Distribution Of Candida Species Isolated From Blood Cultures During The Pandemic Period And Evaluation Of Antifungal Susceptibility

Öz

Candida species, one of the most important causes of hospital-acquired infections, is one of the most frequently isolated fungi in blood cultures. The aim of this study is to evaluate the distribution and antifungal sensitivity of Candida species isolated from blood cultures during the pandemic period. Blood cultures sent to Selçuk University Medical Microbiology Laboratory were retrospectively examined between January 2020 and July 2022. Vitek 2 Compact® system was used for species identification and antifungal susceptibility tests. According to the results of the study Candida albicans 36 (42.8%), Candida parapsilosis 24 (28.6%), Candida glabrata 13 (15.5%), Candida tropicalis 5 (5.9%), Candida krusei (Issatchenkia orientalis) 4 (4.8%) Candida guilliermondii (Meyerozyma guilliermondii) 1 (1.2%) and Candida sphaerica 1 (1.2%) were found to be isolated. In addition, in the study, the highest resistance was determined against caspofungin (7.4%), while the lowest antifungal resistance was determined against amphotericin B (1.8%). In conclusion, it is important to type Candida species and determine their antifungal susceptibility, especially in newborns and patients treated in intensive care units, in terms of guiding the treatment.

Anahtar Kelimeler

• Antifungal sensitivity
• Candida species
• Blood culture
• Pandemic

Pandemi Döneminde Kan Kültürlerinden İzole Edilen Candida Türlerinin Dağılımı ve Antifungal Duyarlılıklarının Değerlendirilmesi

Öz

Hastane kaynaklı enfeksiyonların en önemli sebeplerinden biri olan Candida türleri, kan kültürlerinde en sık izole edilen mantarlardan biridir. Bu çalışmanın amacı pandemi döneminde kan kültürlerinden izole edilen Candida türlerinin dağılımının ve antifungal duyarlılığının değerlendirilmesidir. Selçuk Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvurına gönderilen kan kültürleri Ocak 2020-Temmuz 2022 tarihleri arasında geriye dönük olarak incelenmiştir. Tür tanımlaması ve antifungal duyarlılık testleri için VITEK 2 Compact® sistemi kullanılmıştır. Araştırma sonuçlarına göre Candida albicans 36 (%42.8), Candida parapsilosis 24 (%28.6), Candida glabrata 13 (%15.5), Candida tropicalis 5 (%5.9), Candida krusei (Issatchenkia orientalis) 4 (%4.8), Candida guilliermondii (Meyerozyma guilliermondii) 1 (%1.2) ve Candida sphaerica 1 (%1.2) izolatta saptanmıştır. Ayrıca, çalışmada en yüksek direnç caspofungine (%7.4) saptanırken, en düşük antifungal direnç amfoterisin B’ye (%1.8) karşı belirlenmiştir. Sonuç olarak özellikle yenidoğanlarda, yoğun bakım ünitelerinde tedavi gören hastalarda Candida türlerinin tiplendirilmesi ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi, tedaviye yön vermesi açısından önemlidir.

Anahtar Kelimeler

• Antifungal duyarlılık
• Candida türleri
• kan kültürü
• pandemi
• Antifungal sensitivity
• Candida species
• Blood culture
• Pandemic

Kaynakça

1. Ağca, H., Cilo, B.D, Özmerdiven, G.E, Sağlam, S., ve Ener B.(2015). Candida türlerini tanımlayan bir gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yönteminin geliştirilmesi. Mikrobiyol, Bul., 49(1)56-65.
2. Akalın, H. (2008) Kandidemilerde risk faktörleri ve risk değerlendirmesi, ANKEM.Derg, 22(2) 270-274.
3. Aydin, F., Bayramoglu, G., Guler, N.C., Kaklikkaya, N.,and Tosun, I. (2011). Bloodstream yeast infections in a univer sity hospital in Northeast Turkey: a 4-year survey. Med. Mycol, 49(3) 316-319.
4. Bakir, M., Cerikcioglu, N., Barton, R., and Yagci, A. (2006). Epidemiology of candidemia in a Turkish tertiary care hospital. APMIS, 114(9) 601-610.
5. Bayram, Y., Gültepe, B., Özlük, S., ve Güdücüoğlu, H. (2012). Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Candida kökenlerinin identifikasyonu ve antifungal duyar¬lılıklarının araştırılması. Van Tıp Derg, 19(4):177-181.
6. Bedini, A., Venturelli, C., Mussini, C., Guaraldi, G., Codeluppi, M.,Borghi, V.,Rumpianesi, F., Barchiesi,F., and Esposite, R. (2006). Epidemiology of candidaemia and antifungal susceptibility patterns in an Italian tertiary-care hospital, Clin. Microbiol. Infect,12(1) 75-80.
7. Blumberg, H.M, Jarvis, W.R, Soucie, J.M, Edwards, J.E, Patterson, J.E, Pfaller, M. A., Rangel-Frausto, M.S., Rinaldi, M.G., Saiman, L., Wiblin, R.T., Wenzel, R.P., and National Epidemiology of Mycoses Survey(NEMIS) Study Group. (2001). Risk factors for candidal bloodstream infections in surgical intensive care unit patients: the NEMIS prospective multicenter study. The National Epidemiology of Mycosis Survey. Clin. Infect .Dis, 33(2) 177-186.
8. Colombo, A.L, Nucci, M., Park, B.J., Nouer, A.S., Arthington-Skaggs, B.,da Matta, A.D., Warnock, D., and Morgan, J. (2006). Epidemiology of candidemia in Brazil: a nationwide sentinel surveillance of candidemia in eleven medical centers. J. Clin. Microbiol,44(8) 2816-2823.

9. Çalışkan, E., Dede, A., ve Güven, B.G. (2013). Kan kültürlerinde saptanan Candida türlerinin dağılımı ve antifungal duyarlılıkları. ANKEM. Derg, 27(1) 25-30.
10. Çiçek, B., Yılmaz, H.,Yılmaz, M. E., Esen, Ş., ve Birinci, A. (2015). Candida epidemiyolojisindeki değişikliklerin araştırılması. Mikrobiyol. Bul, 49(3) 423-431.
11. Dagi, H.T., Findik, D., Senkeles, C., and Arslan, U. (2016).Identification and antifungal susceptibility of Candida species isolated from bloodstream infections in Konya, Turkey. Ann. Clin. Microbiol. Antimicrob, 35(1) 36.
12. Diekema, D.J., Messer, S.A., Brueggemann, Coffman,S.L.,Doern, G.V.,Herwaldt, A.L.,Pfaller, A. M. (2002). Epidemiology of candidemia: 3-year results from the emerging infections and the epidemiology of Iowa organisms study, J. Clin. Microbiol, 40(4) 1298-1302.
13. Duel ,G., Fabry, J., and Nicolle, L. (2002). Prevention of nosocomial infection. In: Duel G, Fabry J, Nicolle L, eds. Prevention of hospital-acquired infections. A Practical Guide 2nd ed. Malta. W.H.O, 30-38.
14. Erdem, F., Ertem, T.G., Oral, B., Karakoç, E., Demiröz, A.P., ve Tülek, N. (2012). Candida türlerine bağlı nozokomiyal enfeksiyonların epidemiyolojik ve mikrobiyolojik açıdan değerlendirilmesi. Mikrobiyol. Bul, 46(4) 637-648.
15. Etiz, P., Kibar, F., Ekenoğlu, Y., ve Yaman, A. (2015). Kan kültürlerinden izole edilen Candida türlerinin dağılımının ve antifungal duyarlılıklarının retrospektif olarak değerlendirilmesi. ANKEM. Derg, 29(3) 105-113.
16. Falagas, M.E., Roussos, N., and Vardakas, K.Z. (2010). Relative frequency of albicans and the various non-albicans Candida spp among candidemia isolates from inpatients in various parts of the world: a systematic review. Int. J. Infect. Dis, 4(11) e954-e66.
17. Gültekin, B., Eyigör, M., Telli, M., Aksoy, M., ve Aydın, N. (2010). Yedi yıllık dönemde kan kültürlerinden izole edilen Candida türlerinin retrospektif olarak incelenmesi. ANKEM. Derg, 24(4) 202-208.
18. Gültekin, B., Eyigör, M., Tiryaki, Y., Kırdar, S., and Aydın, N. (2011). Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarında antifungal duyarlılığın ve bazı virülans faktörlerinin araştırılması ve RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi. Mikrobiyol. Bul, 45(2) 306-317.
19. Karabıçak, N., Altun, H.U., Karatuna, Hazırolan, G., Aksu, N., Adiloğlu, A., ve Akyar, I. (2015). Mikrobiyoloji laboratuvarlarında maya türlerinin tanımlanmasında sık kullanılan ticari sistemlerin değerlendirilmesi: çok merkezli bir çalışma. Mikrobiyol. Bul, 49(2) 210- 220.
20. Kaur, R., Dhakad, M.S., Goyal, R., Haque, A., and Mukhopadhyay, G. (2016). Identification and antifungal susceptibility testing of Candida species: a comparison of Vitek-2 system with conventional and molecular methods. J. Glob. Infect. Dis, 8(4)139-146.
21. Keçeli, Ö.S., Mutlu, B., Dündar, D., ve Willke, A. (2010).Kan kültürlerinden izole edilen Candida spp. suşları¬nın antifungal ilaçlara karşı duyarlılıklarının belir¬lenmesinde buyyon mikrodilisyon ile E-test yön¬temlerinin karşılaştırılması, Mikrobiyol. Bul, 44(2) 263-271.
22. Koçak, B.Y, Kuloğlu. F., Çelik, A.D, ve Akata, F. (2011). Bir üçüncü basamak hastanesinde erişkin kandidemi olgularının epidemiyolojik özellikleri ve risk faktörlerinin değerlendirilmesi. Mikrobiyol. Bul, 45(3) 489- 503.
23. Kullberg, B.J., and Arendrup, M.C.(2015). Invasive candidiasis. N. Engl. J .Med, 373(15) 1445-1456.
24. Medrano, D.J.A., Brilhante, R.S.N., Cordeiro, R.D.A., Rocha, M.F.G., Rabenhorst, S.H.B., and Sidrim, J.J.C. (2006). Candidemia in a Brazilian hospital: the importance of Candida parapsilosis. Rev. İnst. Med. Trop. S. Paulo, 48(1) 17- 20.
25. Pahwa, N., Kumar, R., Nirkhiwale, S., and Bandi, A. (2014). Species distribution and drug susceptibility of Candida in clinical isolates from a tertiary care centre at Indore. Indian J .Med. Microbiol, 32(1) 44-48.
26. Pappas, P.G., Rex, J.H., Lee, J., Hamill,J.R., Larsen, A.R., Powderly, W., Kauffman, A.C., Hyslop, N., Mangino, J.E., Chapman,S., Horowitz, W.H., Edwards, E.J., Dismukes, E.W., and NIAID Mycoses Study Group. (2003). A prospective observational study of candidemia: epidemiology, therapy, and influences on mortality in hospitalized adult and pediatric patients, Clin. Infect. Dis, 37(5) 634-643.
27. Sardi, J., Scorzoni, L., Bernardi, T., Fusco-Almeida, A., and Giannini, MM. (2013). Candida species: current epidemiology, pathogenicity, biofilm formation, natural antifungal products and new therapeutic options. J. Med. Microbiol, 62(1)10-24.
28. Sarıgüzel, M.F., Koç, A.N., ve Karagöz, S. (2015). Kann kültürlerinden izole edilen maya türlerinin Vitek 2 sistemi ile tanımlanması ve antifungal duyarlılıkları. Harran Univ. Tıp. Fak. Derg,12 261-268.
29. Şahiner, F., Ergünay, K., Özyurt, M., Ardıç, N., Hoşbul, T., ve Haznedaroğlu, T. (2011). Hastane enfeksiyonu etkeni olarak izole edilen Candida suşlarının genotipik ve fenotipik olarak tanımlanması. Mikrobiyol. Bul, 45(3):478-488.
30. Tsekoura, M., Ioannidou, M., Pana, Z.D., Haidich, A.,Antachopoulos, C., Iosifidis, E, Kolios, G., and Roilides, E. (2019). Efficacy and safety of echinocandins for the treatment of invasive candidiasis in children: a meta-analysis. Pediatr. Infect. Dis. J, 38(1) 42-49.
31. Özbek, E., Tekay, F., Pirinççioğlu, H.Ç. (2012).Yoğun bakım hastalarına ait çeşitli örneklerden izole edilen Candida izolatlarında antifungal direnç. Dicle Tıp Derg, 39(2) 207-212.
32. Öztürk, T., Özseven, A.G. Çetin S. E., ve Kaya, S. (2013). Kan kültürlerinden izole edilen Candida suşlarının tiplendirilmesi ve antifungal duyarlılıklarının araştırılması, Kocatepe Tıp Derg, 14(1) 17-22.
33. Warnock, D.W. (2007). Trends in the epidemiology of invasive fungal infections. Jpn. J. Med. Mycol, 48(1) 1-12.
34. Yapar, N., Uysal, U., Yucesoy, M., Cakir, N., and Yuce, A. (2006). Nosocomial bloodstream infections associated with Candida species in a Turkish University Hospital. Mycoses, 49(2) 134-138.
35. Yeşil, E., Çelebi, S., Evim, S.M., Özer, A.,Turan, C., Timur, D., Çakır, Ç.S.,BülbüL, B.,Ener, B.,Güneş, A.M., Köksal, N., Özkan, H., Sevinir, B.,Kilimci,D.D., ve Hacımustafaoğlu,M. (2020). Çocuklarda mikafungin kullanımının degerlendirilmesi. Mikrobiyol.Bul,54(1) 120-134.
36. Zhang. X.B., Yu, S.J., Yu, J.X., Gong, Y.L., Feng, W., and Sun, F.J.(2012). Retrospective analysis of epidemiology and prognostic factors for candidemia at a hospital in China, 2000- 2009. Jpn .J. Infect. Dis, 65(6) 510-515.