GENOTYPING OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS STRAINS ISOLATED IN HATAY CITY BY SPOLIGOTYPING METHOD

Öz

Mycobacterium tuberculosis bacilli infect a significant proportion of the world population and constitute a major public health problem, particularly in developing regions. The aim of the study is to determine genotypes of M. tuberculosis strains isolated from Hatay city by spoligotyping method. Nineteen M. tuberculosis strains isolated from various clinical samples between 2010-2011 years were included the study. The samples send to Mustafa Kemal University, Faculty of Medicine, Department of Microbiology laboratory were cultivated to BacT/ALERT MP bottles and BacT/ALERT 3D system were used. Culture positive samples were identified by biochemical properties. The DNA of bacteria was extracted using Mickle cell disruptor. Genotypes of the M. tuberculosis isolates were determined by spoligotyping method. The most prevalent M. tuberculosis lineages were: T1 family (7, 36.8%), LAM7 TUR family (5, 26.3%), T3 family (3, 15.8%), X3 family (2, 10.5%) and H3 family (2, 10.5%) by spoligotyping method. In conclusion, it is observed that the dominant strains were belong to T1 family and followed by LAM7 TUR family in our region.

Anahtar Kelimeler

• Mycobacterium tuberculosis, Spoligotyping, Genotype, Tuberculosis, Hatay,

HATAY İLİNDE İZOLE EDİLEN MYCOBACTERİUM TUBERCULOSIS İZOLATLARININ SPOLIGOTYPING YÖNTEMİ İLE GENOTİPLENDİRİLMESİ

Öz

Mycobacterium tuberculosis basili başta gelişmekte olan bölgeler olmak üzere dünya nüfusunun önemli bir oranını enfekte etmektedir. Çalışmanın amacı Hatay ilinden izole edilen M. tuberculosis izolatlarının genotiplerinin spoligotyping yöntemi ile belirlenmesidir. Çalışmaya 2010 ve 2011 yıllarına çeşitli örneklerinden soyutlanan 19 M. tuberculosis suşu dahil edildi. Mustafa Kemal Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen örnekler BacT/ALERT MP şişelerine ekim yapıldı ve BacT/ALERT 3D sistemi kullanıldı. Üreme saptanan izolatlar, biyokimyasal özelliklerine göre tanımlandı. Bakteriyel DNA, Mickle doku parçalayıcısı ile izole edildi. M. tuberculosis kompleksi içinde yer alan izolatların genotipik özellikleri Spoligotyping yöntemi ile araştırıldı. Spoligotyping metodu ile en sık prevalansa sahip M. tuberculosis kökenleri: T1 ailesi (7, %36.8), LAM7 TUR ailesi (5, %26.3), T3 ailesi (3, %15.8), X3 ailesi (2, %10.5)ve H3 ailesi (2, %10.5) olarak tespit edildi. Sonuç olarak bölgemize ait eğemen suşun T1 ailesine ait suşlar olduğu, bunu ikinci sırada LAM7 TUR ailesinin izlediği görülmüştür.

Anahtar Kelimeler

• Mycobacterium tuberculosis, Spoligotyping, Genotip, Tüberküloz, Hatay,