; 31(11): 3073- 3077.
14. Jin WY, Jang SJ, Lee MJ, Park G, Kim MJ, Kook JK, Kim DM, Moon DS, Park YJ. Evaluation of VITEK 2, MicroScan, and Phoenix for identification of clinical isolates and reference strains. Diagn Microbiol Infect Dis 2011; 70(4): 442–447