SERUM NMR T1 DURULMASI İÇİN ÖNERİLEN TABAKA MODELİNDEN KİMYASAL DEĞİŞ-OLUŞ FORMÜLLERİNİN TÜRETİMİ

Year 2008, Issue: 10, 154 - 158, 01.06.2008

Gülten Kavak

Abstract

Bu çalışmada, protein hidrasyonunun tabaka modeli göz önüne alınarak (bulk su, engellenmiş su, dönerek bağlı ve dönmeden bağlı su) serum 1/Ti (i:1 ve 2)durulması için bir formül yazıldı. Yapılan hesaplar sonucunda elde edilen formülün serbest su ile bağlı su arasındaki hızlı kimyasal değiş-tokuşu anlatan formül ile aynı olduğu görüldü. Bu sonuç, bir protein çözeltisinin serbest ve bağlı su durumları arasındaki hızlı kimyasal değiş-tokuşa ait 1/Ti formüllerinin, tabaka modeli ile önerilen ortalama ile aynı olduğunu önermektedir.

Keywords

1H NMR, tabaka modeli, rölaksasyon zamanları, serum, kimyasal değiş-tokuş

The Derivation of Chemical Exchange Formulas for Serum NMR T1 Relaxation by Using Layer Model

Abstract

In this study, a formula was written for relaxation rate of serum 1/Ti (i: 1 and 2) by using the layer model of protein hydration (bulk water, hindered water, rotationally bound water, irrotatioanlly bound water). Then a new formula, which is similar to the formula related to fast chemical exchange between free and bound water, was obtained from the first one. This result suggest that the 1/Ti formula based on the layer model is identical to that of the fast chemical exchange between free and bound states.

Keywords

1H NMR, layer model, relaxation times, serum, chemical exchange

References

• Bertini, I, Fragai, M., Luchinat, C. & Parigi, G. (2000). H NMRD profiles of diamagnetic proteins: a model-free analysis. Magn. Reson. Chem., 38,543-550.
• Bertini, I., Gupta, Y. K. Luchinat, C. Schlörb, C. & Schwalbe, H. (2005). NMR Spectroscopic detection of protein protons and longitudinal relaxation rates between 0.01 and 50 MHz, Angew. Chem, 117, 2263-2265.
• Blicharska, B. & Rydzy, M. (1979). Investigation of protein denaturation by nuclear magnetic relaxation method, Acta Physica Polonica, A56, 439-443.
• Cameron, I. L, Ord, V. A. & Fullerton, G. D. (1988). Water of hydration in the intra and extra cellular environment of human erythrocytes. Biochem.Cell.Biol., 66,1186-1199.
• Daskiewicz, O. K., Hennel, J. W. & Lubas, B. (1963). Proton magnetic relaxation and protein hydration, Nature, 200,1006-1007.
• Eley, D. D., Hey, M. J. & Ward , A. J. I. (1974). Nuclear Magnetic Resonance Relaxation in Aqueous Bovine Albümin Solutions, J.Chem.Soc.Faraday Transact.I, 5,1106-1113.
• Fullerton, G. D., Ord, V. A. & Cameron,I.L. (1986). An evaluation of the hydration of
• lysozyme by a NMR titration method. Biochim.Biophys.Acta, 869,230-246.
• Fullerton, G.D., Finnie, M. F., Hunter, K. E., Ord, A. & Cameron, I. L. (1987). The ınfluence of macromolecular polymerization on spin-lattice relaxation of aqueous solutions, J.Magn.Reson.Imaging, 5,353-370.
• Gallier, J., Rivet, P. & Certaınes, J.de. (1987). 1H- and 2H-NMR study of bovine serum albumin solutions. Biochimica et Biophysica Acta, 915,1-18.
• Grösch, L. & Noack, F. (1976). NMR relaxation investigation of water mobility in aquueous bovine serum albumin solutions. Biochimica et Biophysica Acta, 453,218-232.
• Halle, B. (2004). Protein hydration dynamics in solution: a critical survey, Phil. Trans. R. Soc. Lond. B., 359,1207-1224.
• Kavak, G. (2000). “Serum Proteinlerinin Spin-Örgü Durulma Mekanizmalarının NMR ile incelenmesi”. Yayımlanmış doktora tezi, Dicle Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Diyarbakır.
• Pouliquen, D. & Gallois, Y. (2001). Physicochemical properties of structured water in human albumin and gammaglobulin solutions. Biochimie., 83,891-898.
• Yılmaz, A., Ulak F. Ş. & Batun, M.S. 2004. Proton T1 and T2 relaxivities of serum proteins, Magnetic Resonance İmaging, 22(7) 683-688.