Determination of the presence of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis on tomato seedlings used in Tokat province

Abstract

This study aimed to determine Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm) caused tomato bacterial cancer and wilt disease on tomato seedling used by farmers in Tokat province. In 2013, 2015, 2016, 2017 and 2018 years 104, 82, 94, 102 and 169 tomato seedling samples were taken from seedling providers located in Central, Turhal, Pazar, Niksar ve Erbaa in Tokat, respectively. The disease agent was detected on tomato seedling by specific polymerase chain reaction (PCR) assay after streaking on semiselective medium and extracting DNA of the bacteria growing on the medium. In 2013, 2015 and 2016, 19 out of 104, 7 out of 82 and 4 out of 94 tomato seedlings were infected with pathogen, respectively. On the other hand the disease agent was not detected in tomato seedlings samples collected in 2017 and 2018 years. According to results of this study, in seedling entered to the province, contamination ratio with Cmm decreased at important level.

Keywords

• Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis,tomato bacterial cancer and wilt disease,Tokat,PCR

Tokat ilinde kullanılan domates fidelerinde Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis’in varlığının belirlenmesi

Öz

Bu çalışma, üreticiler tarafından Tokat ilinde kullanılan, hastalık belirtisi göstermeyen domates fidelerinde Domates bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığı etmeni Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm)’in varlığının belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Tokat Merkez, Turhal, Pazar, Niksar ve Erbaa ilçelerinden 2013 yılında 104, 2015 yılında 82, 2016 yılında 94, 2017 yılında 102 ve 2018 yılında 169 adet domates fide örneği toplanmıştır. Toplanan örneklerden hazırlanan süspansiyonlar yarı seçici besi yerine ekilmiş, gelişen bakteriler toplanarak DNA izolasyonundan sonra etmene spesifik primerler ile polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) analizi yapılmıştır. Yapılan çalışma sonucunda, 2013 yılında Tokat Merkez ve ilçelerinden toplanan 104 fide örneğinin 19’unda, 2015 yılında 82 fide örneğinin 7’sinde, 2016 yılında 94 fide örneğinin 4’ünde etmene rastlanılırken, 2017 yılında toplanan 102 fide örneğinde ve 2018 yılında toplanan 169 fide örneğinde hastalık etmenine rastlanılmamıştır. Bu çalışma sonuçlarına göre, bölgeye giriş yapan fidelerde Cmm ile bulaşıklık oranı önemli düzeyde azalmıştır.    

Anahtar Kelimeler

• Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis,Tokat,domates bakteriyel kanser ve solgunluk hastalığı,PCR

Kaynakça

1. Belgüzar S., Yanar Y. ve Aysan Y. 2016. Tokat İlinde Domates Bakteriyel Solgunluk Hastalığı’nın Yaygınlığı ve Etmenin (Clavibacter michiganensis subsp michiganensis) Tanılanması. Gaziosmanpaşa Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 33 (2), 34-40.Belgüzar S., Horuz S., Aysan Y. ve Yanar Y. 2017. Investigation on the Appropriate Method for Determination of Epiphytic Population of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis on Tomato. The Journal of Turkish Phytopathology, 46 (3), 89-99.Belgüzar S., Yanar Y. ve Aysan Y. 2018. Tokat İlinde Domates Bakteriyel Solgunluk Hastalığı’nın (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis) Epidemiyolojisi, Journal of Tekirdag Agricultural Faculty, 15 (3), 9-16.Burokiene D. 2006. Early detection of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis in tomato seedlings. Agronomy Research, 4, 151-154. Chang R. J., Ries S. M. and Pataky J. K. 1991. Dissemination of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis by practies used to produce tomato transplants. Phytopathology, 81, 1276-1281. Chang R. J., Ries S. M. and Pataky J. K. 1992. Local sources of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis in the development of bacterial canker on tomatoes. Phytopathology, 82, 553-560. Dreier J., Bermpohl A. and Eichenlaub R. 1995. Southern hybridization and PCR for specific detection of phytopathogenic Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis. Phytopathology, 85, 462-468.EPPO 2017. European and Mediterranean Plant Protection Organization-IMI, https://gd.eppo.int/taxon/CORBMI/distributionFatmi M. and Schaad N.W. 1988. A semiselective agar medium for isolation of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis from tomato seed. Phytopathology, 81, 1519-1523. Gitaitis R. D., Beaver R. W. and Dhanvantari B. N. 1989. Detection of Clavibacter michiganense subsp. michiganense in tomato transplants (A. W. Seattler, N. W. Schaad and D. A. Roth, Edts.). The American Phytopathological Society. Minnesota, USA. 116-122.Gitaitis R. D., Beaver R. W. and Voloudakis A. E. 1991. Detection of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis in symptomless tomato transplants. Plant Disease, 75 (8), 834-838. Gleason M. L., Gitaitis R. D. and Ricker M. D. 1993. Recent progress in understanding and controlling bacterial canker of tomato in Eastern North America. Plant Disease, 77, 1069-1076.Nejat N., Sijam K., Abdullah S. N. A., Vadamalai G. and Dickinson M. 2009. Molecular characterization of a phytoplasma associated with Coconut Yellow Decline (CYD) in Malaysia. American Journal of Applied Sciences, 6 (7), 1331-1340.Ricker M. D. and Riedel R. M. 1993. Effect of secondary spread of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis on yield of northern processing tomatoes. Plant Diseases, 77, 364-366.TUIK 2018. Türkiye İstatistik Kurumu, www.tuik.gov.tr/https://biruni.tuik.gov.tr/medas/?kn=92&locale=tr