Topraktan İzole Edilen Bacillus Türlerinin Tanımlanması ve Bakteriosin Üretimlerinin Belirlenmesi

Yıl 2014, Cilt: 4 Sayı: 2, 57 - 67, 30.12.2014

Fadime Topçal Metin Dığrak Recep Gündoğan

Öz

Bu çalışmada Gaziantep ili Oğuzeli ilçesinde Hordeum sp. (arpa) ve Vicia sp. (fiğ) ekilmiş topraklardan Bacillus sp. izole edilmiş ve tanımlaması yapılmıştır. Toprak örneklerinden 121 adet  Bacillus suşları izole edilmiştir. İzolatların 114 tanesinin Bacillus genusuna özel 16S rRNA primerleriyle PZR ürünü verdiği tespit edilmiştir. Klasik yöntemlerle yapılan tür teşhisinde Bacillus subtilis, B. mycoides, B. megaterium ve B. amyloliquefaciens türleri belirlenmiştir. Dört izolatın metabolik ürünlerinin Escherichia coli ve Micrococcus luteus gelişimini engellediği tespit edilmişti. Antimikrobiyal etkinin plazmit varlığı ile ilişkili olup olmadığı düşünülerek plazmit içerikleri incelenmiştir. Yalnızca B. subtilis’te plazmit varlığı belirlenmiştir.

Anahtar Kelimeler

Bacillus, Bakteriosin, PCR tanımlama

Identification of Bacillus Species Isolated from Soil and Determination of Bacteriocin Production

Öz

In this study, Bacillus sp. was isolated from the soil seeded with Hordeum sp. and Vicia sp. and was identified. 121 Bacillus isolates were derived from soil samples. It was determined that 114 isolates gave 16SrRNA pcr products with primers specific for Bacillus genus. Classical methods were used to identify the species: Bacillus subtilis, B. mycoides, B. megaterium and B. amyloliquefaciens species. It was determined that metabolic products of four isolates inhibited Escherichia coli and Micrococcus luteus growth. The relationship between antimicrobial effect of species and plasmid presence was tested and plasmid contents was only observed in B. subtilis

Anahtar Kelimeler

Bacillus, Bacteriocin, PCR identification

Kaynakça

• Z. Demirbağ, İ. Demir, Genel Mikrobiyoloji Laboratuvarı Uygulama Kitabı, KATÜ, Fen- Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Esen Matbaacılık, Trabzon, 126s, 2005.
• -
• N. A. Logan, P. C. B. Turnbull, Bacillus and Recently Derived Genera. In:PR Murray, Rogel Berkeley, Blackwell Science Ltd. Blackwell Publishingh, 305p, 2002.
• -
• RCW. Berkeley, N. Logan, Bacillus, Alicyelobacillus and Paenibacillus, Principles and Practice of Clinical Bacteriology, Chichester: Wiley; 185p, 1997.
• -
• M. M. J. Bennik, A. Verheul, T. Abee, G. Naaktgeboren-Stoffels, L. G. M. Gorris, E. J. Smid, Appl. Environ. Microbiol., 1997, 63 (9), 3628-3636.
• -
• C. Hill, Bacteriocins, Natural Antimicrobials from Microorganisms: New Methods for Food Preservation, Blackie Academic & Professional, London, 457p, 1995.
• -
• A. G. Stover, A. Driks, Jounal of Bacteriology, 1999, 181, 1664-1672.
• -
• A. Gálvez, H. Abriouel, R. L. López, N. B. Omar, Int. J. Food Microbiol., 2007, 120, 51–70.
• -
• T. Zotta, E. Parente, and A. Ricciardi, World J. Microbiol Biotechnol, 2009, 25, 1119–1124.
• -
• M. Ongena, P. Jacques, Trends Microbiol., 2008, 16 115–125.
• E. Katz, A.L. Demain, Bacteriol. Rev., 1977, 41, 449–474.
• G. Y. Yu, J. B. Sinclair, G. L. Hartman, B. L. Bertagnolli, Soil Biol. Biochem., 2002, 34, 955–963.
• E. H. Lennette, A. Balows, J. W. Jr Hausler, J. H. Shadomy, Manual of Clinical
• Microbiology., Vol. 4, U. S. A., 1149 p, 1985.
• S. Özçelik, Genel Mikrobiyoloji Uygulama Kılavuzu, Süleyman Demirel Üniversitesi, Zir. Fak. Yayın No:2, Ders Notları, Isparta, 91s, 1998.
• C. H. Collins, P. M. Lyne, J. M. Grange, Microbiological Methods, London, 450p, 1989.
• L. J. Bradshaw, Laboratory Microbiology. Fourth Edition, Printed in U.S.A., 435p, 1992.
• NCCLS, Performance Standards For Antimicrobial Susceptibility Testing, The 9th International Supplement, 1999, M100-S9, Villanova, PA.
• K. G. Torkar, B. B. Matijašič, Food Technol. Biotechnol., 2003, 41 (2), 121-129.
• C. Perez, C. Suarez, G. R. Castro, Microbiol., 1993, 38 (1), 25-28.
• O. I. M. El-Hamshary, A. A. Khattab, Research Journal of Cell and Molecular Biology, 2008, 2 (2), 24-29.
• E. H. Duitman, L. Hamoen, M. Rembold, G. Venema, Genetics, 1999, 96 (23), 13294-13299.
• R. Eltem, F. Uçar, Kükem Dergisi, 1998, 21 (1), 57-64.
• L. A. Silo-Suh, B. J. Lethbridge, S. J. Raffel, H. He, J. Clardy, J. Handelsman, Appl. Environ. Microbiol., 1994, 60 (6), 2023-2030.
• A. Sneath, N. S. Mair, M. E. Sharpe, J. G. Holt, Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 1986, 2-8.
• G. I. Barrow, R. K. A. Feltham, Cowan and Steel’s Manual for The Identification of Medical Bacteria, Cambridge University Press, 317 p, 2003.