Araştırma Makalesi
BibTex RIS Kaynak Göster

Thermococcus gorgonius DNA Polimerazının Rekombinant Olarak Üretimi

Yıl 2017, Cilt: 43 Sayı: 1, 1 - 9, 28.04.2017

Öz

Termostabil bir enzim olan Tgo DNA polimeraz
hipertermofilik bir arkea olan Thermococcus
gorgonarius
tarafından sentezlenmektedir. Çalışmamızda 3’-5’ ekzonükleaz
aktivitesiyle yüksek kalitede DNA sentezi gerçekleştiren Tgo DNA polimeraz,
rekombinant olarak üretimi hedeflenmiştir. Bu amaçla, ürettirilen yapay gen
uygun restriksiyon enzimleri ile kesilip aynı enzimlerle kesilmiş olan pET28a
vektör sistemine ligasyon ile birleştirilmiştir. E. coli BL21 hücrelerinde eksprese edilen enzim aktivitesi, PCR
reaksiyonu gerçekleştirilerek kontrol edilmiştir.

Kaynakça

  • Banach-Orlowska M, Fijalkowska IJ, Schaaper RM, Jonczyk P (2005). DNA polymerase II as a fidelity factor in chromosomal DNA synthesis in Escherichia coli. Mol Microbiol 58(1): 61-70.
  • Fijalkowska IJ, Schaaper RM, Jonczyk P (2012). DNA replication fidelity in Escherichia coli: a multi-DNA polymerase affair. FEMS Microbiol Rev 36(6): 1105-1121.
  • Gawel D, Pham PT, Fijalkowska IJ, Jonczyk P, Schaaper RM (2008). Role of accessory DNA polymerases in DNA replication in Escherichia coli: analysis of the dnaX36 mutator mutant. J Bacteriol 190(5): 1730-42.
  • Grogan DW (2015). Understanding DNA repair in hyperthermophilic archaea: persistent gaps and other reasons to focus on the fork. Archaea 2015: 942605.
  • Hopfner KP, Eichinger A, Engh RA, Laue F, Ankenbauer W, Huber R, Angerer B (1999). Crystal structure of a thermostable type B DNA polymerase from Thermococcus gorgonarius. Proc Natl Acad Sci Biochemistry 96(7): 3600–3605.
  • Ishino S and Ishino Y (2014). DNA polymerases as useful reagents for biotechnology – the history of developmental research in the field. Front Microbiol 5: 465.
  • Jozwiakowski SK, Keith BJ, Gilroy L, Doherty AJ, Connolly BA (2014). An archaeal family-B DNA polymerase variant able to replicate past DNA damage: occurrence of replicative and translesion synthesis polymerases within the B family. Nucl Acids Res 42(15): 9949–9963.
  • Kovalskaya N, Owensa R, Bakera CJ, Deahl K, Hammond RW (2014) Application of a modified EDTA-mediated exudation technique and guttation fluid analysis for potato spindle tuber viroid RNA detection in tomato plants (Solanum lycopersicum). J Virol Methods 198: 75–81.
  • Mitchell KJ, Wood JR, Llamas B, Patricia A, McLenachan PA, Kardailsky O, Scofield RP, Worthy TH, Cooper A (2016). Ancient mitochondrial genomes clarify the evolutionary history of New Zealand’s enigmatic acanthisittid wrens. Mol Phylogenetics Evol 102: 295–304.
  • Sambrook J and Russell DW (2001). Molecular cloning. A laboratory manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press.
  • Yang YL and Polisky B (1993). Suppression of ColEl high-copy-number mutants by mutations in the polA gene of Escherichia coli. J Bacteriol 175: 428-437
  • Zhang L, Kang M, Xu J, Huang Y (2015) Archaeal DNA polymerases in biotechnology. Appl Microbiol Biotechnol 99: 6585–6597.

Recombinant DNA Polymerase Production of Thermococcus gorgonarius

Yıl 2017, Cilt: 43 Sayı: 1, 1 - 9, 28.04.2017

Öz

A thermostable enzyme Tgo DNA polymerase was produced by a hyperthermophilic archaea, Thermococcus gorgonarius. In this study, it was aimed to produce the Tgo DNA polymerase which synthesizes highly qualified DNA by its 3’-5’-exonuclease activity, by recombinant DNA technology. For this purpose, synthesized synthetic DNA was cut with restriction enzymes and ligated into a pET28a vector. The activity of the enzyme expressed in E. coli BL21 was controlled by PCR reaction.

Kaynakça

  • Banach-Orlowska M, Fijalkowska IJ, Schaaper RM, Jonczyk P (2005). DNA polymerase II as a fidelity factor in chromosomal DNA synthesis in Escherichia coli. Mol Microbiol 58(1): 61-70.
  • Fijalkowska IJ, Schaaper RM, Jonczyk P (2012). DNA replication fidelity in Escherichia coli: a multi-DNA polymerase affair. FEMS Microbiol Rev 36(6): 1105-1121.
  • Gawel D, Pham PT, Fijalkowska IJ, Jonczyk P, Schaaper RM (2008). Role of accessory DNA polymerases in DNA replication in Escherichia coli: analysis of the dnaX36 mutator mutant. J Bacteriol 190(5): 1730-42.
  • Grogan DW (2015). Understanding DNA repair in hyperthermophilic archaea: persistent gaps and other reasons to focus on the fork. Archaea 2015: 942605.
  • Hopfner KP, Eichinger A, Engh RA, Laue F, Ankenbauer W, Huber R, Angerer B (1999). Crystal structure of a thermostable type B DNA polymerase from Thermococcus gorgonarius. Proc Natl Acad Sci Biochemistry 96(7): 3600–3605.
  • Ishino S and Ishino Y (2014). DNA polymerases as useful reagents for biotechnology – the history of developmental research in the field. Front Microbiol 5: 465.
  • Jozwiakowski SK, Keith BJ, Gilroy L, Doherty AJ, Connolly BA (2014). An archaeal family-B DNA polymerase variant able to replicate past DNA damage: occurrence of replicative and translesion synthesis polymerases within the B family. Nucl Acids Res 42(15): 9949–9963.
  • Kovalskaya N, Owensa R, Bakera CJ, Deahl K, Hammond RW (2014) Application of a modified EDTA-mediated exudation technique and guttation fluid analysis for potato spindle tuber viroid RNA detection in tomato plants (Solanum lycopersicum). J Virol Methods 198: 75–81.
  • Mitchell KJ, Wood JR, Llamas B, Patricia A, McLenachan PA, Kardailsky O, Scofield RP, Worthy TH, Cooper A (2016). Ancient mitochondrial genomes clarify the evolutionary history of New Zealand’s enigmatic acanthisittid wrens. Mol Phylogenetics Evol 102: 295–304.
  • Sambrook J and Russell DW (2001). Molecular cloning. A laboratory manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press.
  • Yang YL and Polisky B (1993). Suppression of ColEl high-copy-number mutants by mutations in the polA gene of Escherichia coli. J Bacteriol 175: 428-437
  • Zhang L, Kang M, Xu J, Huang Y (2015) Archaeal DNA polymerases in biotechnology. Appl Microbiol Biotechnol 99: 6585–6597.
Toplam 12 adet kaynakça vardır.

Ayrıntılar

Bölüm Araştırma Makaleleri
Yazarlar

Bilge Hilal Çadırcı

Oğuzhan Bebek Bu kişi benim

Deniz Çam Bu kişi benim

Yayımlanma Tarihi 28 Nisan 2017
Gönderilme Tarihi 15 Şubat 2017
Yayımlandığı Sayı Yıl 2017 Cilt: 43 Sayı: 1

Kaynak Göster

APA Çadırcı, B. H., Bebek, O., & Çam, D. (2017). Thermococcus gorgonius DNA Polimerazının Rekombinant Olarak Üretimi. Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi, 43(1), 1-9.
AMA Çadırcı BH, Bebek O, Çam D. Thermococcus gorgonius DNA Polimerazının Rekombinant Olarak Üretimi. sufefd. Nisan 2017;43(1):1-9.
Chicago Çadırcı, Bilge Hilal, Oğuzhan Bebek, ve Deniz Çam. “Thermococcus Gorgonius DNA Polimerazının Rekombinant Olarak Üretimi”. Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi 43, sy. 1 (Nisan 2017): 1-9.
EndNote Çadırcı BH, Bebek O, Çam D (01 Nisan 2017) Thermococcus gorgonius DNA Polimerazının Rekombinant Olarak Üretimi. Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi 43 1 1–9.
IEEE B. H. Çadırcı, O. Bebek, ve D. Çam, “Thermococcus gorgonius DNA Polimerazının Rekombinant Olarak Üretimi”, sufefd, c. 43, sy. 1, ss. 1–9, 2017.
ISNAD Çadırcı, Bilge Hilal vd. “Thermococcus Gorgonius DNA Polimerazının Rekombinant Olarak Üretimi”. Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi 43/1 (Nisan 2017), 1-9.
JAMA Çadırcı BH, Bebek O, Çam D. Thermococcus gorgonius DNA Polimerazının Rekombinant Olarak Üretimi. sufefd. 2017;43:1–9.
MLA Çadırcı, Bilge Hilal vd. “Thermococcus Gorgonius DNA Polimerazının Rekombinant Olarak Üretimi”. Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi, c. 43, sy. 1, 2017, ss. 1-9.
Vancouver Çadırcı BH, Bebek O, Çam D. Thermococcus gorgonius DNA Polimerazının Rekombinant Olarak Üretimi. sufefd. 2017;43(1):1-9.

Dergi Sahibi: Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Adına Rektör Prof. Dr. Metin AKSOY
Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi temel bilimlerde ve diğer uygulamalı bilimlerde özgün sonuçları olan Türkçe ve İngilizce makaleleri kabul eder. Dergide ayrıca güncel yenilikleri içeren derlemelere de yer verilebilir.
Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi;
İlk olarak 1981 yılında S.Ü. Fen-Edebiyat Fakültesi Dergisi olarak yayın hayatına başlamış; 1984 yılına kadar (Sayı 1-4) bu adla yayınlanmıştır.
1984 yılında S.Ü. Fen-Edeb. Fak. Fen Dergisi olarak adı değiştirilmiş 5. sayıdan itibaren bu isimle yayınlanmıştır.
3 Aralık 2008 tarih ve 27073 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2008/4344 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Fen-Edebiyat Fakültesi; Fen Fakültesi ve Edebiyat Fakültesi olarak ayrılınca 2009 yılından itibaren dergi Fen Fakültesi Fen Dergisi olarak çıkmıştır.
2016 yılından itibaren DergiPark’ta taranmaktadır.


88x31.png

Selçuk Üniversitesi Fen Fakültesi Fen Dergisi Creative Commons Atıf 4.0 Uluslararası Lisansı (CC BY-NC 4.0) ile lisanslanmıştır.