Çanakkale ve Tekirdağ İlleri Kanola Üretim Alanlarında Önemli Virüs Hastalıklarının Tanılanması ve Karakterizasyonu

Year 2020, Volume: 57 Issue: 1, 53 - 62, 31.03.2020

Ali Karanfil Savas Korkmaz

https://doi.org/10.20289/zfdergi.589422

Cited By: 2

Abstract

Amaç:
Bu çalışma Çanakkale ve Tekirdağ illeri kanola üretim alanlarındaki bazı virüs
hastalıklarının tespiti ve moleküler karakterizasyonu amacı ile yürütülmüştür.

Materyal
ve Metot: Kanola bitkileri görsel olarak incelenmiş, virüs ve virüs-benzeri
simptom gösteren bitkilerden örnekler toplanmıştır. Toplanan örnekler turnip
mosaic virus (TuMV), cucumber mosaic virus (CMV) ve cauliflower mosaic virus (CaMV)'ün
varlığının belirlenmesi amacı ile DAS-ELISA ile testlenmiştir. Enfekteli
bulunanlar içerisinden her bir virüs için 2 izolat seçilerek RT-PCR ile
istenilen gen bölgeleri çoğaltılmış, klonlanmış ve sekanslanmıştır. Elde edilen
sekans dizileri kullanılarak çoklu dizi ve filogenetik analizler
gerçekleştirilmiştir.

Bulgular:
Testlemeler sonucunda 16 örnek TuMV ile 3 örnek ise CMV ile enfekteli olarak
bulunmuştur. Bir örnekte ise CMV ve TuMV karışık enfeksiyonu tespit edilmiştir.
Toplanan örneklerin hiçbirisinde CaMV enfeksiyonuna rastlanılmamıştır. İzolatların
moleküler karakterizasyonları sonucunda TuMV izolatlarının dünya izolatları ile
%78-94 ve 88-98, CMV izolatlarının ise %75-98 ve 80-100 oranında sırası ile nt
ve aa düzeyinde benzerlikler gösterdiği tespit edilmiştir. Filogenetik
analizler sonucunda ise TuMV izolatlarının Asian BR ve CMV izolatlarının ise IA
gruplarında yer aldığı belirlenmiştir.

Sonuç: Gerçekleştirilen bu çalışma ile kanola üretim
alanlarında TuMV ve CMV enfeksiyonu tespit edilerek, moleküler olarak
karakterize edilmiştir.

Keywords

Benzerlik, Filogenetik, Klonlama, RT-PCR

Supporting Institution

Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimi

Project Number

FBA-2017-1146

Thanks

Bu çalışma Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimince Desteklenmiştir. Proje Numarası: FBA-2017-1146.

References

• Anonim 2018. Türkiye İstatistik Kurumu. https://biruni.tuik.gov.tr/bitkiselapp/bitkisel.zul (Erişim tarihi: 10.12.2018).
• Blanc S, Hebrard E, Drucker M, Froissart R. 2001. Moleculer basis of vector transmission cauliflower mosaic virus Cabb-S strainand S Delta II hybridbytwospecies of aphid: Myzus persicae (sulzer) and Brevicoryne brassicae (L.). Res Virol, 141: 677-683.
• Cheng RH, Olson NH, Baker TS. 1992. Cauliflower Mosaic Virus: A 420 subunit (T=7), multi layer structure. Virology, 186: 655-668.
• Clark MF, Adams AN. 1977. Characteristics of the Microplate Method of Enzyme-Linked Immuno Sorbent Assay for the Detection of Plant Viruses. J Gen Virol, 34(3): 475-483.
• Coutts BA, Jones RAC. 2000. Viruses Infecting Canola (Brassica napus) in South-West Australia: Incidence, Distribution, Spread and Infection Reservoir in Wild Radish (Raphanus raphinistrum). Aust J Agric Res, 51: 925-936.
• Çevik B, Pappu SS, Pappu HR, Benscher D, Lee RF, Futch SH, Rucks P, Niblett CL. 1995. Molecular Cloning and Sequencing of Coat Protein Genes of Citrus tristeza virus Isolated from Meyer Lemon and Homely Tangor Trees in Florida. International Organization of Citrus Virologists Conference Proceedings, 13: 47-53.
• Ebrahim-Ghomi M. 2014. Study on Distribution and Detection of Cauliflower mosaic virus (CaMV) in Dezful Regionof Iran. Int J Biosci, 4(11): 271-275.
• Erkan S, Gümüş M, Paylan İC, Duman İ, Ergün M. 2013. İzmir ili ve çevresindeki bazı kışlık sebzelerde görülen viral etmenlerin saptanması. Ege Üniv Ziraat Fak Derg, 50: 311-322.
• Farzadfar S, Pourrrahim R. 2014. Characterization of Turnip mosaic virus from the Asian-BR Population in Iran. J Phytopathol, 162: 824–828.
• Goheen AC. 1988. Diseases caused by virus and virus–like agents. (Compendium of Canola Diseases, American Phytopathological Society, USA: Ed. Pearson RC, Goheen AC) 47-49.
• Günay S. 2008. Türkiye’de Enerji Tarımı Amacıyla Ayçiçeği, Kanola ve Soya Fasulyesinin Yetiştirilmesi. Doğu Coğrafya Dergisi, 13(20): 163-182.
• Jiang B, Hong N, Wang GP, Hu J, Zhang JK, Wang CX, Liu Y, Fan XD. 2008. Characterization of Citrus tristeza virus Strains from Southern China Based on Analysis of Restriction Patterns and Sequences of Their Coat Protein Genes. Virus Genes, 37(2): 185-92.
• Kadıoğlu İ, Uluğ E, Üremiş İ. 1995. Çukurova'da Kanola (Brassica napus L. var oleifera D.C.) Ekim Alanlarındaki Yabancıotlar ve Mücadelesi. Bitki Koruma Bülteni, 35(2): 113-127.
• Karanfil A, Korkmaz S. 2017. Detection and molecular characterization of Cucumber mosaic virus (CMV) infection on canola grown in Çanakkale, Turkey. 2nd International Balkan Agriculture Congress. 16-18 May, Tekirdağ.
• Karanfil A, Soylu B, Korkmaz S. 2016. Çanakkale ili ve ilçelerindeki soğanlı süs bitkilerinde hıyar mozaik virüsü enfeksiyonunun serolojik ve moleküler yöntemler ile araştırılması. Trak Univ Journal of Nat Sci, 17: 105-110.
• Karanfil A, Korkmaz S 2016. Çanakkale ili kanola (Brassica napus L.) üretim alanlarında şalgam mozaik virüsü (turnip mosaic virus; TuMV) enfeksiyonunun tanılanması ve karakterizasyonu. Bitki Koruma Bülteni, 56(2): 185-197.
• Kennedy JS, Day MF, Eastop VF 1962. A conspectus of aphids as vectors of plant viruses, Common Wealth Institute of Entomol London, The Eastern Press Ltd, London, 114p.
• Korkmaz S, Onder S, Tomitaka Y, Ohshima K 2007. First report of turnip mosaic virus on brassicaceae crops in Turkey. Plant Pathol, 56: 720-720.
• Korkmaz S, Tomitaka Y, Onder S, Ohshima K 2008. Occurrence and Molecular characterization of Turkish isolates of turnip mosaic virus. Plant Pathology, 57(6): 1155-1162.
• Kumar S, Stecher G, Tamura K 2016. MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology and Evolution, 33(7): 1870-1874.
• Li R, Mock R, Huang Q, Abad J, Hartung J, Kinard G 2008. A reliable and inexpensive method of nucleic acid extraction for the PCR-based detection of diverse plant pathogens. J Virol Methods, 154: 48–55.
• Muhire BM, Varsani A, Martin DP 2014. SDT: A virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PLoS One, 9: 0108277.
• Nguyen HD, Tomitaka Y, Ho SYW, Duchene S, Vetten HJ, Lesemann D, Walsh JA, Gibbs AJ, Ohshima K 2013b. Turnip mosaic potyvirus probably first spread to Eurasian brassica crops from wild orchids about 1000 years ago. PLoS One, 8: e55336.
• Nooh S 2012. An overview of oilseed rape (canola) virus diseases in Iran. Int J Microbiol, 3: 24-28.
• Ohshima K, Yamaguchi Y, Hirota R, Hamamoto T, Tomimura K, Tan ZY, Sano T, Azuhata F, Walsh JA, Fletcher J, Chen JS, Gera A, Gibbs A. 2002. Molecular evolution of turnip mosaic virus: Evidence of host adaptation, genetic recombination and geographical spread. J Gen Virol, 83: 1511-21.
• Ohshima K., Matsumoto K., Yasaka R., Nishiyama M., Soejima K., Korkmaz S., Ho S.Y.W., Gibbs A.J. and Takeshita M. 2016. Temporal analysis of reassortment and molecular evolution of cucumber mosaic virus: Extra clues from its segmented genome. Virology, 487: 188–197.
• Palacios I, Drucker M, Blanc S, Leite S, Moreno A. 2002. Cauliflower mosaic virus is preferentially acquired from the phloem by its aphid vectors. J Gen Virol, 83: 3163-3171.
• Palukaitis P, Garcia-Arenal. F 2003. Cucumoviruses. Adv Virus Res, 62: 241-323.
• Palukaitis P, Roossinck MJ, Dietzgen RG, Francki RI. 1992. Cucumber mosaic virus. Adv Virus Res, 41: 281-348.
• Provvidenti R. 1996. Turnip mosaic potyvirus. (Viruses of Plants, CAB International, UK: Ed. Brunt AA, Crabtree K, Dallwitz MJ, Gibbs AJ, Watson L) 1340-1343.
• Roossinck MJ. 2002. Evolutionary history of cucumber mosaic virus deduced by phylogenetic analyses. J Virol, 76: 3382–3387.
• Roossinck MJ, Zhang L, Hellwald KH. 1999. Rearrangements in the 5' nontranslated region and phylogenetic analyses of Cucumber mosaic virus RNA 3 indicate radial evolution of three subgroups. J Virol, 73: 6752-6758.
• Şeker A. 2015. Trakya Bölgesi’ndeki kanola (Brassica napus L.) tarlalarında görülen abiyotik sorunlar ve beet western yellows virus (BWYV), turnip mosaic virus (TuMV)’lerinin DAS-ELISA ile saptanması. NKÜ. Fen Bil. Ens., Bitki Koruma ABD, Yüksek Lisans Tezi, 41 s.
• Topçu DA. 2014. İthal edilen ve Trakya Bölgesi'nde tarımı yapılan alanlardan alınan kanola tohum örneklerinde tohum kökenli fungal etmenlerin tespiti. NKÜ. Fen Bil. Ens., Bitki Koruma ABD, Yüksek Lisans Tezi, 45 s.
• Tuzlalı HT, Korkmaz S. 2014. Çanakkale ilinde Karnabahar mozaik virüsü (Cauliflower mosaic virus; CaMV) izolatlarının tanılanması ve karakterizasyonu. Mediterr Agric Sci, 27(1): 1-7.
• Yasaka R, Fukagawa H, Ikematsu M, Soda H, Korkmaz S, Golnaraghi A, Katis N, Ho SYW, Gibbs AJ, Ohshima K. 2017. The Timescale of Emergence and Spread of Turnip Mosaic Potyvirus. Sci Rep, 7: 4240.
• Yasaka R, Nguyen HD, Ho SY, Duchêne S, Korkmaz S, Katis N, Takahashi H, Gibbs AJ, Ohshima K. 2014. The temporal evolution and global spread of Cauliflower mosaic virus, a plant pararetrovirus. PLoS One, 9(1): e85641.
• Zhu F, Sun Y, Wang Y, Pan H, Wang F, Zhang X, Zhang Y, Liu J. 2016. Molecular Characterization of the complete genome of three Basal-BR isolates of turnip mosaic virus infecting Raphanus sativus in China. Int J Mol Sci, 17: 888.