Mikrobiyolojide Kullanılan Bazı Moleküler Teknikler

Öz

Moleküler tekniklerin mikrobiyoloji alanında kullanımı, her geçen gün daha da yaygınlaşmaktadır. Bu derlemede günümüzde kullanılmakta olan moleküler tekniklerden PFGE Darbeli Alan Jel Elektroforezi , PZR Polimeraz Zincir Reaksiyonu , MLST Çoklu Lokus Dizilim Analizi , MALDI-TOF Matriks Destekli Lazer Desorpsiyonu/İyonizasyonu Uçuş Süresi ve 16S rDNA dizilim analizi hakkında genel bilgilere yer verilmiş olup yöntemlerin çalışma prensipleri açıklanmaya çalışılmıştır

Anahtar Kelimeler

• Moleküler tanımlama,PFGE,PZR,MLST,MALDI-TOF,16S rDNA dizilim analizi

Mikrobiyolojide Kullanılan Bazı Moleküler Teknikler

Öz

Mikrobiyoloji alanında moleküler tekniklerin kullanımı, her geçen gün daha da yaygınlaşmaktadır. Bu derlemede günümüzde kullanılmakta olan moleküler tekniklerden PFGE Darbeli Alan Jel Elektroforezi , PZR Polimeraz Zincir Reaksiyonu , MLST Çoklu Lokus Dizilim Analizi , MALDI-TOF Matriks Destekli Lazer Desorpsiyonu/İyonizasyonu - Uçuş Süresi ve 16S rDNA dizilim analizi hakkında genel bilgilere yer verilmiş olup yöntemlerin çalışma prensipleri açıklanmaya çalışılmıştır.

Anahtar Kelimeler

• Moleküler tanımlama,PFGE,PZR,MLST,MALDI-TOF,16S rRNA dizilim analizi.

Kaynakça

1. Adıgüzel, A., İnan, K., Şahin, F., Arasoğlu, T., Güllüce M., Beldüz, AO., Barış, Ö. 2011. Pasinler kaplıcasından izole edilen termofilik bakterilerin moleküler farklılıkları. Turk. J. Biol., 35: 267-274.
2. Akçalı, A., Levent, B., Akbaş, E., Esen, B. 2008. Türkiye’nin bazı illerinde izole edilen Shigella sonnei suşlarının antimikrobiyal direnç ve “Pulsed Field” jel elektroforezi yöntemleri ile tiplendirilmesi. Mikrobiyol. Bül., 42: 563-572.
3. Arda, M. 1995. Biyoteknoloji (Bazı Temel İlkeler), Kükem Derneği Bilimsel Yayınları, Ankara.
4. Aydın Osmanağaoğlu, Ö., Kıran, F., Oral, B. 20010. Laktik asit bakterilerinin 16S rDNA sekans analizi ile tanımlanması, Bilimsel Araştırma Projesi Kesin Raporu, Ankara Üniversitesi, Ankara, 28 s.
5. Baldwin, A., Loughlin, M., Caubilla Barron, J., Kucerova, E., Manning, G., Dowson, C., Forsythe, S. 2009. Multilocus sequence typing of Cronobacter sakazakii and Cronobacter malonaticus reveals stable clonal structures with clinical significance which do not correlate with biotypes. BioMed Central Microbiol., 9: 223.
6. Başbülbül, G., Ateşlier Bakır, Z. B., Bozdoğan, B., Metin, Antimikrobiyal bakterilerin 16S rRNA analizi ile saptanması, sahip termofilik Eğitiminde Evrim Sempozyumu
7. Birren, B., Eric, L. 1993. Pulsed Field Gel Electrophoresis: A Practical Guide, Academic Press Inc. San Diego, California.
8. Bottger, EC. 1989. Rapid determination of bacterial ribosomal RNA sequences by direct sequencing of enzymatically amplified DNA. FEMS Microbiol. Let., 65: 171–176.

9. Clarridge, J. E., Osting, C., Jalali, M., Osborne, J., Waddington, M. 1999. Genotypic and phenotypic characterization of “Streptococcus milleri” group isolates from a Veterans Administration hospital population. J. Clinic. Microbiol., 37: 3681–3687.
10. Çakır, İ., Çakmakçı, L. 2003. Laktobacillus ve Bifidobakterlerde bazı probiyotik özelliklerin belirlenmesi. Doktora Tezi, Ankara Üniversitesi, Ankara, 84 s.
11. Çakır, P., Güven, K. 2007. Gıda ve insan kaynaklı Staphylococcus karakterizasyonu. Yüksek Lisans Tezi, Anadolu Üniversitesi, 97 s. strainlerinin
12. Çetinkaya, E. 2011. Gıdalardan izole edilen Enterobacter sp. ve Cronobacter sakazakii suşlarının biyokimyasal tanımlanması. Yüksek Lisans Tezi, Ankara Üniversitesi, 88s.(Basılmamış). moleküler yöntemlerle Fen Bilimleri Enstitüsü
13. Çevik, AM. 1994. PCR ve infeksiyoz hastalıklarda kullanımı, Seminer, Ankara Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji ve İnfeksiyon Hastalıkları Bölümü.
14. Diallo, IO., Mackenzie, AM., Spradbrow, PB., Robinson, W. F. 1998. Field isolates of fowl pox virus contaminated with reticuloendotheliosis virus. Avian Dis., 27: 60-66.
15. Durmaz, R., Otlu, B., Çalışkan, A., Gürsoy, N. 2007. Acinetobacter baumannii, Escherichia coli ve Klebsiella türlerinin moleküler tiplendirilmesinde kullanılabilecek kısa süreli “Pulsed Field Gel” elektroforez (PFGE) protokolü. ANKEM Derg., 21(2): 113-117.
16. Erlich, AH., Gelfand, D., Sninsky, JJ. 1991. Recent advantages in PCR. Science, 252: 1643-1652.
17. Enright, MC., Spratt, BG. 1998. A multilocus sequence typing scheme for Streptococcus pneumoniae: identification of clones associated with serious invasive disease. Microbiology, 144: 3049–3060.
18. Enright, MC., Spratt, BG. 1999. Multilocus sequence typing. Trend. Microbiol., 7: 482–487.
19. Enright, M.C., Knox, K., Griffiths, D., Crook, DW. M., Spratt, BG. 2000. Molecular typing of bacteria directly from cerebrospinal fluid. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis., 19: 627–630.
20. Garrity, G. M., Holt, JG. 2001. The road map to the manual, p. 119–166. In G. M. Garrity (ed), Bergey’s manual of systematic bacteriology. Springer-Verlag, New York, N.Y.
21. Harmsen, D., Karch, H. 2004. 16S rDNA for diagnosing pathogens: a living tree. Am. Soc. Microbiol. New., 70: 19–24.
22. Jefferies, J., Clarke, SC., Diggle, MA., Smith, A., Dowson, C., Mitchell, T. 2003. Automated pneumococcal MLST using liquidhandling robotics and a capillary DNA sequencer. Mol. Biotecnol., 24: 303–308.
23. Joseph, S., Cetinkaya, E., Drahovska, H., Levican, A., Figueras, M. J., Forsythe, SJ. 2011. Cronobacter condimenti sp. nov., isolated from spiced meat and Cronobacter universalis sp. nov., a novel species designation for Cronobacter sp. genomospecies 1, recovered from water, and food ingredients. Int.J. Sys. Evol. Microbiol. (Basımda).
24. Karahan, ZC. 2007. Staphylococcus aureus suşlarında Panton Valentine Lökosidin (PVL) genlerinin araştırılması. Bilimsel Araştıma Projesi Kesin Raporu, Ankara Üniversitesi, Ankara, 37 s.
25. Kıran, F., Osmanağaoğlu, Ö. 2011. Laktik asit bakterilerinin tiplendirilmesinde yöntemler. Erciyes Ün. Fen Bil. Enst. Derg., 27(1): 62-74.
26. identifikasyonunda/ kullanılan moleküler
27. Kimura, M. 1980. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. Mol. Evol., 16: 111–120.
28. Kolbert, CP., Persing, DH. 1999. Ribosomal DNA sequencing as a tool for identification of bacterial pathogens. Curr. Opin. Microbiol., 2: 299–305. Koluman, A. 2010. Piliç Kümesleri ve kesimhanelerinde kontaminasyonu belirlenmesi. Türk Hijyen Den. Biyo. Derg., 67(2): 57-64. jejuni populations of pathogenic Maldi Tof Ms. 2010 http://www.proteomicsnijmegen.nl
29. Miwa, N., Nishina, T., Kubo, S., Honda, H. 1997. Most probable number method combined with nested PCR for detection and enumeration of enterotoxigenic Clostridium perfringens intestinal contents of cattle, pig an chicken. J. Vet. Med. Sci., 59: 557-560.
30. Multi locus sequence typing. 2010. http://en.wikipedia.org
31. Multi locus sequence typing. 2010. www.mlst.net
32. Oktay, Hİ., Heperkan, D. 2010. Aspergillus izolatlarının PZR ile tanısı, bazı mikotoksinlerin in vitro tayini, sıcaklık ve sürenin incirde aflatoksin ve siklopiazonik asit oluşumuna etkisi. Doktora Tezi, İstanbul Teknik Üniversitesi, İstanbul.
33. Pace, N. 1997. A molecular view of microbial diversity and the biosphere. Science, 276: 734–740.
34. Palys, T., Nakamura, LK., Cohan, FM. 1997. Discovery and classification of ecological diversity in the bacterial world: the role of DNA sequence data. Int. J. Sys. Bacteriol., 47: 1145–1156.
35. Persing, HD. 1991. Polymerase chain reaction: Trenches to benches. J. Clin. Microbiol., 29: 1281- 1285.
36. Pfister, P., Risch, M., Brodersen, DE., Bottger, EC. 2003a. Role of 16S rRNA helix 44 in ribosomal resistance to hygromycin B. Antimicrob. Agents Ch., 47: 1496–1502.
37. Pfister, P., Hobbie, S., Vicens, Q., Bottger, EC., Westhof, E. 2003b. The molecular basis for A-site mutations conferring aminoglycoside resistance :relationship between ribosom al susceptibility and X-ray crystal structures. Biochem., 4: 1078– 1088.
38. Pulsed Field Gele Electrophoresis. 2003. http://www.bio.davidson.edu
39. Rodriguez, JM. 1997. Detection of pathogens by using the polymerase chain reaction. Vet. J., 153: 287-302.
40. Saiki, KR., Gelfand, HD., Stoffi, S., Scharf, JS., Higuchi, R., Horn, T. G. 1988. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polimerase. Science, 239: 487- 491.
41. Salcedo, C., Arreaza, L., Alcala, B., De la Fuente, L., Vazquez, JA. 2003. Development of a multilocus sequence typing method for analysis of Listeria monocytogenes clones. J. Clin. Microbiol., 41: 757– 762
42. Schochetman, G., Jones, KW. 1988. Polimerase Chain Reaction. J. Infect. Dis., 158: 1154-1157.
43. Selander, RK., Caugant, DA., Ochman, H., Musser, JM., Gilmour, MN., Whittam, TS. 1986. Methods of multilocus enzyme electrophoresis for bacterial population genetics and systematics. Appl. Environ. Microbiol., 51: 873–884.
44. Seng, P., Drancourt, M., Gouriet, F., La Scola, B., Fournier, PE., Rolain, JM., Raoult, D. 2009. Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by MALDI-TOF MS. Clin. Infect. Dis., 49(4): 552–3.
45. Thorne, JL., Kishino, H., Painter, IS. 1998. Estimating the rate of evolution of the rate of molecular evolution. Mol. Biol. Evol., 15: 1647– 1657.
46. Tortoli, E. 2003. Impact of genotypic studies on mycobacterial taxonomy: the new mycobacteria of the 1990s. Clin. Microbiol. Rev., 16: 319–354.
47. Törnük, F., Kesmen, Z., Yetim, H. 2008. Et ve et ürünlerinde patojen bakterilerin tespitinde RT- PCR tekniğinin kullanılması. Türkiye 10. Gıda Kongresi, 21-23 Mayıs, s 519-522, Erzurum.
48. Tunchili, LM., Kodama, H., Sharma, RN., Takatori, I., Pandey, GS. 1996. Detection of Salmonella DNA in chicken embriyos and environmental samples by Polimerase Chain Reaction. J. Vet. Med. Sci., 58: 881-884.
49. Türkyılmaz, S., Esendal, Ö. 2002. Polimeraz zincir reaksiyonu ve mikrobiyolojide kullanım alanları. Kafkas Ün. Vet. Fak. Derg., 8(1): 71-76.
50. Ueda, K., Seki, T., Kudo, T., Yoshida, T., Kataoka, M. 1999. Two distinct mechanisms cause heterogeneity of 16S rRNA. J. Bacteriol., 181: 78– 82.
51. Urwin, R., Maiden, MCJ. 2003. MultiLocus Sequence Typing: a tool of global epidemiology. Trend Microbiol., 10(11): 479-487.
52. Us, E., Erdem, B., Tekelli, A., Gerçeker, D., Saran, B., Bayramova, M., Şahin, F. Salmonella serotip Enteridis izolatlarının plazmid profil analizi ve “Pulsed Field” jel elektroforezi ile incelenmesi. Mikrobiyol. Bül., 45(2): 210-227.
53. Ünal, N., İstanbulluoğlu, E. 2009. İnsan ve sığır kökenli fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması. Ankara Ün. Vet. Fak. Derg., 56: 119-126.
54. Walker, J., Dounan, G. 1989. DNA Probes: A new role in diagnostic microbiology. J. Appl. Microbiol., 67: 229-230.
55. Woese, CR., Stackebrandt, E., Macke, TJ., Fox, GE. 1985. A phylogenetic definition of the major eubacterial taxa. Sys. Appl. Microbiol., 6: 143–151.
56. Woese, CR. 1987. Bacterial evolution. Microbiol. Rev., 51: 221–271.
57. Wolcott, JM. 1992. Advances in nucleic acid-based detection methods. Clin. Microbiol. Rev., 5: 370- 386.
58. Yılmaz, R., Temiz, A. 2003. Streptococcus salivarius subs. thermophilus ve Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgarisus’un klasik ve moleküler yöntemler karakterizasyonu. Orlab Mikrobiyol. Derg., 1(3): 19- 42.