ANTIBIOTIC RESISTANCE RATES OF BACTERIA ISOLATED FROM ENDOTRACHEAL ASPIRATE SAMPLES OF INTENSIVE CARE UNIT PATIENTS

Abstract

Objective Nosocomial infections are among the important causes of mortality and morbidity in hospitalized patients. Infections seen in intensive care units (ICUs) constitute 25% of nosocomial infections, and respiratory system infections are the most common among them. The pathogens isolated from these infections and antibiotic resistance of them may differ amonghospitals, as well as within the same unit over time. Endotracheal aspirate (ETA) cultures is the most widely used microbiological diagnosis method in respiratory tract sampling all over the world. In this study, it was aimed to retrospectively investigate bacterial agents and antibiotic resistance rates isolated from ETA samples of patients in the ICU of Süleyman Demirel University. Material and Method Bacterial agentsisolated from ETA samples of ICU patients between January 2018 and January 2021 and antibiotic susceptibility test (ADT) results of these agents were obtained retrospectively from the hospital database. Sensitivity results were evaluated in accordance with the recommendations of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) and, when needed, the Clinical & Laboratory Standards Institute (CLSI). Repeated growths from the cultures of the same patient were not evaluated. Results During the evaluated period, a total of 458 (44.4%) bacteria were isolated from 1031 ETA samples, of which 413(90.2%) were gram negative and 45(9.8%) were gram positive. Acinetobacter baumannii (43.9%) was the most common gram-negative bacterium and Staphylococcus aureus (5.9%) was the most common gram-positive bacterium. It was determined that the isolated A. baumannii strains showed high resistance to many antibiotics in all years, and the highest resistance was detected against the carbapenem group with a rate of 96.6%. Extended-spectrum betalactamase (ESBL) positivity was detected in 48.1% of Escherichia coli strains and 70.8% of Klebsiella pneumoniae strains. In our study, Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) was detected at a rate of 20.7%, and methicillin-resistant Coagulasenegative Staphylococci (CNS) was detected at a rate of 76.9%. Conclusion The specific feature of infections occuring in patients hospitalized in the ICU is that antibiotic resistant pathogens are often the cause. Identification of the causative agent of the infection, determination of the antibiotic resistance profile will guide the antibiotic selection and will contribute to the prevention of inappropriate antibiotic use in the ICU and to reduce the resistance rates.

Keywords

• Endotracheal aspirate
• Intensive care unit
• Antibiotic resistance

YOĞUN BAKIM ÜNİTESİNDE YATAN HASTALARIN ENDOTRAKEAL ASPİRAT ÖRNEKLERİNDEN İZOLE EDİLEN BAKTERİLERİN ANTİBİYOTİK DİRENÇ ORANLARI

Abstract

Amaç Nozokomiyal enfeksiyonlar hastanede yatan hastaların önemli mortalite ve morbidite nedenleri arasında yer almaktadır. Yoğun bakım ünite (YBÜ)’lerinde görülen enfeksiyonlar nozokomiyal enfeksiyonların %25’ini oluşturmakta, bunların içerisinde en sık solunum sistemi enfeksiyonları bildirilmektedir. Bu enfeksiyonlardan izole edilen etkenler ve antibiyotik direnç durumları hastaneler arasında farklılıklar gösterebileceği gibi aynı ünite içinde de zamanla değişiklikler görülebilmektedir. Endotrakeal aspirat (ETA) kültürleri, tüm dünyada solunum yolu örneklemesinde en yaygın kullanılan mikrobiyolojik tanı yöntemi olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada Süleyman Demirel Üniversitesi YBÜ’sindeki hastaların ETA örneklerinden izole edilen bakteriyel etkenler ve antibiyotik direnç oranlarının retrospektif olarak araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem Ocak 2018- Ocak 2021 tarihleri arasında YBÜ’deki hastaların ETA örneklerinden izole edilen bakteriyel etkenler ve bu etkenlerin antibiyotik duyarlılık testleri (ADT) hastane veri tabanından retrospektrif olarak elde edildi. Duyarlılık sonuçları European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) ve gerektiğinde Clinical & Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda değerlendirildi. Aynı hastaya ait tekrarlayan üremeler değerlendirme dışı bırakıldı. Bulgular Değerlendirilen süre zarfında 1031 adet ETA örneğinden 413’ü (%90,2) gram negatif, 45’i (%9,8) gram pozitif olmak üzere toplam 458 (%44,4) bakteri izole edildi. Gram negatif bakterilerden en sık Acinetobacter baumannii (%43,9), gram pozitif etkenlerden en sık Staphylococcus aureus (%5,9) tespit edildi. İzole edilen A. baumannii suşlarınının tüm yıllarda birçok antibiyotiğe yüksek direnç gösterdiği tespit edilmiş olup, en yüksek direnç %96,6 oranıyla karbapenem grubuna karşı saptandı. Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) pozitifliği Escherichia coli suşlarında %48,1; Klebsiella pneumoniae suşlarındaysa %70,8 oranlarında tespit edildi. Çalışmamızda Metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) %20,7, metisiline dirençli Koagülaz negatif Stafilokok (KNS), %76,9 oranında tespit edildi. Sonuç YBÜ’sinde yatan hastalarda gelişen enfeksiyonların belirgin özelliği sıklıkla antibiyotiklere dirençli patojenlerin etken olmasıdır. Enfeksiyona neden olan etkenin tanımlanması, antibiyotik direnç profilinin belirlenmesi antibiyotik seçimine yön verecek ve YBÜ’deki uygunsuz antibiyotik kullanımının önüne geçilmesine ve direnç oranlarını azaltmaya katkı sağlayacaktır.

Keywords

• Endotrakeal aspirat
• Yoğun bakım ünitesi
• Antibiyotik direnci

References

1. 1. Digiovine B, Chenoweth C, Watts C, Higgins M. The attributable mortality and costs of primary nosocomial bloodstream infections in the intensive care unit. Am J Respir Crit Care Med. 1999 Sep; 160(3): 976-81.
2. 2. Fridkin SK, Welbel SF, Weinstein RA. Magnitude and prevention of nosocomial infections in the intensive care unit. Infect Dis Clin North Am 1997; 11: 479-96.
3. 3. Göktaş U, Yaman G, Karahocagil MK ve ark. Anestezi yoğun bakım ünitesinde hastane infeksiyonu etkenleri ve direnç profilinin değerlendirilmesi, Yoğun Bakım Derg 2010;8(1):13-7.
4. 4. Kollef MH, Burnham CD. Ventilator-associated pneumonia: the role of emerging diagnostic technologies. Semin Respir Crit Care Med. 2017; 38(3): 253-63.
5. 5. Yılmaz N, Köse Ş, Ağuş N, Ece G, Akkoçlu G, Kıraklı C. Yoğun bakım ünitesinde yatan hastaların kan kültürlerinde üreyen mikroorganizmalar, antibiyotik duyaklılıkları ve nozokomiyal bakteriyemi etkenleri. ANKEM Derg 2010; 24:12-9.
6. 6. Çetin ES, Aynalı A, Demirci S, Aşçı S, Arıdoğan BC. Nöroloji yoğun bakım ünitesinde yatan hastalardan izole edilen hastane infeksiyonu etkenleri, Ankara Üniv Tıp Fak Mecm 2009;62(1):13-7.
7. 7. Spencer RC. Epidemiology of infection in ICUs. Intensive Care Med 1994; 20: 2-6.
8. 8. KLİMUD. Tıbbi Mikrobiyoloji Uzmanları için Klinik Örnekten Sonuç Raporuna Uygulama rehberi; solunum sistemi örnekleri [Internet]. Kasım 2015 [Cited 01 January 2021] Available from: https://www.klimud.org/public/uploads/files/solunum-sistemi- ornekleri.pdf

9. 9. EUCAST. Breakpoint tables for 2020. European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing [Internet]. 01 Ocak 2020 [Cited 01 January 2021] Available from: https://www.eucast. org/clinical_breakpoints/
10. 10. CLSI. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing M100- Ed30. Clinical and Laboratory Standards Institute [Internet]. 22 Ocak 2020 [Cited 01 January 2021] Available from: https://clsi.org/standards/products/free-resources/ access-our-free-resources/
11. 11. Zer Y, Bayram A, Balcı İ. Yoğun bakım ünitesinde yatan hastalara ait trakeal aspirasyon örneklerinden en sık izole edilen bakteriler ve çeşitli antibiyotiklere direnç durumları. İnfeksiyon Dergisi 2001; 15(3): 307-310.
12. 12. Özden M, Demirdağ K, Kalkan A, Kılıç SS. Yoğun bakım ünitelerinde izlenen ve hastane infeksiyonu gelişen olgulardan izole edilen bakterilerin sıklığı ve antibiyotiklere karşı direnç durumları. İnfeksiyon Dergisi 2003; 17(2): 179-83.
13. 13. Çolpan A, Güngör Ş, Baykam N, Dokuzoğuz B: Yoğun bakım ünitelerinden izole edilen Acinetobacter suşlarının antibiyotik direnç durumlarının araştırılması, İnfek Derg 2002; 16 (1): 55-8.
14. 14. Gözütok F, Mutlu Sarıgüzel F, Çelik İ, Berk E, Aydın B. Hastane infeksiyonu etkeni A. baumannii suşlarının antimikrobiyal direnç oranlarının araştırılması. Ankem Derg. 2013; 27(1): 7-12.
15. 15. Çakır Edis E, Çağlar T, Otkun M, Gürcan Ş, Hatipoğlu ON, Erkan T. Hastane kökenli pnömonilerde sorumlu etkenler ve antimikrobial direnç değişimi, İnfeksiyon Derg 2006;20(2):107-10.
16. 16. Ok G, Gazi H, Tok D, Erbüyün K. Celal Bayar Üniversitesi anestezi yoğun bakım ünitesi’nde hastane infeksiyonlarının sürveyansı, Yoğun Bakım Derg 2007;7(4):452-7
17. 17. Kiremitçi A, Durmaz G, Akgün Y, Kiraz N, Aybey A, Yelken B. Anestezi yoğun bakım ünitesinde çeşitli klinik örneklerden üretilen mikroorganizmalar ve antibiyotik direnç profilleri: 2003 yılı verileri, İnfeksiyon Derg 2006;20(1):37-40.
18. 18. Sesli Çetin E, Kaya S, Pakbaş İ, Demirci M. Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalardan izole edilen mikroorganizmalar ve antibiyotik duyarlılıkları. İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi 2007; 14(2): 69-73.
19. 19. Günseren F, Mamıkoğlu L, Öztürk S et al. A surveillance study of antimicrobial resistance of gramnegative bacteria isolated from intensive care units in eight hospitals in Turkey, J Antimicrob Chemother 1999;43(3):373-8.
20. 20. Çaylan R, Üstünakın M, Kadımov V, Aydın K, Köksal İ. Fekal ve klinik örneklerden izole edilen enterokok suşlarının antibiyotiklere duyarlılıkları, Türk Mikrobiyol Cem Derg 2004;34(1):24-8.
21. 21. Küçükbayrak A, Özdemir D, Şencan İ, Yavuz T, Behçet M, Erdoğan S. AİBÜ Düzce Tıp Fakültesi Hastanesi’nde yoğun bakım enfeksiyonları: 2003 yılı sonuçları, Düzce Tıp Fak Derg 2004;3(1):15-9.