BibTex RIS Cite

Comparison of Rifampicin Drug Susceptibility Determined by Conventional Culture Method and Pcr-Heteroduplex Analysis in Mycobacterium Tuberculosis Strains

Year 2003, Volume: 10 Issue: 3, - , 01.06.2003

Güven Uraz Hülya Şimşek

Abstract

Resistance of Mycobacterium tuberculosis (MTB) to antituberculous drugs has been threatening the public-health grossly. Recently, because of high-level of resistance to rifampicin in MTB, treatment is becoming impossible. In this study, 127 rifampicin resistant and 33 rifampicin susceptible strains were randomly chosen from tuberculosis culture-positive isolates, isolated in the laboratory of the Ataturk Chest Diseases and Chest Surgery Center in Ankara, Turkey, over a 2-year period (1997 to 1998). Clinical samples collected from patients with suspected tuberculosis were studied for acid-fast bacilli stain (AFBS) and cultured for detecting MTB. PCR was used to amplify genetic loci associated with rifampicin resistance. The amplified 305-bp fragment of the rpoB gene was applied to Heteroduplex assay for rapid detection of rifampicin resistance phenotype in MTB. The 127 rifampicinresistant and 33 rifampicin-susceptible isolates, selected according to conventional culture method, were tested again by PCR-Heteroduplex analysis. According to PCR-Heteroduplex analysis, 105 isolates of 160 M. tuberculosis were rifampicin resistant, 55 strains were rifampicin susceptible. Of 127 rifampicin-resistant isolates detected by conventional culture method, 101 had concordance with Heteroduplex analysis, whereas 26 isolates did not. While 4 strains were detected as rifampicin susceptible by conventional culture technique, they were rifampicin resistant by Heteroduplex analysis. It is thought that there might be a mutation out of fragment amplified, in 26 strains which were not observed as rifampicin resistant by Heteroduplex analysis; or a mistake in the result of resistance defined by classic culture method. In conclusion, however, PCR-Heteroduplex analysis is a rapid and reliable method to detect rifampicin resistance, although it is a relatively expensive technique. Key words: M. tuberculosis, Rifampicin Resistance, PCR-Heteroduplex Analysis, Proportional Method.

Keywords

M. tuberculosis Rifampicin Resistance PCR-Heteroduplex Analysis Proportional Method.

Mycobacterium tuberculosis Suşlarında Klasik Kültür Metodu Ve Pcr-Heteroduplex Analizi İle Saptanan Rifampisin İlaç Duyarlılığının Karşılaştırılması

Year 2003, Volume: 10 Issue: 3, - , 01.06.2003

Güven Uraz Hülya Şimşek

Abstract

Mycobacterium tuberculosis'in (MTB) antitüberküloz ilaçlara karşı direnç geliştirmesi büyük ölçüde halk sağlığını tehdit etmektedir. Son zamanlarda, MTB'deki rifampisin direncinin yüksek seviyede olması nedeniyle, tedavisi zorlaşmaktadır. Bu çalışmada, yaklaşık 2 yıl boyunca (1997-1998) Ankara, Atatürk Göğüs Hastalıkları ve Göğüs Cerrahisi Merkezi laboratuvarından izole edilen, kültürü pozitif izolatlardan 127 rifampisin dirençli ve 33 rifampisin duyarlı suşlar rasgele seçilmiştir. Tüberkülozdan şüphelenilen hastalardan toplanan klinik örneklerden asido resistan basil (ARB)çalışılmıştır ve MTB saptamak için kültüre alınmıştır. Rifampisin direnciyle ilgili gen bölgesini çoğaltmak için PCR kullanılmıştır. rpoB geninin çoğaltılan 305 baz çiftlik parçası için MTB'deki rifampisin direnç fenotipini hızlı saptamak amacıyla Heterodupleks analizi uygulanmıştır. Klasik kültür yöntemine göre seçilmiş 127 rifampisin dirençli ve 33 rifampisin duyarlı izolatlar tekrar PCR-Heterodupleks analizi ile test edilmişlerdir. PCR-Heterodupleks analizine göre 160 M. tuberculosis suşlarından 105'i rifampisin dirençli ve 55 suş ise rifampisin duyarlı bulunmuştur. Klasik kültür metoduyla saptanan 127 rifampisin dirençli izolattan 101'i Heterodupleks analizi ile uyumluydu, fakat 26 izolat uyum göstermemiştir. Dört suş klasik kültür yöntemiyle rifampisine duyarlı olarak saptandığı halde, heterodupleks analizi ile rifampisine dirençli bulunmuşlardır. Heterodupleks analizi ile rifampisin dirençli olarak gözlenmeyen 26 suşta çoğaltılan parçanın dışında bir mutasyon, yada klasik kültür metodu ile saptanan direnç sonuçlarında bir hata olabileceği düşünülmüştür. Sonuç olarak, yine de PCR-Heterodupleks analizi nispeten pahalı bir teknik olmasına rağmen, rifampisin direncini saptamak için hızlı ve güvenli bir metottur. Anahtar kelimeler: M. tuberculosis, Rifampisin Direnci, PCR-Heteroduplex Analizi, Klasik Kültür Metodu

Keywords

M. tuberculosis Rifampisin Direnci PCR-Heteroduplex Analizi Klasik Kültür Metodu

There are 0 citations in total.

Details

Primary Language Turkish
Journal Section Articles
Authors

Güven Uraz This is me

Hülya Şimşek This is me

Publication Date June 1, 2003
Published in Issue Year 2003 Volume: 10 Issue: 3

Cite

APA Uraz, G., & Şimşek, H. (2003). Mycobacterium tuberculosis Suşlarında Klasik Kültür Metodu Ve Pcr-Heteroduplex Analizi İle Saptanan Rifampisin İlaç Duyarlılığının Karşılaştırılması. Journal of Turgut Ozal Medical Center, 10(3).
AMA Uraz G, Şimşek H. Mycobacterium tuberculosis Suşlarında Klasik Kültür Metodu Ve Pcr-Heteroduplex Analizi İle Saptanan Rifampisin İlaç Duyarlılığının Karşılaştırılması. J Turgut Ozal Med Cent. June 2003;10(3).
Chicago Uraz, Güven, and Hülya Şimşek. “Mycobacterium Tuberculosis Suşlarında Klasik Kültür Metodu Ve Pcr-Heteroduplex Analizi İle Saptanan Rifampisin İlaç Duyarlılığının Karşılaştırılması”. Journal of Turgut Ozal Medical Center 10, no. 3 (June 2003).
EndNote Uraz G, Şimşek H (June 1, 2003) Mycobacterium tuberculosis Suşlarında Klasik Kültür Metodu Ve Pcr-Heteroduplex Analizi İle Saptanan Rifampisin İlaç Duyarlılığının Karşılaştırılması. Journal of Turgut Ozal Medical Center 10 3
IEEE G. Uraz and H. Şimşek, “Mycobacterium tuberculosis Suşlarında Klasik Kültür Metodu Ve Pcr-Heteroduplex Analizi İle Saptanan Rifampisin İlaç Duyarlılığının Karşılaştırılması”, J Turgut Ozal Med Cent, vol. 10, no. 3, 2003.
ISNAD Uraz, Güven - Şimşek, Hülya. “Mycobacterium Tuberculosis Suşlarında Klasik Kültür Metodu Ve Pcr-Heteroduplex Analizi İle Saptanan Rifampisin İlaç Duyarlılığının Karşılaştırılması”. Journal of Turgut Ozal Medical Center 10/3 (June 2003).
JAMA Uraz G, Şimşek H. Mycobacterium tuberculosis Suşlarında Klasik Kültür Metodu Ve Pcr-Heteroduplex Analizi İle Saptanan Rifampisin İlaç Duyarlılığının Karşılaştırılması. J Turgut Ozal Med Cent. 2003;10.
MLA Uraz, Güven and Hülya Şimşek. “Mycobacterium Tuberculosis Suşlarında Klasik Kültür Metodu Ve Pcr-Heteroduplex Analizi İle Saptanan Rifampisin İlaç Duyarlılığının Karşılaştırılması”. Journal of Turgut Ozal Medical Center, vol. 10, no. 3, 2003.
Vancouver Uraz G, Şimşek H. Mycobacterium tuberculosis Suşlarında Klasik Kültür Metodu Ve Pcr-Heteroduplex Analizi İle Saptanan Rifampisin İlaç Duyarlılığının Karşılaştırılması. J Turgut Ozal Med Cent. 2003;10(3).