ATÜ Bilim Dergisi, makalelerin yayımlama sürecini aşağıda belirtildiği gibi 4 basamakta yürütmektedir.

1) Ön Değerlendirme Süreci :

1.1. İntihal Tarama Aşaması (1 gün içerisinde)

1.2. Ön Değerlendirme Aşaması (Teknik Yeterlilik) (3 gün içerisinde)

• Başvuru yapılan makale dosyalarını kontrol etmek,
  
• Başvuru aşamasında istenilen «Tam Metin», «Başlık Sayfası», «Yazar Katkı Beyan Formu» ve «Telif Hakkı Devir Formu» nun eksiksiz ve doğru şekilde doldurulduğunu kontrol etmek,
  
• Makale içerisinde kişi, üniversite, kurum, şehir bilgilerinin olup olmadığını kontrol etmek,
  
• Başlık Sayfasında makale başlığı (Türkçe ve İngilizce), öz, abstract, yazar isimleri ve sırasını kontrol etmek,
  
• Makale tam metninde şekillerin çözünürlüklerini kontrol etmek,
  
• Referansların uygun formatta yazılıp yazılmadığını kontrol etmek. 

1.3. Ön Değerlendirme Aşaması (Bilimsel Yeterlilik) (3 gün içerisinde)

Ön değerlendirme (Bilimsel Yeterlillik) sonucunda makaleler, ya hakem değerlendirme sürecine alınırlar ya da editörlük kararıyla reddedilirler. Ön değerlendirme aşamasında aşağıda belirtilen maddeler kontrol edilmektedir

• Derginin amaçları ve kapsamına uygunluğu,
• Özgünlük, yenilikçilik veya önem düzeyinin yeterli olup olmadığı,
• Çalışmanın dergi okuyucu kitlesi için ilgi çekiciliği olup olmadığı.

2) Hakem Değerlendirme Süreci:

1.aşamayı geçen makaleler Editör&Editör Yardımcısı tarafından ilgili Alan Editörüne atanırlar.
Alan Editörleri, çalışma alanında uzman hakemler tespit ederek hakemlik daveti gönderir ve en az iki (2) -genellikle üç (3)- hakem ataması gerçekleştirir. Farklı kurumlardan hakem atamaları gerçekleştirilmektedir. 

Hakemlerin, davete 7 gün içerisinde olumlu ya da olumsuz cevap vermeleri beklenir. Hakemlik davetini kabul etmeyen ya da verilen 7 günlük süre içerisinde herhangi bir işlem yapmayan muhtemel hakemlerden hakemlik daveti ya geri çekilir yada süre uzatımı yapılarak hakeme hatırlatma gönderilir. Hakemlik davetini kabul eden hakem sayısı en az 2, genellikle 3 hakeme ulaşana kadar yeni muhtemel hakemlere davet gönderilir.

Hakemlik davetini kabul eden hakem hocalarımıza, makale değerlendirmesini tamamlamaları için en çok 14 gün süre verilmektedir. Bu süre sonunda görev tamamlanmaz ise hakem hocalarımıza hatırlatma mesajları gönderilmektedir. Beşer gün arayla gönderilen iki hatırlatma mesajına rağmen, hakem tarafından ek süre talebi olmazsa veya hakemlik görevi tamamlanmazsa görev iptal edilmektedir.  Hakemler, değerlendirme süresine ilave olarak ek süre talep ederlerse editörlük, makalenin değerlendirme sürecini dikkate alarak hakemlere ek süre tanımaktadır. 
Bir makaleye atanan tüm hakemler, değerlendirme süreci için belirlenen 14 günlük süre dolmadan makale hakkında karar vermişlerse bu durumda son değerlendirmenin tamamlandığı gün, alan editörleri karar alabilmektedir.

Alan Editörleri, hakem kararları ve değerlendirme raporlarını dikkatle inceleyere Editöre öneride bulunmaktadır.

Bir makalede iki hakem ataması yapılmış ve bir hakem olumlu, diğer hakem olumsuz karar vermişse, üçüncü bir hakemin görüşü alınmak üzere yeni bir hakem ataması yapılmaktadır. Üçüncü hakemin kararı da dikkate alınarak Alan Editörü kararını Editöre iletmektedir. Hakemlerin makale ile ilgili kararları ile değerlendirme raporları arasında fark varsa, değerlendirme raporları dikkatle incelenerek hakemin makale hakkındaki kanaati tespit edilmeye çalışılmaktadır.

3) Karar Süreci:

Hakem Değerlendirme Sürecinde görev alan en az 2 hakemin ve Alan Editör’ünün görüşüne göre Editör makaleye Kabul/Ret/Revizyon kararını verir ve yazarlara bildirir.

Doğruca Kabul kararı, hakemlerden ve Alan Editöründen gelen öneri makale üzerinde herhangi bir değişiklik yapılmadan kabul edilmesi önerildiyse verilir. Makale bu aşamada Dil Editörüne yönlendirilerek Yayım sürecine alınır.

Revizyon kararı, hakemlerden ve Alan Editöründen gelen öneri makale üzerinde Küçük (minor) veya Büyük (major) değişiklik gerektirdiği durumunda verilir. Bu aşamada makale ve hakem görüşleri yazarlara gönderilir. Revizyonun türüne göre 14 gün ile 30 gün arasında bir süre verilerek makalenin revizyonu istenir. Major bir revizyon süreci geçirilmişse hakemlerden yeniden görüş talep edilebilir. Minor revizyonlarda Editör/Editör Yardımcısı/Alan Editörü revizyonun kabulü ile ilgili karar verebilir. Revizyon sonrası kabul edilen makale Dil Editörüne yönlendirilerek Yayım sürecine alınır.

Ret kararı ise hakemlerden ve Alan Editöründen gelen öneri doğrultusunda makalenin ATÜ Bilim Dergisi’nde yayınlanmasının uygun olmadığında verilir. Bu karar, hem hakemlerin hem de Alan Editörünün görüşünü içerecek şekilde yazarlara bildirilir.  

4) Düzenleme ve Yayımlama Süreci:

Yayımlanmasına karar verlen makaleler;

• önce Dil Editörüne yönlendirilir. Bu aşamada Dil Editörü makalenin tamamını okuyarak düzeltilmesi gereken yerleri belirtir. Ardından Mizanpaj Editörüne yönlendirilir.
• Mizanpaj Editörüne yönlendirilen makale derginin yayım formatına uygun hale getirilir.
• Son olarak yazarların son kez okuması ve olası yazım hatalarının giderilmesi için yazarlara gönderilir.
• Yazarlardan gelen dönüş doğrultusunda makalenin PDF dosyası ve yayım bilgilerinin tamamı son kontrolden geçirilir.
• Makale ilgili sayıda yayımlanır.